آيت‌الله حسينعلی منتظری، سرشناس‌ترين روحانی منتقد حکومت ايران، از تخريب گورستان خاوران انتقاد کرده و گفته است: «با قبرهای آنها هم برخورد می‌شود.»
طی روزهای اخير خانواده‌هايی که بستگان آنها در تابستان سال ۱۳۶۷ اعدام و در گورستان خاوران دفن شده‌اند، از خاکبرداری گسترده با بولدوزر و تبدیل بخشی از محوطه گورستان به پارک خبر داده‌اند.
در اواخر دهه ۱۹۸۰ رينالدو گاليندوپل، نماينده وقت وِيژه حقوق بشر سازمان ملل متحد در مورد ايران، شمار اعدامی‌های دست‌جمعی سال ۱۳۶۷ را نزديک به دو هزار نفر برآورد کرده بود. گروه‌های مخالف دولت جمهوری اسلامی ایران اين تعداد را بیش از پنج هزار نفر می‌دانند.
آيت‌الله منتظری روز جمعه، در ديدار با اعضای نهضت آزادی، درباره تخريب «خاوران» گفت: «در رژيم سابق با مرده‌ها ديگر کاری نداشتند. آيا اين قبرستان‌هايی که خراب می‌کنند قبرستان کفار بوده است؟ حتی در مورد کفار هم اهانت بر ميت جايز نيست».
آقای منتظری همچنین اضافه کرد: «بعضی از کسانی که به يک سال زندان محکوم بودند و اعدام شدند حالا با قبرهای آنها هم برخورد می‌شود و برای خانواده هايشان مشکل درست می‌کنند. اينها چه کسانی هستند که اين گونه عمل می‌کنند؟».
آيت‌الله منتظری در سال ۱۳۶۷، هنگامی که جانشين آيت‌الله خمينی بود، طی نامه‌هايی به اعدام‌های دست‌جمعی آن سال اعتراض کرد.
اين اعتراض‌ها از جمله دلايل اصلی عزل آيت‌الله منتظری از جانشينی رهبری جمهوری اسلامی ايران شمرده شده است.
آقای منتظری در بخش ديگری از سخنرانی روز جمعه خود تصريح کرد: «در آن زمان رهبر انقلاب در پاريس اعلام نمودند که حتی کمونيست‌ها هم آزادند و میتوانند حرفشان را بزنند؛ ولی حالا وضع به گونه‌ای شده که مثلا با مجلس بزرگداشت مهندس بازرگان، با آن همه خدمات ارزنده، و يا بزرگداشت شهدای غزه مخالفت می‌کنند.»
پس از انتشار خبر تخريب گورستان خاوران به دستور دولت جمهوری اسلامی، سازمان عفو بين‌الملل طی بيانيه‌ای از دولت ايران خواست تا در حفاظت از این گورستان تا زمانی که مقدمات تحقيقات جنايی در اين زمينه فراهم شود بکوشد.
سازمان عفو بين‌الملل در بيانيه‌ای از دولت ايران خواسته است در حفاظت از گورستان خاوران تا زمانی که مقدمات تحقيقات جنايی در اين زمينه فراهم شود بکوشد.
آيت‌الله منتظری همچنين در دیدار خود با اعضای اعضای نهضت آزادی، از اینکه دولت مانع از برگزاری مراسم بزرگداشت مهدی بازرگان در حسينيه ارشاد شده است ابراز تأسف کرد.
روز پنجشنبه مأموران امنيتی ايران مانع از برگزاری مراسم چهاردهمين سالگرد درگذشت مهدی بازرگان، اولين نخست وزير پس از انقلاب، در حسينيه ارشاد شدند.
به گفته شاهدان عينی، نيروهای امنيتی با حضور در مقابل حسينيه ارشاد افرادی را که قصد حضور در اين مراسم داشتند متفرق کردند.
