بخش نخست. ۲۵ سال از رهبری خامنه‌ای گذشت و وی قدم در بيست و شش سالگی جلوس بر مسند ولايت فقيه می‌گذارد. در سال ۱۳۶۸ او بدون برنامه‌ريزی قبلی و کاملا تصادفی در جلسه ای که فشار زيادی بر روی اعضاء مجلس خبرگان برای تصميم گيری سريع وجود داشت، به عنوان جانشين آيت‌الله خمينی انتخاب شد.
تا پيش از آن هيچکس باور نمی‌کرد کسی که در راس جناح راست بود و از آيت‌الله خمينی تذکر علنی گرفته بود، دومين ولی فقيه جمهوری اسلامی شود. آيت‌الله خمينی در پيامی که در رسانه‌ها منتشر شد رسما به خامنه‌ای عتاب کرد که فهم و برداشت وی از نظريه ولايت فقيه مطلقه درست نيست. اگر چه در پاسخ به عقب‌نشينی خامنه‌ای از او دلجويی کرد.
اما در کل آيت‌الله خمينی ميانه خوبی با جناح راست نداشت با آنها تعامل می‌کرد و توزيع کرسی‌های قدرت سهمی متوازن برای آنها در نظر می‌گرفت ولی جريان خودی و مطلوب وی جناح چپ (خط امام ) بود در ساليان آخر عمر آيت‌الله خمينی خط اصلی تبليغاتی نزديکان وی در جلوه دادن خامنه‌ای به عنوان نيرويی در مقابل خط امام و نظرات آيت‌الله خمينی بود. در کل آيت‌الله خمينی رابطه خاصی با خامنه‌ای نداشت.
او از شاگردان ويژه و نزديک بنيانگذار جمهوری اسلامی نبود. در هنگام معرفی خامنه‌ای به شورای انقلاب ابتدا آيت‌الله خمينی او را رد می‌کند و می‌گويد نمی‌شناسم. سرانجام با پا فشاری آيت‌الله منتظری به جمع اعضاء روحانی شورای انقلاب می‌پيوندد.
هچ نشانه و علامتی نيز وجود ندارد که آيت‌الله خمينی به رياست جمهوری او راضی بوده است. در اصل پذيرش رياست جمهوری خامنه‌ای که تا پيش از استيضاح بنی صدر عضو عادی مجلس بود بيشتر ناشی از يک اجبار بود. آيت‌الله خمينی موافق تشکيل حزب جمهوری اسلامی نبود و در نهايت نيز با نظر وی حزب تعطيل شد. در زمان تعطيلی حزب، خامنه‌ای دبير کل حزب بود و اين مساله نيز دليل ديگری دال بر فاصله بين خامنه‌ای و آيت‌الله خمينی است.
تحميل معرفی مير حسين موسوی به عنوان نخست‌وزير در دوره دوم رياست جمهوری نيز با دخالت مستقيم آيت‌الله خمينی صورت گرفت. مجموعه اين قرائن و مستندات نشانگر آن است که خامنه‌ای اگر چه در جمع کارگزاران ارشد و حلقه نزديکان به آيت‌الله خمينی بود اما در جرگه خواص وی نمی‌گنجيد.
هنوز ابعاد کامل آن جلسه و چگونگی انتخاب خامنه‌ای روشن نشده است. ممکن است انتشار اطلاعات تازه باعث شود حقايق نامکشوفی روشن گردد. اما بر اساس اطلاعات موجود رهبری خامنه‌ای در مجلس خبرگان کاملا تصادفی بوقوع پيوست. او قرار بود بعد از پايان دوره رياست جمهوری جايگزين موسوی اردبيلی در رياست قوه قضائيه گردد.
