محمد خاتمی، رئیس‌جمهوری پیشین ایران و از چهره‌های عمده اصلاح‌طلب، در پیام تسلیت خود گفته است «مردم شریف و بزرگوار ایران قدر این فرزند قهرمان خود را می‌دانستند» و در مراسم تشییع و مجالسی که برپا خواهد شد «جایگاه والای او را پاس خواهند داشت».
دختران زهران رهنورد و میرحسین موسوی، از رهبران معترض به انتخابات سال ۱۳۸۸ که در حصر هستند، در پیامی که وب‌سایت کلمه، نزدیک به آقای موسوی، منتشر کرده گفته‌اند «ایشان با قلبی زخم‌خورده ناشی از هجوم بی‌رحمانه اتهام‌ها، هتاکی‌ها و جفای بسیار که به دلیل همدلی با مردم تحمل کرد» درگذشت؛ «اما این همدلی‌ها، محکم و روشن و مؤثر باقی خواهد ماند». فرزندان خانم رهنورد و آقای موسوی از سوی پدر و مادر خود به خانواده آقای هاشمی رفسنجانی تسلیت گفته‌اند.
خانواده مهدی کروبی، دیگر رهبر اعتراضات که در حصر است، نیز در پیامی ضمن تسلیت، به وقایع پس از انتخابات اشاره کرده و گفته‌اند «آقای هاشمی پس از انقلاب مسئولیت‌های مهمی بر عهده داشت، اما نقطه عطف او پس از انقلاب را می توان در حوادث پس از سرکوب خشن ۸۸ دید. جایی که او ماندن در کنار مردم را بر قدرت حاکم ترجیح داد».
رئیس‌جمهوری ایران، یک روز تعطیل رسمی اعلام کرده‌است.
حسن روحانی، رئیس‌جمهوری ایران، در پیامی پس از درگذشت آقای هاشمی رفسنجانی، او را «فرزند ثابت قدم روح‌الله (آیت‌الله خمینی)، همراه و همدل دیرین رهبری (آیت‌الله خامنه‌ای)، چهره ممتاز و تاریخ‌ساز انقلاب اسلامی و دلسوز واقعی مردم» توصیف کرده‌است. آقای روحانی در بخشی دیگر از پیام خود گفته «او بسیار جفا دید و بسیار وفا کرد». هاشمی رفسنجانی از مهم‌ترین حامیان حسن روحانی در کارزار انتخاباتی ریاست‌جمهوری در سال ۱۳۹۲ بود.
وب‌سایت هیئت دولت ایران می‌گوید، دولت به‌خاطر درگذشت اکبر هاشمی رفسنجانی «سه روز عزای عمومی» اعلام کرده‌است.
شماری از چهره‌ها و مقام‌های دولتی ایران، ساعتی پس از درگذشت اکبر هاشمی رفسنجانی، در مراسم سوگواری او در حسینیه جماران تهران جمع شدند. تصاویری از خبرگزاری ایرنا:
آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، در پیامی اکبر هاشمی رفسنجانی را «همرزم و همگام» خود نام برد و افزود که «اختلاف نظرها و اجتهادهای متفاوت»، هرگز «پیوند رفاقت» بین او و آقای هاشمی رفسنجانی را از بین نبرده است. ⇦در مورد واکنش رهبر جمهوری اسلامی بیشتر بخوانید