سال ۸۳ سید محمد خاتمی پس از جلسات هیئت دولت خود در روزهای چهارشنبه به جمع خبرنگاران می‌آمد، در یکی از این جلسات خبرنگاری خود را به خاتمی نزدیک کرد و گفت: «قصد ندارید خطبه نماز جمعه آقای هاشمی را جبران کنید.؟» پاسخ خاتمی این بود که «آقای هاشمی از من دفاع نکرد، از سلامت انتخابات دفاع کرد، من هم از سلامت انتخابات دفاع می‌کنم.»
در انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۴ گویا از دیدگاه هاشمی رفسنجانی و مهدی کروبی، خاتمی در عمل به این وعده خود موفق نبود هر چند شورای نگهبان نقش پررنگتری از وزارت کشور در برگزاری انتخابات داشت و پیش از اعلام نتایج انتخابات توسط وزارت کشور غلامحسین الهام، سخنگوی وقت شورای نگهبان، نتایج انتخابات را اعلام کرد.
هاشمی رفسنجانی برای اعتراض به انتشار یک نامه قناعت کرد و گفت که «داوری به نزد ناداوران» نخواهد برد. مهدی کروبی اما مصاحبه مطبوعاتی برگزار کرد، به رهبری نامه نوشت و مجتبی خامنه‌ای پسر او را به دخالت در انتخابات متهم کرد. کروبی پس از آن نیز بارها برسالم نبودن انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۴ تأکید کرد.
پیش از آنکه هاشمی رفسنجانی و مهدی کروبی از سالم نبودن این انتخابات برگزار شده در نظام جمهوری اسلامی سخن بگویند نزدیکان آيت‌الله خامنه‌ای انتخابات مجلس ششم را ناسالم خوانده بودند. حداد عادل، پدر عروس رهبر جمهوری اسلامی و کاندیدای انتخابات، ژستی مدرس‌گونه گرفت و گفت: «در صندوقی که رأی دادم، هیچ رأیی نداشتم و حتی رأی خودم هم خوانده نشد». پس از کش و قوس‌های فراوان شورای نگهبان تعدادی از صندوق‌های حوزه انتخابیه تهران را ابطال و حداد عادل به مجلس راه پیدا کرد، درحالی که براساس شمارش اولیه آرا علیرضا رجایی، از نیروهای ملی مذهبی باید به مجلس می‌رفت. ماجرا به این جا ختم نشد، در نهایت با شکایت شورای نگهبان دادگاه برای مصطفی تاجزاده، معاون سیاسی وزارت کشور، حکم انفصال از خدمات دولتی صادر کرد.
ماجرای انتخابات مجلس ششم هر از چند گاهی در نوشته‌های تاجزاده یادآوری می‌شود. این یادآوری شاید پاسخی به پرسش رهبر جمهوری اسلامی هم تلقی شود که گفته بود: «مگر بیش از سی انتخابات سه دهه اخیر آزاد نبوده است؟» این پرسش را رهبر جمهوری اسلامی همراه با انتقاد از برخی مطرح کرد که به تعبیر او «به طور مکرر می‌گویند انتخابات باید آزاد برگزار شود».
رهبر جمهوری اسلامی البته خود نیز حداقل یک بار به نحوه برگزاری انتخابات اعتراض کرده است. او در دومین دوره انتخابات شوراها به سیستان و بلوچستان رفت و البته به این دلیل که در حوزه انتخابیه محل سکونتش نبود، نمی‌توانست در آنجا رأی دهد. آیت‌الله خامنه‌ای در سخنان خود به نحوه بررسی صلاحیت‌ها هم اعتراض کرد. اعتراض او البته برخلاف رویه معمول به رد صلاحیت‌ها نبود و به تأیید صلاحیت‌ها بود. در این انتخابات کاندیداهای عضو نهضت آزادی و گروه ملی – مذهبی نیز تأیید صلاحیت شده بودند.
پس از انقلاب موضوع آزادی و سلامت انتخابات همواره توسط گروه‌های مختلف مطرح شده اما دایره مطرح‌کنندگان آن متفاوت بوده است. اگر درمجلس اول تنها موضوع سلامت انتخابات مورد اعتراض گروه‌های منتقد بود، پس از اولین دوره انتخابات مجلس و ریاست جمهوری نظارت شورای نگهبان بر انتخابات و موضوع رد صلاحیت کاندیداها نیز به موضوعات چالش‌برانگیز افزوده شد.
