در ادامه پرونده حمله به علی مطهری در شهر شیراز، این نماینده مجلس «برخی از اعضای شورای تامین استان» فارس و «افراد زیرمجموعه» آنها را متهم کرد که «ایجادکننده ناامنی» در شهر شیراز هستند و امنیت این شهر را «مخدوش میکنند».
از سوی دیگر وب‌سایت کلمه، نزدیک به میرحسین موسوی، در گزارشی نوشته است که «چهره‌های شناخته‌شده‌ای» از سپاه و بسیج شیراز «در میان حمله‌کنندگان» به خودروی حامل علی مطهری در فرودگاه شیراز بوده‌اند.
علی مطهری روز ۱۸ اسفند ۹۳ برای سخنرانی در دانشگاه شیراز به این شهر سفر کرد، اما پیش از رسیدن به دانشگاه شیراز در فرودگاه این شهر مورد «هجوم نیروهای لباس‌شخصی» و ضرب‌وشتم از سوی آنها قرار گرفت و در نهایت مجبور به بازگشت به تهران شد.
در تحولی دیگر مربوط به این پرونده، مصطفی ترک همدانی، وکیل آقای مطهری، روز یک‌شنبه، ۱۶ فروردین، خبر داد که با وجود عدم شکایت او، مسئولان دانشگاه شیراز در پرونده حمله به موکلش متهم شناخته شده‌اند.
این نکته‌ای است که آقای مطهری نیز تایید کرده و در مصاحبه‌ای با روزنامه اعتماد که روز پنج‌شنبه، ۲۰ فروردین، منتشر شد دلیل احضار مسئولان دانشگاه شیراز را، به گفته دادگاه، «تمکین» نکردن به مصوبه شورای تامین استان فارس ذکر کرده است.
وی در عین حال به نقل از مسئولان دانشگاه شیراز اعلام کرد که نظر شورای تامین استان فارس درباره مخالفت با سخنرانی آقای مطهری «به عنوان مصوبه به آنها اعلام نشده، بلكه به عنوان توصيه اعلام شده و تصميم به عهده دانشگاه گذاشته شده است».
آقای مطهری درباره مخالفت شورای تامین استان فارس با سخنرانی خود نیز گفت: «برخی از اعضای شورای تامین که خودشان و افراد زیرمجموعه‌‌شان ایجاد کننده این گونه مانع‌ها و ناامنی‌ها هستند و خودشان در چنین حوادثی نقش دارند، می‌گویند اگر فلانی بیاید در اینجا ناامنی ایجاد میشود و در واقع می‌گویند اگر فلان کس بیاید آدم‌های ما برخورد میکنند.»
وی درباره هویت حمله‌کنندگان به خود نیز تاکید کرد: «خیلی مشخص و معلوم است که این افراد از کجا سازماندهی شده‌اند. بنابراین موضع برخی اعضای شورای تامین در این موارد یک مغالطه و یک دور منطقی است. آنها می‌گویند امنیت برقرار نیست، در حالی که افراد زیرمجموعه خودشان امنیت را مخدوش میکنند.»
علی مطهری پیش از این نیز درباره عاملان حمله به خود گفته بود: «ظاهراً یک اصلِ پذیرفته شده بود؛ این افراد که از تجهیزات‌شان مانند موتورهای سنگین و گاز فلفل معلوم بود از کجا دستور گرفته‌اند.»
«موتورهای سنگین» معمولاً توسط نهادهای نظامی و نیروهای بسیج در ایران استفاده میشود.
در همین حال وب‌سایت کلمه، نزدیک به میرحسین موسوی، روز سه‌شنبه، ۱۸ فروردین، سپاه استان فارس را به «اعمال نفوذ» در پرونده آقای مطهری متهم کرد.
این وب‌سایت با اشاره به احضار مسئولان دانشگاه شیراز به عنوان متهم تاکید کرد: «سپاه فجر شیراز و ناحیه مقاومت بسیج ثارالله که چهره‌های شناخته شده‌ای از آنها در میان حمله‌کنندگان به خودروی حامل علی مطهری در فرودگاه شیراز بودند،... قصد دارند برای خلاص کردن نیروهای خود، مسئولان دانشگاه و فعالان دانشجویی را مقصر جلوه دهند.»
به گفته وب‌سایت کلمه، حتی راننده تاکسی حامل آقای مطهری نیز که خودروی وی در جریان حمله آسیب‌های جدی دید «به مراجع قضایی احضار و از او بازجویی شده است».
در همین حال اکبر صفوی، قائم مقام دانشگاه شیراز، روز ۱۶ فروردین با «اعتراض شدید» به احضار رئیس و دو مسئول دانشگاه و دبیر تشکل دعوت‌کننده از علی مطهری به دادگاه گفته بود که «دوستان سیاسی و امنیتی» استان فارس از هویت حمله‌کنندگان به آقای مطهری اطلاع دارند.
به گزارش وب‌سایت «انصاف نیوز»، وی تاکید کرده است: «این روند سبب میشود که مسئولان دانشگاه که حرف‌های بیشتری در این موضوع مثلا در مورد علم و آگاهی افراد مسئول تامین امنیت دکتر مطهری دارند را بیان کنند.»
درباره هویت عاملان حمله به آقای مطهری پیش از این اظهار نظرهای متفاوتی از سوی شخصیت‌های سیاسی اصولگرا مطرح شده است.
محی‌الدین حائری شیرازی، عضو مجلس خبرگان رهبری و امام جمعه سابق شیراز، گفته بود که عوامل حمله به آقای مطهری «اراذل و اوباش نبود[ند]، جوانان نمازخوان ولایتی جان‌برکف برای اسلام بودند.»
این در حالی است که حمید رسایی، از نمایندگان عضو جبهه پایداری در مجلس، گفته است: «اتفاقی که در شیراز رخ داده کار بچه حزب‌اللهی‌ها نیست و اگر کسی که این کار را کرده چنین ادعایی دارد، مثل آنهایی که از اعتدال دم می‌زنند، دروغ می‌گوید.»
آقای مطهری در مصاحبه روز پنج‌شنبه خود با روزنامه اعتماد همچنین با اشاره به دیدار خود با عبدالرضا رحمانی فضلی، وزیر کشور، افزود: «ايشان در اين ديدار گفتند كه گزارش كامل شده و... چهارشنبهآن را به رئيس جمهوری می دهند تا همان‌طور كه ايشان دستور داده بودند اين گزارش در هيئت وزيران مطرح شود.»
وی اضافه کرد: «طبعا اين گزارش جوانب مختلفی دارد. دستگاه اجرايی استان هم قصور و تقصير داشته است. نيروی انتظامی هم تقصير قطعی داشته است و كسانی كه مباشر بوده‌اند نيز مشخص است كه مجرم هستند.»
پس از حادثه حمله به آقای مطهری، حسن روحانی، رئيس جمهور، در نامه‌ای به وزرای اطلاعات و کشور دستور داد که علاوه بر شناسايی «قانون‌شکنان» و «عوامل پشت پرده» این حادثه،همچنين مسئولان امنيتی استان که در اين ماجرا قصور يا تقصير داشته‌اند تحت تعقيب قانون قرار گيرند.