ابتدا گزينه شورايی شدن ولی فقيه مورد بررسی قرار گرفت. خود خامنه‌ای به عنوان مدافع اين طرح نطق کرد. اما طرح رای نياورد. وی از جمله کسانی بود که در صورت تصويب شورا در آن عضويت می‌يافت. نام‌های ديگری چون علی مشکينی، عبدالله جوادی آملی ، سيد عبدالکريم موسوی اردبيلی و احمد جنتی نيز برای شورا مطرح بود. اما کار به بررسی مصاديق نرسيد و پرونده طرح شورايی شدن رهبری همان ابتدا با بيست رای بسته شد.
طرح بعدی رهبری آيت‌الله گلپايگانی بود که شيخ محمد يزدی مدافع اصلی آن بود. او نيز بيش از انگشتان دو دست رای نياورد. زمينه‌ای نيز برای طرح ری شهری در رهبر کردن علی مشکينی نيز وجود نداشت. در چنين فضايی رفسنجانی به ميدان آمد و از موسوی اردبيلی خواست تا خاطره خود مبنی بر رضايت آيت‌الله خمينی به رهبری خامنه‌ای را بازگو کند. ذکر خاطره مشابهی از سوی سيد احمد خمينی نيز فضا را به سمتی برد تا اکثريت خبرگان که در استيصال برای انتخاب فوری جانشين آيت‌الله خمينی بودند به رهبری خامنه‌ای رضايت بدهند.
احمد آذری قمی نيز در گرم کردن بازار رهبری خامنه‌ای نقش زيادی داشت البته در آن جلسه تصويب شد تا دوره رهبری محدود به ۱۰ سال شود اما اين مصوبه هيچوقت عملی نشد.
اکثريت اعضاء خبرگان در حالی به خامنه‌ای بر مبنای خاطرات موسوی اردبيلی، هاشمی و سيد احمد خمينی رای دادند که ساعاتی پيش از آن وصيت نامه آيت‌الله خمينی توسط خود خامنه‌ای قرائت شده بود. در مقدمه وصيت نامه به صراحت ذکر شده بود به جز مواضعی که در زمان حيات وی در جرائد و صدا و سيما پخش شده است انتساب هيچ مطلب ديگری به وی اعتبار و سنديت ندارد. او حتی خانواده و پسرش را نيز به عنوان مرجع تعيين نظرات و سخنان مخفی و آشکار خود اعلام نکرد.
اين مسئله نخستين ايراد بزرگ انتخاب خامنه‌ای برای رهبری بود که بر اساس ادعايی غير مستند و ناسازگار با وصيت‌نامه بنيانگذار جمهوری اسلامی شکل گرفت.
اما تخلف بزرگتر که رهبری وی و پوشيدن ردای ولايت فقيه را غير قانونی و ناموجه می‌سازد، فقدان شرايط لازم بر طبق قانون اساسی قبلی بود. طبق قانون اساسی پيش از بازنگری مرجعيت شرط رهبری بود. خامنه‌ای نه تنها مرجع نبود بلکه فقاهت وی نيز زير سئوال بود. او خود نيز به اين ضعف واقف بود و به همين دليل به مجرد رهبر شدن، سيد محمود شاهرودی معلم خصوصی فقه او گشت.
تبعات غير قانونی بودن انتخاب خبرگان و تخلف آنها فقط محدود به آن رويداد تاريخی نمی‌شود بلکه کليت تصميمات و عملکرد جمهوری اسلامی از خرداد ۱۳۶۸ به بعد بر مبنای چارچوب قانونی، رويه حقوقی و ساختار تصميم‌گيری خود حکومت باطل و فاقد وجاهت قانونی است. چون تصميمات کلان توسط فردی گرفته شده يا تنفيذ شده است که صلاحيت قانونی حقوقی لازم برای تصدی مقام مربوطه را نداشته است.
اما ساختار حقيقی قدرت ساختار حقوقی را کنار زد و اراده‌اش را همچون گذشته با نفی قانون‌گرايی جلو برد. کسی دومين ولی فقيه در جمهوری اسلامی شد که در ماه‌های آخر حکومت پهلوی به يکی از چهره‌های انقلابی مشهد خصوصی گفته بود نظريه ولايت فقيه آيت‌الله خمينی مايه شرمساری است.
