آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، از اینکه در میان تمام کشورهای اسلامی، تنها این ایران بود که به حادثه منا اعتراض کرد، به شدت انتقاد کرده است.
سایت دفتر آقای خامنه‌ای گزارش داده که رهبر جمهوری اسلامی، دوشنبه ۲۷ مهر و در جمع دست‌اندرکاران مراسم حج، با اشاره به «مسئولیت دولت میزبان در قبال جان باختن هفت هزار مسلمان» گفته است: «پس از این حادثه باید صدای واحد و اعتراض دنیای اسلام بر می‌خاست اما متأسفانه به جز صدای جمهوری اسلامی ایران صدایی شنیده نشد.»
آیت‌الله خامنه‌ای افزوده است: «حتی دولت‌هایی که زائران آن‌ها جزء جان‌باختگان بودند، در قبال این فاجعه، اعتراض قابل اعتنایی نکردند».
پنجشنبه دوم مهر و در جریان مراسم موسوم به رمی جمرات که بخشی از اعمال حج محسوب می‌شود، صد‌ها نفر از زائران که از کشورهای مختلف بودند، زیر دست و پا ماندند و کشته شدند.
عربستان سعودی تعداد قربانیان این حادثه را نزدیک به ۸۰۰ نفر اعلام کرده است اما خبرگزاری آسوشیتدپرس بر اساس آماری که از کشورهای مختلف جمع‌آوری کرده، تعداد قربانیان را دست‌کم ۲۱۲۱ نفر دانسته است.
در این گزارش سخنان محمد بن نایف بن عبدالعزیز، ولیعهد و وزیر کشور عربستان سعودی ذکر شده که بر ادامه تحقیقات تا یافتن دلایل حادثه تأکید کرده است.
رئیس سازمان حج و زیارت ایران چند روز پیش به نقل از مقام‌های سعودی گفته بود که تعداد قربانیان «به مرز شش هزار نفر» رسیده اما رهبر جمهوری اسلامی در آخرین سخنرانی‌اش مدعی کشته شدن هفت هزار نفر در جریان حادثه اخیر شده است.
تعداد کشته‌شدگان ایرانی این حادثه ۴۶۴ یا ۴۶۵ نفر اعلام شده است. غضنفر رکن‌آبادی، سفیر سابق جمهوری اسلامی در لبنان و علی‌اصغر فولادگر، رئیس دفتر اطلاعات راهبردی سپاه پاسداران و تعدادی دیگر نیز در این حادثه مفقود شده‌اند که همچنان خبری از آن‌ها در دست نیست.
رهبر جمهوری اسلامی پیش از این نیز سخنان تندی علیه عربستان سعودی بیان کرده و از جمله این کشور را به «عکس‌العمل خشن و سخت» تهدید کرده بود.
آقای خامنه‌ای در سخنان اخیرش نیز تأکید کرده که «این حادثه به هیچ‌وجه نباید فراموش شود» و افزوده است: «دستگاه دیپلماسی و سازمان حج موظف هستند که این موضوع را به صورت قاطع دنبال کنند».
