در حالی که در پیام رهبر جمهوری اسلامی درباره محسن فخریزاده از عبارت «دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای و دفاعی کشور» نام برده شد، برخی از مقام‌های ارشد دولت و رسانه‌ها نشانه‌هایی از عدم ارتباط او با صنعت هسته‌ای ایران مطرح کرده‌اند.
به موازات این موضوع، بحث نقش فخریزاده در تولید «اولین کیت ایرانی تشخیص کرونا» و پیشبرد پروژه «واکسن کرونای ایرانی» مطرح شده است، از جمله رسانه‌های نزدیک به سپاه گزارشی را با این تیتر منتشر کرده‌اند: «چرا موساد سازنده واکسن ایرانی کرونا را ترور کرد؟»
البته هنوز خبری از ساخت واکسن نیست و به گفته مقام‌های وزارت بهداشت، ساخت یک واکسن که در مجموعه زیر نظر فخریزاده صورت گرفته، به مرحله آزمایش انسانی رسیده است که ماه‌ها تا مرحله تایید و تولید فاصله دارد.
علاوه بر این در یک اظهارنظر مهم دیگر امیر حاتمی، وزیر دفاع ایران گفته است که «محشور شدن ایشان با دانشمندان هسته‌ای باعث شده بود» که به عنوان دانشمند هسته‌ای «شهرت داشته باشد».
او حوزه کاری فخریزاده را «پدافند هسته‌ای وزارت دفاع» اعلام کرده است.
محمد باقری، رئیس ستاد کل نیروهای مسلح ایران، نیز در پیام خود بدون هیچ اشاره‌ای به فعالیت‌های هسته‌ای فخریزاده او را یکی از «مدیران ارشد صنعت دفاعی کشور» خواند.
علی‌اکبر صالحی، رئیس سازمان انرژی اتمی ایران، هم مانند وزیر دفاع حوزه کاری فخریزاده را «پدافند هسته‌ای» اعلام کرد.
علاوه بر این در در پیام‌های حسن روحانی، رئیس‌جمهوری، محمدباقر قالیباف، رئیس مجلس، حسین سلامی، فرمانده سپاه، صادق لاریجانی، رئيس مجمع تشخیص مصلحت نظام، محمود علوی، وزیر اطلاعات، احمد جنتی، رئیس مجلس خبرگان رهبری، اسماعیل قاآنی، فرمانده نیروی قدس سپاه، غلامعلی رشید، فرمانده قرارگاه خاتم‌الانبیاء، غلامرضا جلالی، فرمانده سازمان پدافند غیرعامل و ... نیز اشاره‌ای به عبارت «دانشمند هسته‌ای» نشده است.
این رویکرد هماهنگ نمی‌تواند کاملا تصادفی باشد و نشان می‌دهد که در سطوح رسمی حکومت یک نوع دستور کار برای پرهیز از «هسته‌ای» معرفی کردن فخریزاده وجود دارد.
چنین اظهارنظرهایی با واکنش منفی برخی نمایندگان مجلس و رسانه‌ها مواجه شده است.
فریدون عباسی، رئيس کمیسیون انرژی مجلس، بیش از همه در این زمینه منتقد بوده است. او در برنامه «جهان‌آرا» که از شبکه تلویزیونی افق پخش می‌شود، گفت: «به من می‌گویند که نگو فخریزاده دانشمند هسته‌ای بوده» و خودش تاکید می‌کند که فخریزاده «موثرترین فرد کشور در حوزه هسته‌ای بود و نقشه راه هسته‌ای کشور را تهیه کرد».
احمد وحیدی، وزیر پیشین دفاع، هم گفته که «رشته تخصصی» آقای فخریزاده «هسته‌ای» بوده و او را «شمع جمع دانشمندان هسته‌ای» معرفی کرده است.
اما چنین تضاد و انکاری یا حداقل ناهماهنگی در معرفی فخریزاده چرا به وجود آمده است؟
فریدون عباسی، رئيس کمیسیون انرژی مجلس، می‌گوید انکار «هسته‌ای بودن» محسن فخریزاده، «زمینه‌ای است برای مذاکرات بعدی».
او از جمله کسانی است که معتقد است در واکنش به این ترور، حکومت ایران باید اجرای پروتکل الحاقی را لغو کند و به بازرسی‌های آژانس پایان دهد.
چنین اقدامی در شرایط کنونی می‌تواند به معنای افزایش حداکثری تنش‌ها و بن‌بست در مسیر بازگشت دولت بایدن در برجام باشد.
از نظر چهره‌هایی چون فریدون عباسی، حامیان برجام می‌خواهند نقش «هسته‌ای» فخریزاده را کمرنگ کنند و بگویند چون دانشمند هسته‌ای ترور نشده، لزومی ندارد پروتکل الحاقی یا پیشنهادهای مشابه اجرایی شود تا کماکان مسیر مذاکره را باز نگه دارند.
وجه دیگر این ماجرا اما می‌تواند به سابقه محسن فخریزاده باز گردد. القابی چون «پدر بمب اتمی» ایران، «مرد مرموز هسته‌ای»، «مغز متفکر برنامه اتمی» و «مهره و چهره کلیدی برنامه اتمی» ایران در طول دو دهه گذشته بیشتر از سوی دولت اسرائیل، سازمان مجاهدین خلق و رسانه‌های غربی مطرح شده است.
با توجه به بار بسیار قوی این عبارت‌ها، برخی مقام‌های جمهوری اسلامی ایران احتمالا بر این باور هستند که نباید با تمرکز و برجسته‌کردن این القاب و عبارت‌ها، نقش و ضربه روانی ترور محسن فخریزاده را افزایش داد و در زمین آن‌ها بازی کرد.
سال ۹۰ پس از ترور مصطفی احمدی‌روشن نیز بحث‌هایی درباره اینکه او دانشمند هسته‌ای بوده است یا نه، مطرح شد.
در آن زمان خانواده احمدی‌روشن، برخی مقام‌های حکومت و رسانه‌های نزدیک به سپاه به شدت تاکید داشتند که احمدی‌روشن «دانشمند هسته‌ای» بوده ولی فریدون عباسی، رئيس سازمان انرژی اتمی در گفت‌وگویی که سال ۹۳ در نشریه «رمز عبور» منتشر شد، تلویحا این موضوع را تکذیب کرد و گفت این فرد در «تامین مایحتاج صنعت هسته‌ای» فعال بوده است.
با این حال شش سال پس از آن تاریخ، فریدون عباسی وارد یک چالش دیگر شده و می‌خواهد ثابت کند که بر خلاف دستور کار شایع که فخریزاده را «دانشمند هسته‌ای» نمی‌داند، او «دانشمند هسته‌ای» بوده است.
این اختلاف‌نظرها و تغییر مواضع، علاوه بر ابعاد فنی و بین‌المللی احتمالی، ممکن است ریشه در برخی رقابت‌های داخلی بین مهره‌های دخیل در برنامه هسته‌ای ایران هم داشته باشد.