در ادامه در يک دسته‌بندی کلی رهبری خامنه‌ای در پنج فصل رياست جمهوری اول رفسنجانی، رياست جمهوری دوم رفسنجانی، دوران اصلاحات، دوران دولت مهروزی و دوره دولت اعتدال مورد بررسی قرار گرفته و ويژگی‌های آن تبيين می‌گردد.
دوره نخست رياست جمهوری رفسنجانی
اين دوره از سال ۱۳۶۸ شروع شده و در سال ۱۳۷۲ پايان می‌‌يابد. رهبری خامنه‌ای ابتدا با استقبال نسبی در جامعه مواجه شد. او در بين زمامداران وقت جمهوری اسلامی به اعتدال و ميانه‌روی مشهور بود و سابقه حشر و نشر با روشنفکران نيز مقبوليتی برای وی ايجاد کرده بود. همچنين در بين مقامات درجه يک جمهوری اسلامی نزديک‌ترين رابطه را با آيت‌الله منتظری داشت.
اما افکار عمومی توجه نداشت که وی در حوزه قانونگذاری، فرهنگی و اقتصادی همسو با جناح راست مواضع محافظه‌کارانه داشت و در حوزه سياست نيز آنچنانکه بعدها معلوم شد مخالفت مبنايی با ولايت مطلقه فقيه و انحصار قدرت نداشت بلکه از بهره‌برداری جريان رقيب از اين امتياز ناخرسند بود.
در اين دوره او پايه‌های رهبری‌اش را استوار ساخت. ضعف او در جايگاه رياست جمهوری باعث شده بود تا نيروهای اصلی حکومت فکر کنند که رهبری وی حالت تشريفاتی خواهد داشت. در اين ميان اکبر هاشمی رفسنجانی و سيد احمد خمينی تصور می‌کردند در توزيع قدرت نقش موثر خواهند داشت.
اما خامنه‌ای خيلی زود تصورات جناح چپ را نقش بر آب ساخت. منتها او نياز به متحدی برای حاشيه‌ای کردن جناح چپ داشت که هنوز اکثريت مجلس سوم بود و برخی از اعضايش انتخاب خامنه‌ای به رهبری را قبول نداشتند بنابراين با رفسنجانی ائتلاف کرد و در دور اول پذيرفت نقش رفسنجانی پر رنگ باشد.
منتها از ديد وی اين جايگاه موقتی بود و با پايان رياست جمهوری رفسنجانی خاتمه می‌يافت. اما رفسنجانی چنين چيزی را نمی‌خواست و باورش نمی‌شد که خامنه‌ای قادر باشد چنين طرحی را جلو ببرد.
خامنه‌ای در اولين گام مديريت و هدايت نهادهای نظامی را از رفسنجانی گرفت و برخلاف آيت‌الله خمينی به شخص ديگری واگذار نکرد. اقدام بعدی خانه‌نشين کردن مهندس موسوی بود. قبلا توافق شده بود مهندس موسوی رياست بنياد مستضعفان را در دست بگيرد اما محسن رفيقدوست سريع و بدون مقدمه قبلی با لباس نظامی وارد بنياد شد و مديريت آنجا را در دست گرفت.
خامنه‌ای از حمايت جناح راست نيز برخوردار بود. در اين دوره وی جناح راست را به بخش مسلط قدرت تبديل نمود. رهبران جناح راست و بخصوص ناطق نوری و مهدوی کنی وظيفه پاسخگويی به شبهات در خصوص شايستگی وی به رهبری و اجتهادش را بر عهده گرفتند. البته جامعه مدرسين حوزه عليمه قم نيز حامی رهبری وی بود. با استفاده از حربه نظارت استصوابی و رد صلاحيت برخی از کانديداهای جناح چپ، جناح راست اکثريت مجلس را در دست گرفت و ناطق نوری رئيس مجلس چهارم شد.
