فرزند آیت‌الله حسینعلی منتظری در مصاحبه‌ای احمد خمینی را متهم کرد که از سال ۵۹ برای حذف آیت‌الله منتظری برنامه‌ریزی کرده و قصد داشته رهبر جمهوری اسلامی شود اما فوت آیت‌الله خمینی «زودتر از زمانی که او تصور می‌کرد رخ داد و برنامه‌شان پیش نرفت».
سید احمد خمینی، دومین فرزند روح‌الله خمینی، بنیانگذار جمهوری اسلامی بود. احمد خمینی در ۴۹ سالگی بر اثر بیماری درگذشت.
احمد منتظری، در مصاحبه‌ای با وب‌سایت زیتون که روز چهارشنبه ۲۵ بهمن منتشر شده، گفت که احمد خمینی قصد داشت، آیت‌الله منتظری را حذف کند و «با اطلاعاتی» که به آیت‌الله خمینی داد، باعث شد که او هم «سر این موضع قرار گرفت».
وی تأکید کرد که احمد خمینی برای «رهبری خود برنامه داشت» اما فوت آیت‌الله خمینی «زودتر از زمانی که او تصور می‌کرد رخ داد و برنامه‌شان پیش نرفت».
احمد منتظری با اشاره به آنچه وی «دخالت بی‌جای» احمد خمینی در «بیت آیت‌الله منتظری» از سال‌های آغازین پس از انقلاب ۵۷ نامید، گفت که «او از همان زمان به دنبال حذف» قائم‌مقام رهبر جمهوری اسلامی بود.
به گفته آقای منتظری، احمد خمینی در سال‌های ابتدایی پس از انقلاب ۵۷ نامه‌ای به آیت‌الله منتظری می‌نویسد و می‌گوید که «اصلاً وقتی امام زنده است شما چرا دفتر تشکیل می‌دهید؟ اصلاً شما دفتر می‌خواهید چکار؟».
در نامه مورد اشاره احمد منتظری که در سال ۵۹ نوشته شده‌است، احمد خمینی خطاب به آیت‌الله منتظری می نویسد که «به زور نمی‌شود رهبر و مرجع (تقلید) شد».
وی در این نامه به پخش اخبار دیدارهای آیت‌الله منتظری از تلویزیون و رادیو و همچنین شعارهایی که در حمایت او در مراسم رسمی داده می‌شود اعتراض می‌کند.
سخنان احمد منتظری مدتی پس از آن بیان می‌شود که انتشار ویدئوهایی از نشست مجلس خبرگان، بعد از درگذشت آیت‌الله خمینی، بنیانگذار جمهوری اسلامی، و انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان جانشین او بازتاب گسترده‌ای داشته‌است.
در این جلسه همچنین برای پذیرش استعفای آیت‌الله منتظری از سمت قائم‌مقامی رهبر جمهوری اسلامی رای‌گیری می‌شود در حالی که آیت‌الله خمینی پیش از آن با این استعفا موافقت کرده بود.
برخی از تحلیل‌گران موافقت مجلس خبرگان رهبری با استعفای آیت‌الله منتظری را نشانه‌ای از غیرقانونی بودن موافقت آیت‌الله خمینی با استعفای قائم مقام رهبری دانسته‌اند.
در همین ارتباط، محسن کدیور، روحانی و پژوهشگر دینی، در وب‌سایت خود نوشت که «رای‌گیری نود ثانیه‌ای با عنوان تصنعی پذیرش استعفای ایشان از رهبری در ابتدای جلسه مورخ ۱۴ خرداد ۱۳۶۸، سیمایی غیراخلاقی از اکثر اعضای مجلس خبرگان به نمایش می‌گذارد. فایل تصویری این اجلاسیه سند افتضاح روحانیون حکومتی است تا آنجا که این پرسش را به ذهن متبادر می‌کند: آقایان، دین کیلویی چند؟!».
در همین حال احمد منتظری گفت که احمد خمینی نیز جزو گزینه‌های مطرح برای رهبری جمهوری اسلامی بود.
وی اضافه کرد: «بعد از انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای به رهبری، آیت‌الله منتظری گفت که خیرالموجودین انتخاب شد؛ و خوشحال بود که اشخاص دیگری که مطرح بودند از جمله آیت‌الله گلپایگانی که اصولاً شخصیت سیاسی نبودند یا احمد آقای خمینی انتخاب نشدند».
اتهام دخالت آیت‌الله خمینی و احمد خمینی در پرونده مهدی هاشمی
حذف آیت‌الله منتظری از سمت قائم‌مقامی رهبری به دنبال اختلافات او با آیت‌الله خمینی بر سر موضوعاتی چون پرونده مهدی هاشمی، برادر داماد آیت‌الله منتظری و اعدام زندانیان سیاسی در تابستان سال ۶۷ رخ داد.
