علی مطهری در نامه‌ای به گفتههای صادق آملی لاریجانی، رئیس و غلامحسین محسنی اژه‌ای، معاون اول قوه قضائیه درباره اعتراض خانواده رفسنجانی به حکم مهدی هاشمی انتقاد کرد و نوشت: «هر اعتراضی را مصداق جرم یا تضعیف قوه قضائیه معرفی نکنیم.»
بر اساس گزارش روز جمعه، ۲۳ مرداد، خبرگزاری ایسنا، این نماینده تهران در مجلس، با انتشار نامه‌ای خطاب به غلامحسین محسنی اژه‌ای، معاون اول قوه قضائیه، گفتههای خانواده اکبر هاشمی رفسنجانی درباره «عادلانه نبودن» حکم مهدی هاشمی را کاری «معمول» دانست و تاکید کرد که «حتی می‌تواند» درخواست آنان مبنی بر پخش جلسات دادگاه پذیرفته شود.
به گفته آقای مطهری، «نتیجه منطقیِ» اعلام جرم مقام قضایی علیه افراد، صرفا به دلیل اظهار نظر آنان درباره پرونده خود یا موکلشان «این است که باید برای قوه قضائیه نوعی عصمت قائل باشیم» که «هیچ عقل سلیمی» آن را نمی‌‌پذیرد.
معاون اول قوه قضائیه روز چهارشنبه، ۲۱ مرداد، گفتههای مهدی هاشمی مبنی بر اینکه «در حق وی ظلم شده است» را «جرم و مصداق افترا» دانسته بود.
علی مطهری در نامه خود به غلامحسین محسنی اژه‌ای نوشت که «این سخن، صواب نیست. چه مانعی دارد که متهم یا وکیل او، معتقد باشد که حکم عادلانه ای درباره او صادر نشده است،حداکثر این است که قوه قضائیه پاسخ دهد که خیر، این حکم منطبق بر قانون و عادلانه بوده است.»
علی مطهری در نامه خود به غلامحسین محسنی اژه‌ای نوشت که «این سخن، صواب نیست. چه مانعی دارد که متهم یا وکیل او، معتقد باشد که حکم عادلانه ای درباره او صادر نشده است،حداکثر این است که قوه قضائیه پاسخ دهد که خیر، این حکم منطبق بر قانون و عادلانه بوده است.»
صادق آملی لاریجانی، رئیس قوه قضائیه ایران، روز ۱۹ مرداد در واکنش به انتشار فیلم خداحافظی مهدی هاشمی رفسنجانی با اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام ایران، گفته بود که «نباید فضا را طوری پیش ببریم که هر کسی زمانی مسئولی بوده... برای تخریب قوه قضاییه فیلم وداع درست کند».
در واکنش به این انتقاد رئیس قوه قضائیه، خانواده اکبر هاشمی رفسنجانی روز چهارشنبه، ۲۱ مرداد، با صدور بیانیه‌ای به «ممنوع الانتشار» شدن دفاعیات مهدی هاشمی با وجود به گفته آنان انتشار «دروغ وتهمت» درباره این پرونده در صدا و سیما و رسانه‌های نهادهای نظامی اعتراض کردند.
در همین حال آقای مطهری نیز در واکنش به انتقاد رئیس قوه قضائیه تاکید کرد که «وداع یک خانواده با یکی از اعضای خود و بدرقه او تا زندان و تمکین به قانون و در عین حال اعلام آن‌ها که حکم عادلانه نبوده است» کار «معمول همه خانواده‌‌ها است.»
مهدی هاشمی روز یکشنبه ۱۸ مرداد، پیش از معرفی خود به زندان اوین خواستار پخش کامل جلسات محاکمه‌اش از صدا و سیما شده بود اما داوود نعمتی انارکی، مدیر کل روابط عمومی سازمان صدا و سیما، گفته است که پخش این دادگاه «نیازمند اخذ مجوزهای لازم از قوه قضائیه است.»
