در حالی‌که وزارت علوم ایران پیش از این از لغو ۸۶۳ مورد بورسیه «غیرقانونی» خبر داده بود، رهبر جمهوری اسلامی می‌گوید، «تحقیقات دقیق نشان می‌دهد مسئله بورسیه‌ها، به آن شکلی که در روزنامه‌ها با آن بازی کردند نبود.»
آیت الله علی خامنه‌ای، بدون اشاره به جزئیات به گفته او «تحقیقات دقیق» درعین حال اضافه کرد: «اما اگر هم بود باید از راه‌های قانونی... لغو می‌شد نه اینکه سر و صدا و جنجال درست شود.»
به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر رهبر جمهوری اسلامی، آقای خامنه‌ای شامگاه شنبه ۱۳ تیر، تأکید کرد که در این موضوع «به عده‌ای ظلم شد.»
رهبر جمهوری اسلامی همچنین آنچه که «حاشیه‌سازی» دربارهٔ این موضوع خواند را «از غلط‌ترین کارهای چند سال اخیر» و یکی از مصداق‌های به گفته او «سیاست‌بازی» در دانشگاه‌ها دانست.
آقای خامنه‌ای تأکید کرد: «سمّی که در این موضوع به دانشگاه‌ها تزریق شد از بینش فکری مبتنی بر سیاست‌کاری نشأت می‌گرفت و متأسفانه، هم خلاف قانون، هم خلاف تدبیر و هم خلاف اخلاق بود.»
پس از روی کار آمدن دولت حسن روحانی، مقامات وزارت علوم ایران از بورسیه شدن «غیرقانونی» بیش از سه هزار نفر در دولت محمود احمدی‌نژاد، رئیس جمهوری پیشین ایران، خبر دادند.
افشای بورسیه‌های «غیرقانونی» از جمله دلایل استیضاح و برکناری رضا فرجی دانا، وزیر پیشین علوم، در جلسه ۲۹ مرداد مجلس شورای اسلامی بود.
پس از آن وزارت علوم ایران روز جمعه دوم آبان ۹۳ در اطلاعیه‌ای ضمن اعلام نتایج بررسی پرونده سه هزار و ۷۷۲ نفر که در سال‌های ۸۸ تا ۹۲ بدون شرکت در آزمون، بورسیه شده‌اند از «لغو» ۸۶۳ مورد بورسیه «غیرقانونی» خبر داد.
این وزارتخانه در اطلاعیه خود بدون ذکر نام نوشته بود که «یک مدیر آموزش عالی» مشکلات خانوادگی خود را از طریق اعطای بورس «حل و فصل» کرده و «چند نفر در یک خانواده» بورسیه شده‌اند.
پیش از آن برخی رسانه‌ها خبر داده بودند که نام تعدادی از نمایندگان مجلس و فرزندان آنان از جمله نام فرزند و مسئول دفتر محمد مهدی زاهدی، وزیر علوم دولت احمدی‌نژاد و رئیس کمیسیون آموزش مجلس نهم نیز در لیست «بورسیه‌های غیرقانونی» به چشم می‌خورد.
جواد هروی، نماینده مجلس نیز ۲۹ تیر ۹۳ خبر داده بود که ۱۰ نفر از نمایندگان مجلس نهم و ۱۰ نفر از نمایندگان مجلس هشتم از این «بورسیه‌های غیرقانونی» استفاده کرده‌اند.
پیش از آن نیز سایت فرارو روز ۲۶ شهریور ۹۲ خبر داده بود که سارا دانشجو، دختر کامران دانشجو، وزیر علوم در دولت دهم، در روزهای پایانی دولت محمود احمدی‌نژاد از دانشگاه تربیت مدرس بورسیه دکترا دریافت کرده‌است.
معاون وزیر علوم: در رابطه با اسامی بورسیه‌ها شیطنتی رخ داد
به گزارش خبرگزاری صدا و سیما، سعدالله نصیری قیداری، معاون پارلمانی وزیر علوم ایران روز یک‌شنبه در واکنش به سخنان علی خامنه‌ای گفت: «در موضوع بررسی بورسیه‌های غیرقانونی تمام فعالیت‌ها به صورت کارشناسی و غیرسیاسی انجام شده‌است.»
وی اما در عین حال افزود که اظهارات رهبر جمهوری اسلامی «در رابطه با بحث رسانه‌ای شدن بورسیه‌ها بوده‌است» که این موضوع براساس گفته‌های آیت‌الله خامنه‌ای «کاملاً صحیح است و در این مسیر به بورسیه‌ها ظلم شد و نباید این بحث رسانه‌ای می‌شد.»
وی گفت: «در برهه‌ای شیطنتی در رابطه با اسامی بورسیه‌ها رخ داد که ما هم پیگیر این موضوع هستیم که این امر به چه طریق به برخی روزنامه‌ها و رسانه‌ها اطلاع‌رسانی شده‌است، البته سرنخ‌هایی در این رابطه از طریق روابط عمومی بدست آمده‌است و ما این آمادگی را داریم که این سرنخ‌ها را در اختیار مراجع قرار دهیم.»
وی تأکید کرد: «اگر حقی به طریقی غیرقانونی از کسی ضایع شده‌است باید ادا شود و ضایع‌کننده نیز مجازات شود.»