آیت‌الله خمینی در فروردین‌ماه سال ۶۸ در نامه‌ای با استعفای آیت‌الله منتظری از قائم‌مقامی رهبری موافقت کرد. موافقت آیت‌الله خمینی با این استعفا در حالی بود که آیت‌الله منتظری توسط مجلس خبرگان رهبری به این سمت انتخاب شده بود نه توسط روح‌الله خمینی.
در همین حال به گفته احمد منتظری، یک ماه و نیم پیش از استعفای آیت‌الله منتظری، «در ۲۲ بهمن سال ۶۷ که جشن‌هایی در سفارتخانه‌های ایران در کشورهای خارجی برگزار می‌شد، برخی از مقام‌های کشورهای خارجی خبر داشتند که قرار است آیت‌الله منتظری برکنار شود».
وی در این مصاحبه همچنین گفت که از پدرش خواسته، نامه‌های درخواست برای توقف اعدام زندانیان سیاسی درسال ۶۷ را ننویسد و سخنانش را به صورت شفاهی با مقامات جمهوری اسلامی بیان کند اما آیت‌الله منتظری در پاسخ به او گفته‌است که «همه چیز تمام شد… خونی که به ناحق ریخته شده باشد همه چیز را از بین می‌برد».
یکی از موضوعات مورد اختلاف آیت‌الله منتظری و آیت‌الله خمینی، پرونده مهدی هاشمی، برادر داماد آیت‌الله منتظری بود. مهدی هاشمی در مهر ماه سال ۶۷ با اتهام «محاربه» اعدام شد. یکی از اتهامات مهدی هاشمی، صدور دستور قتل آیت‌الله شمس‌آبادی، از روحانیون اصفهان در زمان شاه بود.
در همین حال احمد منتظری در این مصاحبه گفت که این قتل پس از سخنان آیت‌الله خمینی دربارهٔ برخورد با روحانیون مخالف انقلاب علیه رژیم شاه انجام شده و او مطمئن نیست که مهدی هاشمی دستور قتل او را داده باشد.
پیش از قتل آیت‌الله شمس‌آبادی، آیت‌الله خمینی در سخنانی علیه روحانیونی که با حرکت او برای مبارزه با حکومت شاه همراه نبودند گفته بود: «باید جوان‌های ما عمامه‌های این‌ها را بردارند… چرا عمامه‌های این‌ها را برنمی‌دارند؟ من نمی‌گویم بکشند، این‌ها قابل کشتن نیستند لکن عمامه از سرشان بردارند… لازم نیست آن‌ها را خیلی کتک بزنند، لکن عمامه‌هایشان را بردارند».
احمد منتظری، در این مصاحبه همچنین آیت‌الله خمینی و احمد خمینی را متهم به دخالت غیرقانونی در پرونده مهدی هاشمی کرد.
به گفته آقای منتظری، محمدصادق صالحی‌منش، استاندار قم در دولت حسن روحانی که از نزدیکان آیت‌الله خمینی بوده، در این باره گفته‌است: «ما بعد از بازداشت سید مهدی هاشمی در جماران در جلسه‌ای بودیم که احمد خمینی در جلسه آمد و گفت اگر ما بخواهیم که این سید (مهدی هاشمی، برادر داماد آیت‌الله منتظری) را اعدام کنیم چه کسی حاضر است حکمش را بدهد؟ آقای رازینی گفت من. فردای آن روز رادیو اعلام کرد که طی حکمی از سوی امام خمینی آقای رازینی به عنوان حاکم شرع دادگاه ویژه روحانیت منصوب شد».
علی رازینی، رئیس دادگاه مهدی هاشمی بود که او را به اعدام محکوم کرد.
سال گذشته نیز یک فایل صوتی متعلق به آیت‌الله حسینعلی منتظری، قائم‌مقام برکنارشده آیت‌الله خمینی، مربوط به ۲۴ مرداد سال ۶۷ منتشر شد که در این فایل صوتی آیت‌الله منتظری در دیدار با اعضای هیئت مرگ، از اعدام‌های سال ۶۷ در ایران به عنوان «بزرگترین جنایت جمهوری اسلامی» یاد می‌کند.
پس از انتشار این فایل صوتی، احمد منتظری به ۲۱ سال زندان محکوم شد که ۶ سال از این حکم اجرا می‌شود.
آقای منتظری منتظری روز چهارشنبه چهارم اسفند ۹۵ بدون «احضار رسمی» و در پی فراخوانده شدن به دادگاه ویژه روحانیت قم بازداشت و یک روز بعد با عنوان «مرخصی هشت‌روزه» آزاد شد.
وی صبح روز شنبه ۱۴ اسفند ۹۵ با پایان یافتن مدت مرخصی، بر حسب قرار قبلی به دادسرای ویژه روحانیت قم مراجعه کرده بود که به وی گفته شد، حکم زندانش به حالت تعلیق درآمده است.
