سرپرست وزارت علوم، تحقيقات و فناوری ایران به هر دانشجو يا عضو هيئت علمی دانشگاههای کشور که «فکر می‌کند نسبت به وی اجحاف شده و حق وی تضييع شده»، توصيه کرد که «حتما به وزارت علوم مراجعه و درخواست خود را ارائه کند».
جعفر توفيقی در مصاحبه‌ای که روز شنبه، دوم شهريور، در خبرگزاری دانشجويان ايران، ايسنا، منتشر شد تاکيد کرده است که «وزارت علوم وظيفه دارد اين موارد را بررسی و به هر شکايت رسيدگی کند».
سرپرست وزارت علوم، تحقيقات و فناوری درباره اساتيد بازنشسته شده دانشگاه‌ها گفته است که «هر يک از استادان فکر می‌کنند مورد اجحاف قرار گرفته‌اند، می‌توانند درخواست خود را ارائه کنند تا مورد بررسی قرار گيرد».
در هشت سال رياست جمهوری محمود احمدی‌نژاد، تعدادی از استادان دانشگاههای مختلف کشور به طور اجباری بازنشسته شدند. اکثر استادان بازنشسته شده، ديدگاه‌های سياسی و فکری مستقل از حکومت داشته يا به احزاب و جناح‌های سياسی مخالف دولت وقت نزديک بودند.
در اين مدت همچنين تعداد زيادی از دانشجويان منتقد نيز به دليل فعاليت سياسی و ديدگاه‌های فکری خود از دانشگاه اخراج يا از ادامه تحصيل محروم شدند.
جعفر توفيقی پس از آن که جعفر ميلی منفرد نتوانست رای اعتماد مجلس برای انتخاب به عنوان وزير علوم، تحقيقات و فناوری را به دست آورد، به عنوان سرپرست اين وزارتخانه منصوب شد.
او در ادامه مصاحبه با ايسنا با تاکيد بر «پويايی و پرنشاط بودن فضای دانشگاه‌ها» در سال تحصيلی جديد، گفت که نبايد تصور کرد «آنجا که صحبت از نشاط دانشجويی می‌شود، منظور هرج‌ومرج و بی‌انضباطی است».
به گفته آقای توفيقی، قوانين و مقررات موجود در حوزه تشکل‌های دانشجويی «به اندازه کافی قدرت نظر دارند که اجازه دهند دانشجويان در اين چارچوب فعاليت کنند.»
او در عين حال گفت که «فعاليت‌های سياسی نبايد به ماموريت اصلی دانشگاه‌ها که همان تلاش برای توسعه علمی است» لطمه بزند و افزود: «دانشگاه جای سياسی‌‌کاری و رفتارها و کارهای سياسی و افراطی نيست.»
حمایت از میرحسین موسوی
حمایت از میرحسین موسوی
احتمال می‌رود جعفر توفيقی به عنوان گزينه پيشنهادی حسن روحانی برای تصدی مسئوليت وزارت علوم، تحقيقات و فناوری به مجلس شورای اسلامی معرفی بشود.
اين در حالی است که پس از انتصاب او به عنوان سرپرست اين وزارتخانه، خبرگزاری فارس و ديگر رسانه‌های جناح منتقد دولت، فيلمی از تحصن اساتيد دانشگاه‌ها در دانشگاه تهران در سال ۱۳۸۸ منتشر کردند که در اين فيلم آقای توفيقی به صراحت از تقلب در انتخابات دهم رياست جمهوری صحبت و از ميرحسين موسوی، کانديدای معترض به نتيجه انتخابات، حمايت می‌کند.
در همین زمینه فاطمه آليا، نماينده مجلس و عضو شورای مرکزی جبهه پايداری، به خبرگزاری فارس گفته که جعفر توفيقی «نه تنها اصلاح‌طلب است، بلکه در فتنه نيز رويکرد جانبداری داشته» و افزوده است: «به نظر می‌رسد دولت پيام مجلس را دريافت نکرده است.»
پيش از آن، مجلس شورای اسلامی به محمدعلی نجفی، گزينه پيشنهادی حسن روحانی برای وزارت آموزش و پرورش، و جعفر ميلی منفرد، گزينه پيشنهادی وزارت علوم، رای اعتماد نداده بود.
«دست داشتن در فتنه ۸۸» يکی از دلايل مخالفت با اين وزرا اعلام شد.
طرفداران رهبر جمهوری اسلامی و جناح اصولگرا به حاميان ميرحسين موسوی، مهدی کروبی و معترضان به نتايج انتخابات رياست جمهوری در سال ۸۸ «فتنه‌گر» می‌گويند.
آقای توفيقی در سال‌های ۸۲ تا ۸۴ در دولت دوم محمد خاتمی، وزير علوم بود.
