علیرضا زاکانی، از نمایندگان اصولگرای مجلس که پیگیر استیضاح وزیر علوم، تحقیقات و فناوری است، گفته‌است که یکی از دلایل به جریان افتادن طرح استیضاح رضا فرجی‌دانا، «تشدید گسل‌های قومی، مذهبی و سیاسی درون دانشگاه‌ها» در دوره مدیریت او است.
به گزارش خبرگزاری فارس، آقای زاکانی روز یک‌شنبه پنجم مرداد با اشاره به دانشگاه‌ها گفت: «امکانی امروز فراهم شده که عده‌ای دنبال تجزیه‌طلبی هستند و مصادیق موجود است و مصوبات و مجوزهایش هم ازطریق وزارت علوم و سیستم زیرمجموعه این وزارتخانه گرفته شده‌است.»
نماینده تهران در مجلس افزود که این مسئله در جلسات نمایندگان پیگیر استیضاح با وزیر علوم به آقای فرجی‌دانا منتقل و به او گفته شده که «انتظار این است که یا باید تجزیه‌طلبی را قبول کند یا باید احکام و قواعدی به دانشگاه‌ها منتقل کند که محصولش محکوم کردن تجزیه‌طلبی و محکوم کردن افراطی‌گری باشد.»
به گفته آقای زاکانی، رضا فرجی‌دانا در پاسخ خواستار «ارائه مصادیق» شده اما نمایندگان ارائه مصداق را موکول به «قبول این سیاست» توسط وزیر علوم، تحقیقات و فناوری کرده‌اند.
این نماینده اصولگرا در عین حال، مواردی مانند جذب مجدد دانشجویان محروم از تحصیل (ستاره‌دار) در دانشگاه‌ها، معطل کردن سه هزار بورسیه، استفاده از افراد موسوم به «عناصر فتنه» در وزارت علوم و دانشگاه‌ها و عملکرد خلاف مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی را از دیگر دلایل استیضاح رضا فرجی‌دانا عنوان کرده است.
علیرضا زاکانی از افرادی است که به جز سه دور نمایندگی مجلس، در نهادهای امنیتی و اطلاعاتی نظامی هم مسئولیت داشته است.
او به وزیر علوم، تحقیقات و فناوری هشدار داده که تا ۱۶ مرداد یا شروط استیضاح‌کنندگان را بپذیرد و یا آماده استیضاح شود.
این نخستین بار است که شدت گرفتن آنچه «تجزیه‌طلبی در دانشگاه‌ها» عنوان شده، به عنوان یکی از دلایل استیضاح وزیر علوم، تحقیقات و فناوری بیان می‌شود.
موضوع رویکرد دولت روحانی به مسئله اقوام تاکنون در چند مورد، انتقاد جناح‌هایی در جمهوری اسلامی را در پی داشته‌است به طوری که این مسئله یکی از ۲۱ سؤال نمایندگان مجلس از وزیر اطلاعات دولت روحانی را تشکیل می‌داد که روز ششم اسفند سال گذشته عنوان شد.
۴۱ نماینده مجلس روز ششم اسفند ۹۲، در یکی از سؤال‌های خود از وزیر اطلاعات به آنچه «عدم توجه به اساس وحدت و انسجام ملی که بر پایه اسلام و ایران عزیز می‌باشد و اتخاذ سیاست‌هایی مغایر با اصول توسط معاون اقوام رئیس جمهور محترم» نامیدند اعتراض کردند.
مباحث مربوط به حقوق اقوام در ایران، به خصوص پس از انتصاب علی یونسی، وزیر اسبق اطلاعات به عنوان دستیار ویژه حسن روحانی در امور اقوام و اقلیت‌های دینی و مذهبی و برخی اظهارنظرهای جنجالی او، افزایش یافته‌است.
آقای یونسی در ماه‌های اخیر و در موضع‌گیری‌های جداگانه‌ای، از «محدودیت‌ها» علیه برخی اقوام و پیروان مذاهب انتقاد کرده است.
او همچنین از اینکه «برخی افراد و جریان‌های تندرو» به این موضوعات «نگاه امنیتی دارند» انتقاد کرده و گفته که این افراد «ممکن است در نهاد‌ها و ارگان‌های امنیتی هم نفوذ کرده باشند.»
دستیار ویژه رئیس جمهور افزوده که «این افراد کم هستند، ولی صدایشان بلند است.»
حسن روحانی، رئیس‌جمهوری ایران، نیز روز ۲۸ اردیبهشت در اظهاراتی کم‌سابقه به وجود تبعیض قومیتی در جمهوری اسلامی اذعان کرده و از این که در جمهوری اسلامی ایران، «نخبگان به دلایل قومیتی، مذهبی و اعتقادات سیاسی کنار زده می‌شوند» انتقاد کرد.
