امام جمعه تهران به رئيس جمهور منتخب ايران توصيه کرد افرادی را به عنوان وزير علوم يا رؤسای دانشگاه‌ها انتخاب نکند که «بوی فتنه» بدهند.
محمدکاظم صديقی، جمعه چهارم مرداد، فضای فعلی دانشگاه‌ها در کشور را «فضای مذهبی پرباری» توصيف کرد و گفت: «خدا نکند که دولت دچار غفلت شده و وزير علوم يا رؤسايی در دانشگاه‌ها منصوب کند که بوی فتنه می‌دهند. يا اينکه جريانات سکولار به عنوان حاشيه در دانشگاه‌ها فضای علمی را کمرنگ کنند.»
در گمانه‌زنی‌هايی که تاکنون در رسانه‌ها منتشر شده، از رضا فرجی‌دانا، رئيس دانشگاه تهران بين سال‌های ۱۳۸۱ تا ۱۳۸۴، غلامرضا ظريفيان، معاون وزير علوم، تحقيقات و فن‌آوری در دولت محمد خاتمی و جعفر توفيقی، وزير علوم، تحقيقات و فن‌آوری در زمان رياست جمهوری خاتمی، به عنوان اصلی‌ترين گزينه‌های حسن روحانی برای تصدی اين وزارتخانه نام برده می‌شود.
اين گمانه‌زنی‌ها تاکنون همواره توسط رئيس جمهور منتخب و نزديکان او رد شده اما محمدرضا تابش، رئيس فراکسيون اقليت مجلس شورای اسلامی اعلام کرده، گزينه‌های نهايی آقای روحانی برای بر عهده گرفتن مسئوليت وزارتخانه‌ها به مجلس ارائه شده است.
توصيه امام جمعه تهران به رئيس جمهور آينده که به گفته آقای صديقی «از سر دلسوزی» بيان شده، دو روز پس از آن عنوان شد که رئيس قوه قضائيه گفت: «افعی جان اهل فتنه ۸۸ گرما خورده و به جنبش افتاده‌اند.»
به گفته صادق آملی لاريجانی، تمام افراد و گروه‌های سياسی که «در فتنه سال ۸۸ و جريانات مربوط به دوران اصلاحات در مقام جانشين ساختن سکولاريسم بجای آموزه‌های اسلام و قرآن بودند بايد بدانند که آن دوران به سر آمده و ديگر نمی‌توانند سربرآورند.»
رئيس قوه قضائيه تأکيد کرد که «اينگونه افراد و گروه‌ها راه به جايی نخواهند برد و وضع سياسی کشور به گونه‌ای نيست که مجال فعاليت‌های مديريتی برای آنها باشد.»
روزنامه کيهان که زير نظر رهبر جمهوری اسلامی اداره می‌شود نيز در شماره سوم مرداد خود، با نام بردن از گزينه‌های مطرح برای تعدادی از وزارتخانه‌ها از جمله وزارت علوم، تحقيقات و فن‌آوری، اين افراد را «دارای نقشی فعال در فتنه ۸۸» ناميد.
خبرگزاری فارس و تعدادی ديگر از سايت‌های نزديک به جناح اصول‌گرا هم نامه‌ای را از طرف «سه هزار و ۵۴۰ نفر از اعضای هيئت علمی دانشگاه‌ها» خطاب به رئيس جمهور منتخب منتشر کرده‌اند که در آن به حسن روحانی هشدار داده شده که مسئوليت وزارت علوم، تحقيقات و فن‌آوری را به «فرد، گروه و يا طيف حاشيه‌سازی» واگذار نکند.
به گفته امضاکنندگان نامه، در اين صورت «بستر برای فتنه‌گری فتنه‌گران فراهم خواهد شد که در اين صورت نيز نيروهای وفادار به انقلاب اسلامی در دانشگاه‌ها به مقابله خواهند پرداخت و تشنج و درگيری به فضای جامعه کشيده خواهد شد.»
رئيس جمهور منتخب حدود سه هفته فرصت دارد تا اعضای کابينه مورد نظر خود را برای اخذ رأی اعتماد به مجلس معرفی کند.
روزنامه‌هايی مانند کيهان و سايت‌هايی مانند خبرگزاری فارس روزانه مطالب متعددی را منتشر می‌کنند و در آنها به حسن روحانی هشدار می‌دهند که از اصلاح‌طلبان در کابينه خود استفاده نکند.
