هیئت مأمور شده توسط رئیس ستاد کل نیروهای مسلح ایران برای بررسی دلایل سقوط هلیکوپتر ابراهیم رئیسی، در دومین گزارش خود اعلام کرد وقوع «انفجار ناشی از خرابکاری» و اختلال در ارتباط با آن و آثار «جنگ الکترونیک» پیش از این سانحه «منتفی» است.
با این حال در گزارش هیئت عالی بررسی ابعاد و علل سانحه بالگرد رئیس‌جمهور سابق ایران که روز چهارشنبه ۹ خرداد منتشر شد، آمده است وضعیت هوا در مسیر بازگشت هلیکوپتر رئیسی و همراهانش از سد قیزقلعه‌سی به تبریز با توجه به «دریافت آخرین اسناد دریافتی و اظهارات خلبانان و سرنشینان دو بالگرد دیگر نیاز به بررسی بیشتر دارد».
این گزارش همچنین می‌گوید بررسی اسناد و سوابق تعمیر و نگهداری هلیکوپتر آسیب‌دیده نشان می‌دهد اشکالی که «بتواند در وقوع سانحه موثر باشد مشاهده نشد».
گزارش ستاد کل نیروهای مسلح همچنین می‌گوید «عدم پاسخگویی» خلبانان هلیکوپتر سقوط کرده «۶۹ ثانیه» طول کشیده است.
این در حالی است که در گزارش اولیه همین هیئت عالی آمده بود آخرین زمان ارتباط خلبانان بالگرد سانحه دیده با دو بالگرد دیگر «حدود یک و نیم دقیقه» قبل از سانحه بوده است و گزارش دوم می‌گوید آن مدت زمان «تقریبی» بود.
این گزارش تصریح کرده است که «وقوع انفجار ناشی از خرابکاری در جریان پرواز و لحظات قبل از برخورد به دامنه ارتفاعات منتفی است».
با این حال در این گزارش اذعان شده که «علت اصلی سانحه» هنوز «کشف» نشده و بررسی‌ها همچنان ادامه خواهد داشت.
در نخستین گزارش این هیئت که روز چهارم خرداد و همزمان با مراسم خاگسپاری ابراهیم رئیسی منتشر شد، آمده بود: «آثار اصابت گلوله و یا موارد مشابه آن در اجزای باقی مانده بالگرد سانحه دیده مشاهده نشده است.»
دو گزارش منتشر شده توسط ستاد کل نیروهای مسلح همچنان توضیحی برای اظهارنظرها و گزارش‌های متناقض مقام‌های جمهوری اسلامی و مسئولانی که در دو هلیکوپتر دیگر بوده‌اند، ارائه نداده است.
یک گزارش ۱۲ دقیقه‌ای که تلویزیون حکومتی ایران روز یکشنبه پخش کرد، نشان می‌داد وزیر نیرو کابینه رئیسی مدت کوتاهی بعد از فرود با یکی از دو هلیکوپتر دیگر در معدن مس سونگون و در پی تماس تلفنی با شخصی که گفته می‌شد امام جمعه تبریز بود و در هلیکوپتر ابراهیم رئیسی حضور داشت، از وقوع حادثه باخبر شده است.
با این حال، مقام‌ها و رسانه‌های حکومتی ایران تا چند ساعت بعد از وقوع سانحه از آن به عنوان «فرود سخت» یاد می‌کردند و احمد وحیدی، وزیر کشور، نیز همین تعبیر را به کار برد.
همچنین علی نیکزاد، نایب رئیس مجلس شورای اسلامی، نیز پیش از خاکسپاری ابراهیم رئیسی در یک گفت‌وگوی تلویزیونی اعلام کرد از طریق صحبت با «یکی از روستائیان» در نزدیکی محل، متوجه سقوط بالگرد حامل ابراهیم رئیسی و همراهانش شده بود.
همچنین شیوه امدادرسانی و جست‌وجو برای یافتن هلیکوپتر همچنان محل ابهام است و رسانه‌های داخل ایران نیز از وضعیت آشفته آن انتقادهایی مطرح کردند.
روزنامهٔ هم‌میهن روز سوم خرداد نوشت درحالی‌که «نیروهای رسمی» هنوز به محل حادثه نرسیده بودند، «روزنامه‌نگاران ترکیه» در محل حاضر بودند و از آن‌جا «گزارش مستقیم» ارائه می‌کردند، همچنین «گروه‌های مردمی موتورسوار» نیز پیش از نیروهای امداد و نجات حکومت به محل سقوط هلیکوپتر رسیده بودند.
این در حالی است که گزارش جدید ستاد کل نیروهای مسلح در این زمینه سکوت کرده است.
در گزارش نخست هیئت عالی مأمور شده توسط ستاد کل نیروهای مسلح آمده بود که «به دلیل پیچیدگی منطقه، مه گرفتگی و درجه حرارت پایین» عملیات تجسس تا شب طول کشید و بامداد روز بعد پهپادهای ایرانی محل دقیق سانحه را یافتند.
اما مقام‌های ترکیه پیش از آن اعلام کرده بودند پهپاد این کشور توانسته بود محل دقیقه سقوط را به اطلاع مقام‌های ایرانی برساند که این ادعا با تکذیب مقام‌های نظامی ایران مواجه شد.