دامنه حذف کاندیداها که از گروه‌های منتقد نظام جمهوری اسلامی آغاز شده بود، پس از مجلس سوم به نیروهای چپ و مشهور به خط امام نیز گسترش پیدا کرد.درانتخابات مجلس چهارم تعدادی از کاندیداهای جریان چپ رد صلاحیت شدند و این جریان اکثریت مجلس را از دست داد، به گونه‌ای که حتی مهدی کروبی، دبیرکل مجمع روحانیون و رئیس مجلس سوم، نیز به مجلس راه نیافت. نیروهای اصلی این جریان رد صلاحیت گسترده کاندیداها و سالم برگزار نشدن انتخابات را دلیل اصلی شکست خود می‌دانستند اما به جای طرح اعتراض گسترده گوشه انزوا اختیار کرده و تا مدت‌ها سیاست سکوت را بر فعالیت سیاسی ترجیح دادند.
با کاندیداتوری سید محمد خاتمی برای انتخابات ریاست جمهوری سال ۷۶، موضوع تقلب در انتخابات به صورت گسترده مطرح شد تا آن جا که عبارت «بنویسیم خاتمی، بخوانیم ناطق» شوخی مشهور طرفداران خاتمی شد. پیش از انتخابات اما هاشمی رفسنجانی در قامت رئیس‌جمهور به نماز جمعه رفت و وعده برگزاری سالم انتخابات را داد. خطبه‌های مشهور هاشمی رفسنجانی بعدها از سوی نزدیکان وی به عنوان سندی برای جلوگیری از تقلب و برگزاری سالم انتخابات به رخ کشیده می‌شد.
در ماه‌های گذشته هاشمی رفسنجانی بارها از ضرورت برگزاری انتخابات آزاد سخن گفته است. نزدیکانش هم در مصاحبه با رسانه‌ها می‌گویند که او همچنان راه نجات کشور از وضعیت فعلی را برگزاری انتخابات آزاد می‌داند. پس از انتقاد رهبر جمهوری اسلامی از مطرح‌کنندگان «انتخابات آزاد» حامیان آیت‌الله خامنه‌ای یکی مخاطبان سخن او را هاشمی رفسنجانی می‌دانند. احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان اما در ادبیاتی متفاوت گفت که این واژه را اولین بار در ایام اخیر یک «گردن کلفت» مطرح کرده. برخی از مردم عادی از قدیم‌الایام هاشمی رفسنجانی را فردی مقتدر در جمهوری اسلامی می‌دانند و شاید جنتی هم از همین رو عبارت «گردن کلفت» را برای هاشمی به کار برده است. بیان این عبارت البته می‌توانست دلیلی برعصبانیت وافر جنتی هم باشد.
سیدمحمد خاتمی دیگر چهره‌ای است که در ماه‌های گذشته برگزاری انتخابات آزاد و سالم را مورد تأکید قرار داده اما برگزاری انتخابات سالم گویا تنها دغدغه هاشمی رفسنجانی، خاتمی و اصلاح‌طلبان نیست. این روزها هم موافقان احمدی‌نژاد از نگرانی درباره تقلب در انتخابات می‌گویند و هم مخالفان اصولگرایش. مخالفان احمدی‌نژاد از اعمال نظر وزارت کشور در انتخابات ابراز نگرانی می‌کنند و نزدیکانش از اعمال نظر نهادهایی چون سپاه پاسداران. پیش از آنکه مصاحبه علی سعیدی، نماینده رهبر ایران در سپاه توسط اصلاح‌طلبان پاسخ داده شود با واکنش احمدی‌نژاد مواجه شد و او گفت که «هرکس بخواهد مردم را مدیریت کند، مردم او را مدیریت می‌کنند».
پیش از اینکه علی سعیدی، نماینده رهبری در سپاه، از مهندسی سپاه در انتخابات بگوید، این نهاد نظامی متهم به دخالت در انتخابات بود و این دخالت سندی از سوی مخالفان برای سالم نبودن انتخابات. اگر در دوره‌ای تنها اصلاح‌طلبان به این دخالت معترض بودند در انتخابات مجلس هشتم علی مطهری، نماینده اصولگرا نیز از دخالت سپاه در انتخابات گفت.
با سخنان آیت‌الله خامنه‌ای، واژه «انتخابات آزاد» نیز به خط قرمزهای غیررسمی در جمهوری اسلامی افزوده شده است. واژه‌ای که پیش از این تنها در روز انتخابات موضوعیت پیدا می‌کرد و نزدیک به چهار سال پس از اعتراض‌ها به انتخابات ریاست جمهوری ۸۸، یک انتخابات دیگر هم کشیده شده است.
