پس از آن که دانشگاه ایرانیان، منتسب به محمود احمدینژاد، در اطلاعیه‌ای ضمن معرفی آدرس اینترنتی جدید خود، وزارت علوم ایران را متهم کرد که وب‌سایت این دانشگاه را «غیر فعال» کرده است، وزارت علوم روز دوشنبه، هشتم دی، این ادعا را تکذیب کرد.
حسین حسینی، مدیرکل دفتر گسترش آموزش عالی وزارت علوم، به خبرگزاری دانشجویان ایران، ایسنا، گفت: «وزارت علوم نمی‌تواند چنین اقدامی را انجام دهد و اگر این اتفاق رخ داده از طرف وزارت علوم نبوده است.»
وی با تاکید بر این که این وزارتخانه برای برخورد با این دانشگاه مسیر قانونی خود را طی می‌کند افزود: «هنوز مسئله از طرف وزارت علوم به مراجع قانونی ابلاغ نشده است.»
وی تاکید کرد: «از آنجا که مجوز این دانشگاه غیرقانونی است، قرار بر این شد که معاونت حقوقی وزارت علوم از طریق مراجع حقوقی... از فعالیت آن جلوگیری کند که هنوز اقدامی صورت نگرفته است.»
در همین زمینه آقای حسینی روز چهارشنبه، ۱۲ آذر، گفته بود: «ما چیزی به نام دانشگاه ایرانیان که مجوز داشته باشد در کشور نداریم.»
دانشگاه غیرانتفاعی ایرانیان در آخرین روزهای ریاست جمهوری محمود احمدینژاد مجوز خود را از شورای عالی انقلاب فرهنگی به ریاست خود آقای احمدینژاد گرفت.
وزارت علوم، تحقيقات و فناوری روز يک‌شنبه، ۲۳ شهريورماه، در بيانيه‌ای اعلام کرد که این دانشگاه «فاقد مجوز راه‌اندازی و انجام امور آموزشی و پژوهشی» است.
این وزارتخانه همچنین خبر داد که مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی درخصوص اعطای مجوز به محمود احمدینژاد برای تأسيس این دانشگاه نيز «لغو و بلااثر» است.
مصطفی افضلی‌فرد، سخنگوی کمیسیون اصل ۹۰ مجلس، در مهرماه ۹۲ از ارجاع پرونده دانشگاه ایرانیان به دادستان عمومی و انقلاب تهران توسط دادستان دیوان محاسبات خبر داده بود.
دلیل این اقدام واریز ۱۶ میلیارد تومان از حساب دولت به حساب این دانشگاه درآخرین روز ریاست جمهوری محمود احمدینژاد اعلام شده بود.
درنهایت مسئولان دانشگاه ایرانیان مدعی شدند که «به دلیل جلوگیری از ایجاد شبهه»، «کمک دریافتی» از دولت را به نهاد ریاست جمهوری بازگردانده‌اند.
حميد بقايی، معاون پشتيبانی دانشگاه ايرانيان، روز چهارشنبه، ۱۰ مهرماه، در نامه‌ای خطاب به حسن روحانی، رئيس جمهور، از او کمکی معادل «حداقل» ۵۰ ميليارد تومان طلب کرده بود.
معاون پشتيبانی دانشگاه ايرانيان علاوه بر کمک ۵۰ ميلياردی، همچنين چندين ساختمان در تهران و مراکز استان، زمينی حدودا ۲۰۰ هکتاری در اطراف تهران، و همکاری مسئولان در دولت آقای روحانی را خواستار شده بود.
