پس از کشته شدن قاسم سلیمانی در بغداد، علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، در حکمی اسماعیل قاآنی را به فرماندهی نیروی قدس سپاه پاسداران منصوب کرد.
آیت‌الله خامنه‌ای در حکم خود در این باره نوشته است که فرماندهی نیروی قدس سپاه پاسداران انقلاب اسلامی را به سرتیپ اسماعیل قاآنی می‌سپارد «که در شمار برجسته‌ترین فرماندهان سپاه» در جنگ ایران و عراق بوده «و در طول سالیان متمادی در نیروی قدس در کنار» قاسم سلیمانی بوده است.
اسماعیل قاآنی علاوه بر سابقه فعالیت در نیروی قدس سپاه، سابقه حضور در معاونت اطلاعات ستاد مشترک سپاه پاسداران را دارد و از نیروهای نزدیک به قاسم سلیمانی محسوب می‌شد.
او اسفند ۹۷ در جریان سفر ناگهانی بشار اسد که بدون اطلاع دولت ایران و با هماهنگی قاسم سلیمانی انجام شد، به رسانه‌ها گفت «آنها که باید بدانند» از سفر رئيس‌جمهور سوریه به ایران خبر داشته‌اند و «آنهایی که نباید، نمی‌دانستند».
اسماعیل قاآنی نیز مانند قاسم سلیمانی به داشتن مواضع تند علیه دولت اسرائيل شهرت دارد و در جریان جنگ سوریه از فرماندهان مهم و فعال ایران محسوب می‌شد.
او در عرصه سیاست داخلی بر خلاف قاسم سلیمانی که از موضع‌گیری صریح درباره رویدادهای سیاسی پرهیز داشت، از اعلام موضع سیاسی ابایی نداشته است.
در یکی از مواضع جنجال‌برانگیز، او و ۱۱ فرمانده سپاه، دی‌ماه ۱۳۹۰ نامه‌ای سرگشاده به حسین علایی، نخستین فرمانده نیروی دریایی سپاه و رئیس سابق ستاد مشترک سپاه نوشتند و از او انتقاد کردند.
حسین علایی، که به سردار علایی مشهور است، در روز نوزدهم دی ماه و در سالروز انتشار مقاله «احمد رشیدی مطلق» در روزنامه اطلاعات علیه آیت‌الله خمینی، که اعتراض‌های گسترده‌ای به همراه داشت، در همان روزنامه مقاله‌ای نوشت و این پرسش را مطرح کرد که چرا شاه ایران به جای گوش دادن به اعتراض‌ها، ماموران خود را علیه مردم بسیج کرد و رهبران آنها را حبس و حصر کرد تا اینکه مجبور به فرار از کشور شد.
اسماعیل قاآنی و فرماندهان سپاه در نامه‌شان به حسین علایی او را سرزنش کردند که چرا «با تیر زهرآلود قلم خویش» به آیت‌الله خامنه‌ای چنین «جفا» روا می‌دارد.
اسماعیل قاآنی همچنین از جمله ۲۴ فرماندهان سپاه بود که پس از حوادث تیرماه ۱۳۷۸ در نامه‌ای به محمد خاتمی، رئيس جمهور وقت ایران به او هشدار دادند که «كاسه‌ی صبرمان به پايان رسيده و تحمل بيش از آن را در صورت عدم رسيدگي، بر خود جايز نمي‌دانيم.» قاسم سلیمانی هم آن نامه را امضا کرده بود.
