در پی اعلام خبر اعدام شیخ نمر، روحانی شیعه منتقد حکومت عربستان سعودی، سخنگوی وزارت امور خارجه ایران ضمن آن که عربستان را حامی تروریسم دانست اعدام این روحانی را نشانه «عمق بی‌تدبیری و بی‌مسئولیتی» عربستان سعودی توصیف کرد.
وزارت کشور عربستان روز شنبه، ۱۲ دی‌ماه، در بیانیه‌ای رسمی خبر اعدام شیخ نمر باقر النمر به همراه ۴۶ تن دیگر را اعلام کرد.
ساعاتی پس از انتشار این خبر، خبرگزاری ایسنا به نقل از حسین جابر انصاری، سخنگوی وزارت امور خارجه ایران، در واکنش به این خبر گفت: «در حالی که تروریست‌های افراطی و تکفیری امنیت و آسایش منطقه و جهان را سلب و ثبات و موجودیت برخی دولت‌های منطقه را تهدید می‌کنند، اعدام شخصیتی مانند شیخ النمر که ابزاری جز سخن گفتن برای پیگیری اهداف سیاسی و دینی خود نداشت تنها عمق بی‌تدبیری و بی‌مسئولیتی را نشان می‌دهد.»
سخنگوی وزارت خارجه ایران همچنین دولت عربستان را به حمایت از«جریان‌های تروریستی و افراط‌گرایان تکفیری» و در مقابل سخن گفتن «با زبان اعدام و سرکوب با منتقدان داخلی» متهم کرد.
حسین جابر انصاری همچنین پیش‌بینی کرد که دولت عربستان قطعا «تاوان سختی بابت پیگیری این سیاست‌ها خواهد پرداخت».
پیش از آقای انصاری، در اولین واکنش به خبر اعدام شیخ نمر، احمد خاتمی، عضو مجلس خبرگان رهبری و امام جمعه موقت تهران، در گفت‌وگو با خبرگزاری فارس خواستار موضع‌گیری «قاطع دستگاه دپیلماسی کشور» در این مورد شده بود.
خبرگزاری مهر نیز واکنش عباس کعبی، عضو دیگر مجلس خبرگان رهبری، را منتشر کرده که اعدام شیخ نمر را «وحشیانه» خوانده و اهداف عربستان را از این اقدام «ایرانهراسی، شیعه‌هراسی، جنگ نیابتی، تشدید تفرقه سنی‌شیعی و در نهایت اجرا نمودن برنامه آمریکا و رژیم صهیونیستی در جهت تضعیف امت اسلامی و سرکوب بیداری اسلامی» توصیف کرده است.
عابد فتاحی، رئیس فراکسیون اهل سنت مجلس شورای اسلامی، نیز با محکوم کردن اعدام شیخ نمر به همین خبرگزاری گفته است که اعدام او «توهین به انسانیت بود».
