روزنامه نیویورک تایمز از قول سه مقام اطلاعاتی گزارش داد که قتل محسن فخری‌زاده چهره ارشد در برنامه هسته‌ای ایران، کار اسرائیل بوده است.
ساعاتی بعد از ترور آقای فخری‌زاده در روز جمعه ۷ آذر این روزنامه آمریکایی از قول سه مقام اطلاعاتی که نامی از آنها برده نشده، نوشت که اسرائیل پشت حمله به فخری‌زاده بود.
این گزارش می‌افزاید، «هنوز معلوم نیست آیا ایالات متحده از پیش در جریان این عملیات بوده یا نه، اما دو کشور مدت‌هاست که در رابطه با ایران تبادل اطلاعات می‌کنند».
کاخ سفید از پاسخ به نیویورک تایمز در این زمینه خودداری کرده است. اسرائیل نیز در رابطه با این اقدام سکوت کرده، اما بنیامین نتانیاهو نخست وزیر اسرائیل قبلا در یک کنفرانس گفته بود «این نام (فخری‌زاده) را به یاد داشته باشید».
در سال‌های گذشته گزارش‌هایی درباره تلاش دولت اسرائیل برای کشتن محسن فخری‌زاده منتشر شده است. آقای نتانیاهو زمانی که اعلام کرد ماموران موساد اسناد اتمی ایران را دزدیده‌اند، نام فخری‌زاده را به عنوان مغز متفکر برنامه هسته‌ای ایران ذکر کرد.
برخی از مقامات ارشد ایران نیز کشتن فخری‌زاده را به اسرائیل نسبت داده‌اند، از جمله محمدجواد ظریف وزیر خارجه جمهوری اسلامی که با انتشار توئیتی اعلام کرد «این عمل بزدلانه با نشانه‌های جدی نقش اسرائیلی‌ها نشان‌دهنده جنگ افروزی جنایتکاران است».
نیویورک تایمز می‌نویسد که قتل چهره ارشد در برنامه هسته‌ای ایران «تلاش جو بایدن رئیس‌جمهور منتخب آمریکا برای احیای توافق هسته‌ای با جمهوری اسلامی را پیچیده خواهد کرد».
دونالد ترامپ رئیس‌جمهوری آمریکا در سال ۲۰۱۸ از برجام خارج شد و تحریم‌های سختی علیه ایران وضع کرد. ایران نیز در قبال این تحریم‌ها از تعهدات هسته‌ای خود عدول کرده است.
آقای ترامپ روز جمعه در واکنش به قتل فخری‌زاده توئیت یک کارشناس نظامی-امنیتی اسرائیل را هم‌رسانی کرد که گفته بود «مرگ وی ضربه‌ای حرفه‌ای و روانی بر جمهوری اسلامی است».
چندین مقام آمریکایی که از آنها نیز نامی برده نشده، بدون تایید صحت و سقم طراحی این اقدام توسط اسرائیل و آمریکا به نیویورک تایمز گفته‌اند چنین حادثه‌ای یک پیام روشن به همه دانشمندانی است که برنامه هسته‌ای ایران را پیش می‌برند: «اگر ما دستمان به فخری‌زاده رسید، به شما هم خواهد رسید».
همچنین قتل این دانشمند هسته‌ای دو هفته بعد از انتشار گزارش‌هایی از کشتن ابومحمد المصری، نفر دوم القاعده، در تهران توسط ماموران اسرائیلی در مرداد ماه سال جاری اتفاق افتاده است.
خبرگزاری آسوشیتدپرس نوشته بود آمریکا اطلاعات درباره مکان و هویت مرد شماره دو القاعده را به ماموران موساد داده بود.