خامنه‌ای در اين دوره جناح راست را به عنوان نيروی اصلی حکومت برگزيد و به آن باور داشت. بنيادهای انقلابی کاملا از دست قوه مجريه خارج شدند. تغييرات در قانون اساسی نيز قدرت ولی فقيه را افزايش داد و کنترل وی بر منابع قدرت را نيز توسعه بخشيد. از همين دوره فرماندهان سپاه وارد سياست شدند و نقش مهمی در تحقق برنامه‌های خامنه‌ای ايفا کردند.
خامنه‌ای اين بار با پشت کردن به تمامی گرايش‌های شبه‌روشنفکری خود هويت بنيادگرايی سنت‌گرا را برگزيد. هويت سياسی و عقيدتی او در گذشته با فراز و نشيب‌هايی همراه بود امااو کاملا در سنت‌گرای تجددستيز در آمد که آراء سيد قطب و ايدئولوژی غرب‌ستيزی را با چاشنی فقه شيعه دنبال می‌نمايد.
او در اين مقطع ادعای مرجعيت نکرد اما زمينه‌های آن را فراهم ساخت. سفيد شدن به يکباره محاسن وی و همچنين اظهار نظرهای فقهی و حشر و نشر با مراجعی چون آيت‌الله بهجت و جوادی آملی و جذب مشکينی، شيخ محمد يزدی و احمد جنتی قدم‌های آگاهانه‌ای بودند که وی برای کسب مرجعيت برداشت.
او بی‌اعتنا به تبريک آيت‌الله منتظری در صدد محدود کردن استاد سابق خويش برآمد که از ناحيه انتقادات او احساس خطر می‌کرد. گروه‌های فشار در اين دوره در قالبی متفاوت با گذشته سازمان‌دهی شدند.
خامنه‌ای بر خلاف آيت‌الله خمينی کوشيد دستگاه ولايت فقيه را از حالت هياتی اداره شدن به صورت يک تشکيلات منظم متحول گردد. او روحانی و مرجع سنتی نبود بلکه يک روحانی ايدئولوژيک بود که حالا روزگار فرصتی برای وی ايجاد کرده بود تا در قالبی رهبری بنيادگرا آرزو‌هايش در ايران و جهان را تحقق بخشد.
ضعف موقعيت روحانی و فقهی باعث شد تا او بيشتر به نيروهای امنيتی و نظامی تکيه کند و سختگيری بر روحانيت از طريق دادگاه‌های ويژه را افزايش دهد. البته در حوزه سياست داخلی او نسبت به سلفش به طور نسبی معتدل‌تر برخورد کرد و خشونت حکومت در مقايسه با دهه شصت کاهش يافت. منتها اين کاهش باعث تعطيلی جباريت سياسی و اقتدارگرايی نشد و کماکان استبداد دينی با اتکاء به خشونت دولتی و شبه‌دولتی استمرار يافت.
خامنه ای همچنين کوشيد برخی از چهره های روحانی که در دوره آيت الله خمينی معضوب بوده يا مورد توجه نبودند را ارتقاء داده و بدين ترتيب آنها را مديون خود سازد. محمدتقی مصباح يزدی ،سيد محمود شاهرودی ، سيد محمد خامنه‌ای، استادی ، جواد لاريجانی ، شيخ محمد يزدی از اين دسته هستند.
او همچنين اسدالله لاجوردی را نيز به مديريت سازمان زندان‌ها برگرداند. اما ديگر زمانه زمانه‌ای نبود که لاجوردی بتواند اقدامات پليدش در ساليان نخست دهه شصت را عملی سازد.
