مدیرمسئول روزنامه ایران به دلیل انتشار داستانی تمثیلی در این روزنامه که از آن تعبیر کنایه‌آمیزی درباره حصر رهبران جنبش سبز شده است، روز شنبه، اول اسفند به دادسرای فرهنگ و رسانه احضار شد.
پایگاه اطلاع‌رسانی دادستانی تهران این خبر را به نقل از عباس جعفری دولت‌آبادی، دادستان عمومی و انقلاب تهران گزارش داده و نوشته که محمد تقی روغنی‌ها جهت اخذ توضیح درباره «مطلب درج شده در روزنامه ایران» به دادسرای فرهنگ و رسانه احضار شده است.
این گزارش اما اشاره‌ای به عنوان مطلب مورد نظر نمی‌کند. با این حال وبسایت کلمه، نزدیک به میرحسین موسوی، مطلب مورد اشاره را داستان کوتاهی به قلم لیلی مشرقی دانسته که به تازگی در ضمیمه روزنامه ایران منتشر شده و در آن به سه پرنده اشاره می‌شود که «همسایه طبقه بالایی» از «پنج سال قبل» آنها را در قفس زندانی کرده با این گمان که آنها پرواز را فراموش کنند.
در انتهای این داستان آمده است: «اما مادر می‌گوید، آنها پرواز را فراموش نمی‌کنند حتی اگر بالی برای پریدن نداشته باشند. همسایه بالایی، این روزها آرام و قرار ندارد، شب‌ها توی خواب راه می‌رود و صدای قدم‌هایش را می‌شنویم. پدر نگران است و مادر هم به روی خودش نمی‌آورد. اما ما همچنان به پرنده‌های توی قفس فکر می‌کنیم.»
وبسایت کلمه بر اساس شنیده‌های خود نوشته که دادستانی اعتقاد دارد این داستان «حاوی توهین به رهبری است».
با این حال روزنامه ایران در توضیح کوتاهی که روز شنبه در این رسانه منتشر شده عنوان کرده که این‌ها «سوءبرداشت» و «تاویل‌های شبهه‌ناک» است که «مطلقا مورد نظر ایران نبوده و این روزنامه به هیچ‌وجه به انتشار مطلبی که حتی به نحو غیر‌مستقیم، حدود و حریم تصمیمات قانونی را نادیده بگیرد، رضایت نداده و نخواهد داد».
