خانواده شهرام امیری، در گفت‌وگو با رادیو فردا از اعدام او در روز چهارشنبه ۱۳ مرداد ماه خبر دادند. آقای امیری که در آمریکا به عنوان «دانشمند هسته‌ای»، و در ایران به عنوان «پژوهشگر» معرفی می‌شد، در سال ۸۹ از آمریکا به ایران بازگشت و اندکی پس از بازگشت زندانی شد.
مرضیه امیری، مادر شهرام امیری، روز شنبه ۱۶ مرداد ماه در این‌باره به رادیو فردا گفت که فرزندش روز چهارشنبه اعدام شده و جسد او پس از اعدام در تهران، برای خاکسپاری به کرمانشاه منتقل شده است.
در مورد اتهام‌های شهرام امیری، و روند دادرسی یا محاکمه احتمالی او، و نیز حکم احتمالی صادر شده برای او، و همچنین محل نگهداری او در این سال‌ها، ابهام‌های زیادی وجود دارد.
برخی وب‌سایت‌های خبری نوشته بودند که آقای امیری به اتهام «اقدام علیه امنیت ملی، و ارتباط با کشورهای متخاصم و جاسوسی» به ۱۰ سال زندان و پنج سال تبعید به شهرستان خاش محکوم شده، گرچه مقام‌های جمهوری اسلامی تاکنون درباره این خبر اظهارنظری نکرده‌اند.
شهرام امیری، خردادماه سال ۸۸ در جریان مراسم حج در عربستان سعودی ناپدید شد و حدود یک سال بعد در تیرماه سال ۸۹ از طریق دفتر حافظ منافع ایران در واشینگتن به تهران بازگشت.
پیش از بازگشت آقای امیری به ایران، رسانه‌های آمریکایی از او به عنوان «دانشمند هسته‌ای» یاد می‌کردند اما چندین ویدئوی متناقض از او انتشار یافت که دلیل حضور او در آمریکا را در هاله‌ای از ابهام قرار داد.
شهرام امیری در یکی از این کلیپ‌های ویدئویی گفته بود که مأموران سازمان اطلاعات مرکزی آمریکا، «سی.آی.اِی» او را در شهر مدینه ربوده و به آمریکا منتقل کرده‌اند.
شهرام امیری در این ویدئو گفته بود که هدف اصلی از ربودن وی «اعمال فشار سیاسی به ایران و اثبات دروغ‌هایی است که آمریکا علیه جمهوری اسلامی مطرح می‌کند».
در این میان شبکه خبری «ای. بی. سی» که پیشتر در گزارشی اعلام کرده بود شهرام امیری با سازمان اطلاعات مرکزی آمریکا همکاری کرده است، اقدام به انتشار ویدئوی دیگری درباره او کرد که شهرام امیری در آن گفته بود قصد ادامه تحصیل در آمریکا را دارد و اطمینان می‌دهد که آزاد و در امان است.
آقای امیری در این ویدئو تأکید کرده بود که تجربه تحقیقات تسلیحاتی ندارد، هیچ اقدامی علیه میهن خود انجام نداده و صرفاً برای تحصیل به آمریکا رفته است.
همزمان، برخی رسانه‌های آمریکایی نیز گزارش داده بودند که شهرام امیری از طریق عربستان، به آمریکا پناهنده شده و در ایالت آریزونا زندگی می‌کند.
با وجود انتشار این ویدئوها، وزارت امور خارجه ایران، آن زمان، همچنان آمریکا را به ربودن شهرام امیری متهم و اعلام کرد که ایران، این «آدم‌ربایی» را مورد پیگیری سیاسی و حقوقی قرار می‌دهد.
اما وزارت خارجه آمریکا، در واكنش به اين اخبار، در تیرماه سال ۸۹ اعلام كرد كه شهرام اميرى با تمايل خود به آمريكا آمده و آزاد است که به ایران بازگردد.
سرانجام، شهرام امیری ۲۴ تیرماه سال ۸۹ به ایران بازگشت و توسط خانواده و برخی مقام‌های جمهوری اسلامی از جمله حسن قشقاوی، از معاونان وزیر خارجه ایران در آن زمان، مورد استقبال قرار گرفت، اما چندی بعد، به گزارش برخی وب‌سایت‌های منتقد حکومت ایران از جمله سحام‌نیوز، بازداشت و زندانی شد.
