در سال ۱۳۸۵، حدود ۸۰ نشريه دانشجويی توقيف و فعالان دانشجويی که در نشريات دانشجويی می نوشتند، به کميته های انضباطی احضار شدند.
پويا محموديان، عضو انجمن اسلامی دانشجويان امير کبير به راديو فردا می گويد علاوه بر فشارهايی که بر نشريات دانشجويی و نويسندگان آنان ايجاد شد، کمک های مالی به نشريات دانشجويی هم قطع شد. وی می گويد:« مسئولان دانشگاه های وقتی ديدند اعمال فشار بر دانشجويان نتيجه نداد، دستور العمل مالی ابلاغ کردند و به نشريات دانشجويی کمک هزينه نکردند. نشريات دانشجويی فقط به خاطر کمک های مالی تحت قوانين مطبوعات انتشار می يابند و قطع کمک هزينه های مالی موجب می شود نشريات دانشجويی راديکال تر شوند.»
بخش دوم- معنای ستاره در دانشگاه: ممنوعيت ادامه تحصيل
بخش سوم- حوادث دانشگاه اميرکبير: رويارويی مستقيم
بخش پنجم- دانشجويان زندانی و بيم از افزايش فشارها
در همين حال، عباس حکيم زاده، عضو شورای مرکزی انجمن اسلامی دانشگاه امير کبير به راديو فردا می گويد اتهامات نشريات دانشجويی بايد در کميته های ناظر بر اين نشريات در دانشگاه ها بررسی شود که اکنون کميته های انضباطی به عنوان ناظری برای اعمال فشار بر فعالين و نشريات دانشجويی عمل می کنند.
عباس حکيم زاده، مدير مسئول نشريه دانشجويی واژه نو که خود از جمله دانشجويانی بود که در مقطع کارشناسی حکم انضباطی تعليق از تحصيل دريافت کرده و به دانشگاه امير کبير ممنوع الورود شده بود، می گويد:« در شماره دوم نشريه واژه نو اتهاماتی عليه رييس دانشگاه امير کبير نوشته بوديم. کميته انضباطی من را احضار کرد و اتهامات ديگری را برای من عنوان کردند.»
تعطيلی نهادهای دانشجويی
همچنين در سالی که گذشت بيش از ۳۵ نهاد دانشجويی منحل شدند که از ميان آنها می توان به ۱۲ انجمن اسلامی دانشجويان اشاره کرد که يا منحل شدند و يا درفعاليت آنها موانع فراوان ايجاد شد. شوراهای صنفی و کانون های فرهنگی نيز با شديدترين فشارها رو به رو شدند و بسياری از برنامه های آنان لغو شد. دانشجويان زيادی که در اين انجمن ها و تشکل ها فعاليت داشتند، به کميته های انضباطی احضار و گاه از تحصيل محروم شدند. يکی از اين نهاد ها انجمن جمهوريخواهان يزد بود.
امير اسحاقی، ار اعضای انجمن جمهوريخواهان يزد به راديو فردا می گويد اين انجمن در سال ۱۳۸۵ به حالت تعليق درآمده بود و نشريات اين انجمن نيز توقيف شده بود.
وی می افزايد:« از زمان رياست جمهوری محمود احمدی نژاد و سر کار آمدن رييس جديد دانشگاه يزد، هر گونه حرکت اعتراضی در اين دانشگاه، به دانشجويان جمهوريخواه نسبت داده شده است و فعاليت های اين انجمن متوقف شده بود و در سال گذشته دانشجويان جمهوريخواه يزد تحت نام شورای هماهنگی دانشجويان جمهوريخواه فعاليت می کنند با اين حال امکان ادامه فعاليت وسيع برای اين دانشجويان وجود ندارد.»
در ارديبهشت ماه سال ۸۵ نيز رياست دانشگاه علوم پزشکی همدان با دستور مصادره اموال و نرده کشی دفتر انجمن اسلامی دانشجويان دانشگاه بوعلی و علوم پزشکی همدان، انحلال اين تشکل با سابقه را اعلام کرد. دفاتر تشکيلات انجمن اسلامی دانشجويان دانشگاه بوعلی نيز در همدان پلمب شدند.
در پی اين حادثه، ۱۱۰ تن از فعالان دانشجويی، به انحلال دفاتر انجمن اسلامی در دانشگاه های بوعلی و علوم پزشکی همدان اعتراض کردند.
در بهمن ماه ۱۳۸۵ نيز پانصد و چهل و دو تن از فعالان سياسی، اجتماعی و دانشجويی ايران، در اعتراض به آنچه «سرکوب و فشار بر دانشگاه» خواندند، بيانيه ای صادر کردند. در ابتدای اين بيانيه آمده است:« افت کيفی مديريت و هيات علمی دانشگاه ها، احضار، اخراج و تعليق بسياری از دانشجويان فعال و آگاه دانشگاه ها، تعطيل يا محدود کردن فعاليت نهادهای مستقل دانشجويی، توقيف نشريات مستقل دانشجويی و پاکسازی و بازنشستگی اجباری استادان شايسته و پاکسازی های گسترده، پويايی و کيفيت آموزشی دانشگاه ها را به شدت کاهش داده است.»
امضاء کنندگان اين بيانيه همچنين خواستار اصلاح رفتار مقامات دولت محمود احمدی نژاد با دانشجويان شدند.