در پايان اين دوره کم کم شکاف بين او و رفسنجانی علنی شد. رفسنجانی بر خلاف او به سمت تجدد و توسعه اقتصادی منهای توسعه سياسی حرکت کرد و دو همراه قديمی در مسيرهای جديدی قرار گفتند که آنها را از متحد استراتژيک به سمت رقابتی سرسخت در چارچوب نظام برد.
تا پيش از آن هيچکس باور نمی‌کرد کسی که در راس جناح راست بود و از آيت‌الله خمينی تذکر علنی گرفته بود، دومين ولی فقيه جمهوری اسلامی شود. آيت‌الله خمينی در پيامی که در رسانه‌ها منتشر شد رسما به خامنه‌ای عتاب کرد که فهم و برداشت وی از نظريه ولايت فقيه مطلقه درست نيست. اگر چه در پاسخ به عقب‌نشينی خامنه‌ای از او دلجويی کرد.
اما در کل آيت‌الله خمينی ميانه خوبی با جناح راست نداشت با آنها تعامل می‌کرد و توزيع کرسی‌های قدرت سهمی متوازن برای آنها در نظر می‌گرفت ولی جريان خودی و مطلوب وی جناح چپ (خط امام ) بود در ساليان آخر عمر آيت‌الله خمينی خط اصلی تبليغاتی نزديکان وی در جلوه دادن خامنه‌ای به عنوان نيرويی در مقابل خط امام و نظرات آيت‌الله خمينی بود. در کل آيت‌الله خمينی رابطه خاصی با خامنه‌ای نداشت.
او از شاگردان ويژه و نزديک بنيانگذار جمهوری اسلامی نبود. در هنگام معرفی خامنه‌ای به شورای انقلاب ابتدا آيت‌الله خمينی او را رد می‌کند و می‌گويد نمی‌شناسم. سرانجام با پا فشاری آيت‌الله منتظری به جمع اعضاء روحانی شورای انقلاب می‌پيوندد.
هچ نشانه و علامتی نيز وجود ندارد که آيت‌الله خمينی به رياست جمهوری او راضی بوده است. در اصل پذيرش رياست جمهوری خامنه‌ای که تا پيش از استيضاح بنی صدر عضو عادی مجلس بود بيشتر ناشی از يک اجبار بود. آيت‌الله خمينی موافق تشکيل حزب جمهوری اسلامی نبود و در نهايت نيز با نظر وی حزب تعطيل شد. در زمان تعطيلی حزب، خامنه‌ای دبير کل حزب بود و اين مساله نيز دليل ديگری دال بر فاصله بين خامنه‌ای و آيت‌الله خمينی است.
تحميل معرفی مير حسين موسوی به عنوان نخست‌وزير در دوره دوم رياست جمهوری نيز با دخالت مستقيم آيت‌الله خمينی صورت گرفت. مجموعه اين قرائن و مستندات نشانگر آن است که خامنه‌ای اگر چه در جمع کارگزاران ارشد و حلقه نزديکان به آيت‌الله خمينی بود اما در جرگه خواص وی نمی‌گنجيد.
هنوز ابعاد کامل آن جلسه و چگونگی انتخاب خامنه‌ای روشن نشده است. ممکن است انتشار اطلاعات تازه باعث شود حقايق نامکشوفی روشن گردد. اما بر اساس اطلاعات موجود رهبری خامنه‌ای در مجلس خبرگان کاملا تصادفی بوقوع پيوست. او قرار بود بعد از پايان دوره رياست جمهوری جايگزين موسوی اردبيلی در رياست قوه قضائيه گردد.
ابتدا گزينه شورايی شدن ولی فقيه مورد بررسی قرار گرفت. خود خامنه‌ای به عنوان مدافع اين طرح نطق کرد. اما طرح رای نياورد. وی از جمله کسانی بود که در صورت تصويب شورا در آن عضويت می‌يافت. نام‌های ديگری چون علی مشکينی، عبدالله جوادی آملی ، سيد عبدالکريم موسوی اردبيلی و احمد جنتی نيز برای شورا مطرح بود. اما کار به بررسی مصاديق نرسيد و پرونده طرح شورايی شدن رهبری همان ابتدا با بيست رای بسته شد.
