دفتر آیت‌الله سیستانی در واکنش به انتقادها در خصوص سوء‌استفاده از نام این مرجع تقلید برای کشاندن روح‌الله زم به عراق اعلام کرد که مقامات ایران در پاسخ به پیگیری‌های دفتر او «زمینه دخالت مرجعیت در امر محاکمه و مجازات او [زم] را منتفی دانستند.»
به گزارش شفقنا، دفتر آقای سیستانی روز پنج‌شنبه ۱۷ آذر ماه با اشاره به این که هیچ گونه اطلاعی از آمدن روح‌الله زم به عراق و دستگیری او نداشته است، اعلام کرد که «پس از انتشار ادعای سوء استفاده از نام آقای سیستانی برای کشاندن ایشان[زم] به عراق، در تماس با مقام‌های عالی‌رتبه جمهوری اسلامی ایران، از آنان خواسته شد توضیحاتی در این زمینه ارائه دهند.»
بنا بر اعلام دفتر آیت الله سیستانی، نماینده و رئیس دفتر او در قم در تاریخ ۳۰ مهر ۱۳۹۹ درباره این موضوع ملاقاتی با رئیس قوه قضائیه ایران داشته است.
دفتر آیت‌الله سیستانی در ادامه آورده است که در پاسخ رسمی از سوی مقامات ذیربط در تاریخ ۳۰ آبان ۱۳۹۹ هرگونه سوء استفاده از نام آقای سیستانی در جریان بازداشت روح‌الله زم قاطعانه تکذیب شده و بنا بر آن «زمینه دخالت مرجعیت در امر محاکمه و مجازات ایشان را منتفی دانستند.»
اعدام روح‌الله زم، مدیر کانال تلگرامی «آمدنیوز» در سحرگاه ۲۲ آذرماه ۱۳۹۹ واکنش‌های جهانی بسیاری را در پی داشت.
در این میان برخی منتقدان از عملکرد دفتر آیت‌الله سیستانی در واکنش به سوء استفاده از نام او برای به دام انداختن روح الله زم در عراق انتقاد کردند.
حسن یوسفی اشکوری در یادداشتی که روز شنبه، ۲۲ آذر ماه منتشر کرد، با اشاره به مسئولیت اخلاقی، انسانی و دینی آیت‌الله سیستانی گفته بود: «آیا ایشان بر عهده خود نمی‌دیده است که اگر هم نمی‌تواند جان انسانی را نجات دهد، حداقل به سوء استفاده از عنوان خود و مرجعیت دینی شیعی اعتراض کند و از این طریق، راه این نوع اغواگری‌های زشت و خلاف شرع مسلم را ببندد؟»
آقای یوسفی اشکوری در حالی که تکذیب دعوی ارتباط زم با بیت آیت‌الله سیستانی را از سوی دفتر او ناکافی دانسته، گفته بود: «چنین نوع تکذیبی برعکس می‌تواند تیر اتهام را متوجه روح‌الله زم کند و عده‌ای چنین القا کنند که روح‌الله زم از مرجعیت سوء استفاده کرده است.»
محمود امجد، یکی از اساتید حوزه‌های علمیه هم به تازگی با انتشار فیلمی در اینستاگرام ضمن انتقاد از عملکرد رهبر جمهوری اسلامی از آیت‌الله سیستانی هم انتقاد کرده بود که در واکنش به ماجرای دستگیری روح الله زم، تنها دفتر او یک سال پیش با انتشار بیانیه‌ای کوتاه و مبهم گفت که شخص آقای سیستانی از ماجرای رخ‌داده بی‌اطلاع بوده است.
