رئيس کميسيون امنيت ملی و سياست خارجی مجلس شورای اسلامی سخنان علی لاريجانی در جلسه استيضاح وزير پيشين علوم را «نابههنگام» توصيف کرده و گفته است که اگر او اين سخنان را یک روز زودتر بيان می‌‌کرد نتیجه استیضاح «چيز ديگری می‌شد».
به گزارش روز چهارشنبه، ۲۹ مرداد، خبرگزاری مهر، علاءالدين بروجردی، رئیس کمیسیون امنیت ملی، گفته است: «نکته‌ای که لاريجانی در دقيقه ۹۰ به نقل از جهانگيری [معاون روحانی] مبنی بر اعمال تغييرات مطرح کرد يک مقدار نابههنگام بود. در واقع اگر اين اقدام ديروز صورت می‌گرفت خروجی چيز ديگری می‌شد.»
اشاره رئيس کميسيون امنيت ملی و سياست خارجی مجلس به سخنان رئيس مجلس است که لحظاتی پيش از آغاز رای‌گيری درباره سرنوشت رضا فرجی دانا، وزير پيشين علوم، بيان شد.
در جلسه استیضاح روز چهارشنبه، آقای لاريجانی پس از آن که وزير سابق علوم گفت که اختيار عزل تعدادی از معاونان خود را به رئيس مجلس شورای اسلامی می‌سپارد، گفت که «اگر چند نفر از اين برادران جابه‌جا شوند سلمه‌ای [مصیبتی] به عالم اسلام وارد نمی‌شود و فضا آرام‌تر می‌شود».
رئيس مجلس همچنين گفت که اسحاق جهانگيری، معاون اول رئيس جمهور، نيز به او پيغام داده که دولت حسن روحانی نيز به نظر او «احترام» می‌گذارد و «به اين نظر عمل می‌کند».
وزير پيشين علوم نيز در نطق دفاعی خود گفت که اختيار خود در برکناری معاونانش را به آقای لاريجانی می‌دهد و گفت: «ايشان حکم باشد، صحبت ايشان فصل‌الخطاب است.»
نمايندگان استيضاح‌کننده رضا فرجی دانا به انتصاب جعفر توفيقی و جعفر ميلی منفرد، دو چهره نزديک به جناح اصلاح‌طلب به عنوان قائم مقام و معاون وزارت علوم، تحقيقات و فناوری اعتراض داشتند.
به گفته استيضاح‌کنندگان، اين دو در اعتراضات به نتايج انتخابات رياست جمهوری سال ۸۸ که اصولگرايان آن را «فتنه» می‌نامند نقش داشتند.
مجلس شورای اسلامی، روز چهارشنبه، ۲۹ مرداد، با ۱۴۵ رأی موافق، ۱۱۰ مخالف و ۱۵ رأی ممتنع، به برکناری رضا فرجی دانا از وزارت علوم، تحقيقات و فناوری رای دادند.
«به کارگيری برخی از مسئولان وزارتخانه بدون رعايت نظر وزارت اطلاعات برای منصوب نمودن در جايگاه‌های مديريتی، بازگشت عناصر بی‌صلاحيت به دانشگاه، مجوز دادن به نشريات تجزيه‌طلب، الحادی و فتنه‌گر و فعال کردن تشکل‌هايی که تجربه آشوبگری آنها در دهه ۷۰ مشاهده شده و کاهش روند روبه‌رشد دانش در کشور» از دلايل استيضاح وزير پيشين علوم اعلام شده بود.