طرح بعدی رهبری آيت‌الله گلپايگانی بود که شيخ محمد يزدی مدافع اصلی آن بود. او نيز بيش از انگشتان دو دست رای نياورد. زمينه‌ای نيز برای طرح ری شهری در رهبر کردن علی مشکينی نيز وجود نداشت. در چنين فضايی رفسنجانی به ميدان آمد و از موسوی اردبيلی خواست تا خاطره خود مبنی بر رضايت آيت‌الله خمينی به رهبری خامنه‌ای را بازگو کند. ذکر خاطره مشابهی از سوی سيد احمد خمينی نيز فضا را به سمتی برد تا اکثريت خبرگان که در استيصال برای انتخاب فوری جانشين آيت‌الله خمينی بودند به رهبری خامنه‌ای رضايت بدهند.
احمد آذری قمی نيز در گرم کردن بازار رهبری خامنه‌ای نقش زيادی داشت البته در آن جلسه تصويب شد تا دوره رهبری محدود به ۱۰ سال شود اما اين مصوبه هيچوقت عملی نشد.
اکثريت اعضاء خبرگان در حالی به خامنه‌ای بر مبنای خاطرات موسوی اردبيلی، هاشمی و سيد احمد خمينی رای دادند که ساعاتی پيش از آن وصيت نامه آيت‌الله خمينی توسط خود خامنه‌ای قرائت شده بود. در مقدمه وصيت نامه به صراحت ذکر شده بود به جز مواضعی که در زمان حيات وی در جرائد و صدا و سيما پخش شده است انتساب هيچ مطلب ديگری به وی اعتبار و سنديت ندارد. او حتی خانواده و پسرش را نيز به عنوان مرجع تعيين نظرات و سخنان مخفی و آشکار خود اعلام نکرد.
اين مسئله نخستين ايراد بزرگ انتخاب خامنه‌ای برای رهبری بود که بر اساس ادعايی غير مستند و ناسازگار با وصيت‌نامه بنيانگذار جمهوری اسلامی شکل گرفت.
اما تخلف بزرگتر که رهبری وی و پوشيدن ردای ولايت فقيه را غير قانونی و ناموجه می‌سازد، فقدان شرايط لازم بر طبق قانون اساسی قبلی بود. طبق قانون اساسی پيش از بازنگری مرجعيت شرط رهبری بود. خامنه‌ای نه تنها مرجع نبود بلکه فقاهت وی نيز زير سئوال بود. او خود نيز به اين ضعف واقف بود و به همين دليل به مجرد رهبر شدن، سيد محمود شاهرودی معلم خصوصی فقه او گشت.
تبعات غير قانونی بودن انتخاب خبرگان و تخلف آنها فقط محدود به آن رويداد تاريخی نمی‌شود بلکه کليت تصميمات و عملکرد جمهوری اسلامی از خرداد ۱۳۶۸ به بعد بر مبنای چارچوب قانونی، رويه حقوقی و ساختار تصميم‌گيری خود حکومت باطل و فاقد وجاهت قانونی است. چون تصميمات کلان توسط فردی گرفته شده يا تنفيذ شده است که صلاحيت قانونی حقوقی لازم برای تصدی مقام مربوطه را نداشته است.
اما ساختار حقيقی قدرت ساختار حقوقی را کنار زد و اراده‌اش را همچون گذشته با نفی قانون‌گرايی جلو برد. کسی دومين ولی فقيه در جمهوری اسلامی شد که در ماه‌های آخر حکومت پهلوی به يکی از چهره‌های انقلابی مشهد خصوصی گفته بود نظريه ولايت فقيه آيت‌الله خمينی مايه شرمساری است.
