مذاکره‌کننده پیشین اتمی ایران، که از منتقدان رویکرد هسته‌ای حسن روحانی به شمار می‌آید، معتقد است که در تنظیم سند توافق هسته‌ای و اسناد ضمیمه آن، از «۱۰۰ حق مسلم ایران» صرف نظر شده است.
سعید جلیلی این موضوع را در نشست کمیسیون بررسی برجام عنوان کرده و گفته است که «مبنای پذیرفته شده از برجام قابل قبول نیست».
سخنان سعید جلیلی در نشست، روز دوشنبه ۱۶ شهریور، کمیسیون ویژه مجلس برای بررسی سند توافق هسته‌ای یا برجام را خبرگزاری ایران به نقل از حسین نقوی حسینی، سخنگوی این کمیسیون منتشر کرده‌اند. نشستی که این بار آقای جلیلی به همراه علی باقری، عضو ارشد تیم مذاکره‌کننده پیشین، و فریدون عباسی، رئیس سازمان انرژی اتمی در زمان محمود احمدی‌نژاد، در آن شرکت داشت.
آقای جلیلی که به ویژه در مناظره‌های انتخاباتی، دیدگاهش در مورد مذاکرات هسته‌ای به اندازه‌ای با حسن روحانی در تضاد بود که برخی تحلیلگران، پیروزی حسن روحانی در انتخابات و آرای به نسبت پایین سعید جلیلی را به نوعی همه‌پرسی در مورد رویکرد هسته‌ای تعبیر کردند، در این نشست بار دیگر به تشریح «دستاوردها»ی تیم تحت سرپرستی‌اش در مذاکرات هسته‌ای پرداخته و معتقد است که سند توافق هسته‌ای (برجام) و قطعنامه شورای امنیت در این باره «خلاف خطوط قرمز جمهوری اسلامی» است.
او در تشریح این موضوع گفته است که «استثنا شدن» ایران در برجام و قطعنامه [شورای امنیت]، خلاف خط قرمزهای جمهوری اسلامی است. به اعتقاد آقای جلیلی ایران با پذیرش این استناد پذیرفته است که «حقوق کمتری در حوزه هسته‌ای داشته باشد»، «ضابطه‌های بازرسی غیرمتعارف» را به طور استثنا پذیرفته است، «ضابطه استثنایی راستی‌آزمایی» را پذیرفته است، «برخورد استثنایی با فعالیت هسته‌ای» را پذیرفته است، و پروتکل الحاقی را هم «به طور استثنایی» پذیرفته است.
به عقیده مذاکره‌کننده پیشین هسته‌ای ایران، اجرای برجام از سوی ایران به معنی پذیرش نظارت‌هایی فراتر از پادمان و پروتکل الحاقی است، و «دسترسی، نظارت، و بازرسی‌های غیرمتعارف» در برجام، برخلاف «خطوط قرمز تعیین شده» است.
عضو شورای عالی امنیت ملی همچنین با پذیرش برجام، مذاکره‌کنندگان ایرانی حتی «از حقوق تصریح شده در توافق ژنو» هم عقب‌نشینی کرده‌اند.
او همچنین درخصوص قطعنامه ۲۲۳۱ شورای امنیت از «[امکان] بازگشت‌پذیری تحریم‌ها به رغم حفظ محدودیت‌های هسته‌ای»، «باقیماندن ۱۰ ساله پرونده ایران در شورای امنیت»، و «حفظ محدودیت‌ها و [احتمال] بازگشت‌پذیری به قطعنامه‌های پیشین شورای امنیت، انتقاد کرده است.
تیم مذاکره‌کننده‌ای که سعید جلیلی سرپرستی آن را به عهده داشت، از مهرماه ۸۶ پس از کناره‌گیری علی لاریجانی از دبیری شورای عالی امنیت ملی، جایگزین او شد و سرپرستی مذاکرات هسته‌ای ایران را برعهده گرفت اما در زمان او گفت‌وگوهایی که به «مذاکره برای مذاکره» شهرت یافته بود، بدون دستیابی به نتیجه خاصی تکرار شد و در این میان چندین بار وقفه‌هایی طولانی بر مذاکرات ایران و شش قدرت جهانی حاکم شد.
در دوره مسئولیت سعید جلیلی در پرونده هسته‌ای همچنین چهار قطعنامه تحریمی ۱۸۰۳ (۱۳ اسفند ۸۶)، ۱۸۳۵ (ششم مهرماه ۸۷)، ۱۸۸۷ (دوم مهرماه ۸۸)، و ۱۹۲۹ (۱۹ خرداد ۸۹)، از سوی شورای سازمان ملل متحدد علیه ایران صادر شد.
ایران پیش از این هم در دوره مسئولیت علی لاریجانی در روند مذاکرات هسته‌ای، مشمول سه قطعنامه شورای امنیت شده بود که قطعنامه اول (۱۶۹۶-نهم مرداد ۸۵) جنبه توصیه‌ای، دو قطعنامه دیگر (۱۷۳۷-دوم دی‌ماه ۱۳۸۵، و ۱۷۴۷-چهارم فروردین ۸۶) جنبه تحریمی داشتند.
با این حال بر اساس قطعنامه ۲۲۳۱، زمانی که ايران گام‌های اصلی را برای حل‌وفصل برنامه اتمی خود برداشت، و آژانس به اين نتيجه رسيد که «تمام مواد هسته‌ای ايران در مسير فعاليت‌های صلح آميز قرار دارند»، هفت قطعنامه پيشين شورای امنيت که مربوط به تحريم‌های ايران است لغو خواهند شد.
اما همزمان در قطعنامه تصريح شده: «اگر يکی از طرفين توافق هسته‌ای، به اين نتيجه برسد که ايران به تعهداتش عمل نکرده است، می‌تواند از شورای امنيت بخواهد تا درباره ادامه لغو قطعنامه‌های تحريمی سازمان ملل (عليه تهران) رأی‌گيری کند، و در صورتی که یک عضو دائم ادامه لغو تحريم‌ها را وتو کند، تحريم‌ها ظرف ۳۰ روز «به صورت اتوماتيک بازخواهد گشت».
