علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران می‌گوید دستگاه‌های امنیتی ایران از «محل بروز احتمالی» سوءقصد به محسن فخری‌زاده مطلع بودند و می‌دانستند که «قرار است در همین نقطه‌ای» که کشته شد ترور شود، ولی چون «دشمن از سبک و شیوه کاملا جدید، حرفه‌ای و تخصصی استفاده» کرد، عملیات ترور فخری‌زاده موفق بود.
او که در حاشیه مراسم تشییع محسن فخری‌زاده، «مرد مرموز و هسته‌ای» جمهوری اسلامی، سخن می‌گفت، از وجود یک برنامه ۲۰ ساله برای ترور این دانشمند هسته‌ای خبر داد و گفت سیستم‌های اطلاعاتی با دقت «احتمال وقوع حادثه» و «محل بروز احتمالی» آن را پیش‌بینی کرده بودند ولی «به دلیل تواتر اخبار در طول این ۲۰ سال متاسفانه جدیت مورد نیاز اعمال نشد».
به گزارش خبرگزاری ایرنا، علی شمخانی گفت که دستگاه‌ها و سیستم‌های اطلاعاتی جمهوری اسلامی «به این اطلاعات رسیدند که ایشان هدف است و قرار است در همین نقطه‌ای که به شهادت رسید، اقدامی علیه ایشان صورت بگیرد.»
مراسم تشییع محسن فخری‌زاده روز دوشنبه ۱۰ آذر در تهران در محل ستاد وزارت دفاع با حضور برخی مقام‌های نظامی مانند فرماندهان سپاه و ارتش و همچنین وزیران دفاع و راه و شهرسازی و رئيس سازمان انرژی اتمی ایران برگزار شد.
آقای شمخانی در عین حال گفته است که «تقویت لازم در رابطه با حفاظت» محسن فخری‌زاده صورت گرفته بود.
دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران توضیح نداده است که منظورش از عبارت «جدیت مورد نیاز اعمال نشد» چیست.
پیش از این، حسین دهقان، مشاور نظامی رهبر جمهوری اسلامی گفته بود که علت ترور محسن فخری‌زاده «رخنه و نفوذ و شکاف» امنیتی بوده و مقامات مسئول «باید جواب دهند».
او نیز مانند علی شمخانی با رد انتقادها درباره کافی نبودن حفاظت از آقای فخری‌زاده گفت که این فرد «کاملا حفاظت می‌شد» و تیم حفاظت فخری‌زاده «در سطوح بالای حفاظتی بود» و «خودروهای متناسب در اختیار» آقای فخری‌زاده قرار داشته است.
در روزهای گذشته انتقادات متعددی درباره ضعف دستگاه‌های امنیتی ایران در این ماجرا مطرح شده است.
محسن رضایی، دبیر مجمع تشخیص مصلحت ایران با اشاره به همین انتقادها، در نامه‌ای به حسن روحانی خواستار آسیب‌شناسی و هماهنگی دستگاه‌های اطلاعاتی شده است.
در حال حاضر ده‌ها دستگاه امنیتی و اطلاعاتی در ایران فعالیت دارند که به جز وزارت اطلاعات عمده این نهادها تحت نظر رهبر جمهوری اسلامی یا نهادهای نظامی و انتظامی وابسته به او قرار دارند.
آقای شمخانی همچنین گفته است که در حادثه منجر به ترور فخری‌زاده، «هیچ فردی در صحنه حضور نداشت و از تجهیزات الکترونیکی استفاده شده بود.
او گفته است سوابق کسی که این عملیات را «طراحی» کرده، «مکشوف» است و سازمان مجاهدین خلق و اسرائيل را متهم به نقش داشتن در این ترور کرد.
روز گذشته خبرگزاری فارس نزدیک به سپاه پاسداران در گزارشی نوشت که تیراندازی به سمت خودروی محسن فخری‌زاده، با استفاده از «سلاح‌های خودکار» صورت گرفته و «هیچ عامل انسانی در محل ترور حضور نداشته است».
بر اساس این روایت، در این ترور از خودرو نیسانی که در فاصله ۱۵۰ متری ماشین فخری‌زاده متوقف بوده، از یک دستگاه تیربار اتوماتیک کنترل از راه دور، شلیک‌های متعددی» صورت می‌گیرد که در نهایت منجر به کشته‌شدن فخری‌زاده می‌شود.
بر اساس این گزارش، در بررسی هویت مالک خودروی نیسان مشخص شده که او «روز ۸آبان از کشور خارج شده است».
خبرگزاری فارس افزوده که کل این عملیات «سه دقیقه» طول کشیده و «هیچ عامل انسانی در محل ترور حضور نداشته و تیراندازی‌ها تنها توسط سلاح خودکار انجام شده است».