در ادامه در يک دسته‌بندی کلی رهبری خامنه‌ای در پنج فصل رياست جمهوری اول رفسنجانی، رياست جمهوری دوم رفسنجانی، دوران اصلاحات، دوران دولت مهروزی و دوره دولت اعتدال مورد بررسی قرار گرفته و ويژگی‌های آن تبيين می‌گردد.
دوره نخست رياست جمهوری رفسنجانی
اين دوره از سال ۱۳۶۸ شروع شده و در سال ۱۳۷۲ پايان می‌‌يابد. رهبری خامنه‌ای ابتدا با استقبال نسبی در جامعه مواجه شد. او در بين زمامداران وقت جمهوری اسلامی به اعتدال و ميانه‌روی مشهور بود و سابقه حشر و نشر با روشنفکران نيز مقبوليتی برای وی ايجاد کرده بود. همچنين در بين مقامات درجه يک جمهوری اسلامی نزديک‌ترين رابطه را با آيت‌الله منتظری داشت.
اما افکار عمومی توجه نداشت که وی در حوزه قانونگذاری، فرهنگی و اقتصادی همسو با جناح راست مواضع محافظه‌کارانه داشت و در حوزه سياست نيز آنچنانکه بعدها معلوم شد مخالفت مبنايی با ولايت مطلقه فقيه و انحصار قدرت نداشت بلکه از بهره‌برداری جريان رقيب از اين امتياز ناخرسند بود.
در اين دوره او پايه‌های رهبری‌اش را استوار ساخت. ضعف او در جايگاه رياست جمهوری باعث شده بود تا نيروهای اصلی حکومت فکر کنند که رهبری وی حالت تشريفاتی خواهد داشت. در اين ميان اکبر هاشمی رفسنجانی و سيد احمد خمينی تصور می‌کردند در توزيع قدرت نقش موثر خواهند داشت.
اما خامنه‌ای خيلی زود تصورات جناح چپ را نقش بر آب ساخت. منتها او نياز به متحدی برای حاشيه‌ای کردن جناح چپ داشت که هنوز اکثريت مجلس سوم بود و برخی از اعضايش انتخاب خامنه‌ای به رهبری را قبول نداشتند بنابراين با رفسنجانی ائتلاف کرد و در دور اول پذيرفت نقش رفسنجانی پر رنگ باشد.
منتها از ديد وی اين جايگاه موقتی بود و با پايان رياست جمهوری رفسنجانی خاتمه می‌يافت. اما رفسنجانی چنين چيزی را نمی‌خواست و باورش نمی‌شد که خامنه‌ای قادر باشد چنين طرحی را جلو ببرد.
خامنه‌ای در اولين گام مديريت و هدايت نهادهای نظامی را از رفسنجانی گرفت و برخلاف آيت‌الله خمينی به شخص ديگری واگذار نکرد. اقدام بعدی خانه‌نشين کردن مهندس موسوی بود. قبلا توافق شده بود مهندس موسوی رياست بنياد مستضعفان را در دست بگيرد اما محسن رفيقدوست سريع و بدون مقدمه قبلی با لباس نظامی وارد بنياد شد و مديريت آنجا را در دست گرفت.
خامنه‌ای از حمايت جناح راست نيز برخوردار بود. در اين دوره وی جناح راست را به بخش مسلط قدرت تبديل نمود. رهبران جناح راست و بخصوص ناطق نوری و مهدوی کنی وظيفه پاسخگويی به شبهات در خصوص شايستگی وی به رهبری و اجتهادش را بر عهده گرفتند. البته جامعه مدرسين حوزه عليمه قم نيز حامی رهبری وی بود. با استفاده از حربه نظارت استصوابی و رد صلاحيت برخی از کانديداهای جناح چپ، جناح راست اکثريت مجلس را در دست گرفت و ناطق نوری رئيس مجلس چهارم شد.
خامنه‌ای در اين دوره جناح راست را به عنوان نيروی اصلی حکومت برگزيد و به آن باور داشت. بنيادهای انقلابی کاملا از دست قوه مجريه خارج شدند. تغييرات در قانون اساسی نيز قدرت ولی فقيه را افزايش داد و کنترل وی بر منابع قدرت را نيز توسعه بخشيد. از همين دوره فرماندهان سپاه وارد سياست شدند و نقش مهمی در تحقق برنامه‌های خامنه‌ای ايفا کردند.
خامنه‌ای اين بار با پشت کردن به تمامی گرايش‌های شبه‌روشنفکری خود هويت بنيادگرايی سنت‌گرا را برگزيد. هويت سياسی و عقيدتی او در گذشته با فراز و نشيب‌هايی همراه بود امااو کاملا در سنت‌گرای تجددستيز در آمد که آراء سيد قطب و ايدئولوژی غرب‌ستيزی را با چاشنی فقه شيعه دنبال می‌نمايد.
او در اين مقطع ادعای مرجعيت نکرد اما زمينه‌های آن را فراهم ساخت. سفيد شدن به يکباره محاسن وی و همچنين اظهار نظرهای فقهی و حشر و نشر با مراجعی چون آيت‌الله بهجت و جوادی آملی و جذب مشکينی، شيخ محمد يزدی و احمد جنتی قدم‌های آگاهانه‌ای بودند که وی برای کسب مرجعيت برداشت.
او بی‌اعتنا به تبريک آيت‌الله منتظری در صدد محدود کردن استاد سابق خويش برآمد که از ناحيه انتقادات او احساس خطر می‌کرد. گروه‌های فشار در اين دوره در قالبی متفاوت با گذشته سازمان‌دهی شدند.
خامنه‌ای بر خلاف آيت‌الله خمينی کوشيد دستگاه ولايت فقيه را از حالت هياتی اداره شدن به صورت يک تشکيلات منظم متحول گردد. او روحانی و مرجع سنتی نبود بلکه يک روحانی ايدئولوژيک بود که حالا روزگار فرصتی برای وی ايجاد کرده بود تا در قالبی رهبری بنيادگرا آرزو‌هايش در ايران و جهان را تحقق بخشد.
ضعف موقعيت روحانی و فقهی باعث شد تا او بيشتر به نيروهای امنيتی و نظامی تکيه کند و سختگيری بر روحانيت از طريق دادگاه‌های ويژه را افزايش دهد. البته در حوزه سياست داخلی او نسبت به سلفش به طور نسبی معتدل‌تر برخورد کرد و خشونت حکومت در مقايسه با دهه شصت کاهش يافت. منتها اين کاهش باعث تعطيلی جباريت سياسی و اقتدارگرايی نشد و کماکان استبداد دينی با اتکاء به خشونت دولتی و شبه‌دولتی استمرار يافت.
خامنه ای همچنين کوشيد برخی از چهره های روحانی که در دوره آيت الله خمينی معضوب بوده يا مورد توجه نبودند را ارتقاء داده و بدين ترتيب آنها را مديون خود سازد. محمدتقی مصباح يزدی ،سيد محمود شاهرودی ، سيد محمد خامنه‌ای، استادی ، جواد لاريجانی ، شيخ محمد يزدی از اين دسته هستند.
او همچنين اسدالله لاجوردی را نيز به مديريت سازمان زندان‌ها برگرداند. اما ديگر زمانه زمانه‌ای نبود که لاجوردی بتواند اقدامات پليدش در ساليان نخست دهه شصت را عملی سازد.
در پايان اين دوره کم کم شکاف بين او و رفسنجانی علنی شد. رفسنجانی بر خلاف او به سمت تجدد و توسعه اقتصادی منهای توسعه سياسی حرکت کرد و دو همراه قديمی در مسيرهای جديدی قرار گفتند که آنها را از متحد استراتژيک به سمت رقابتی سرسخت در چارچوب نظام برد.
