در ادامه اختلاف نظرها و درگیری‌ها بر سر انتخاب و اعتبارنامه مینو خالقی نماینده منتخب اصفهان، علی مطهری نماینده تهران در مجلس در دومین نامه خود به احمد جنتی دبیر شورای نگهبان تغییر صلاحیت یک کاندیدا پس از تأیید اولیه صلاحیت او را خلاف قانون خواند.
آقای مطهری دردومین نامه خود به احمد جنتی دبیر شورای نگهبان درباره انتخاب مینو خالقی در حوزه اصفهان می‌نویسد تأیید انتخابات حوزه انتخابیه اصفهان از سوی شورای نگهبان به منزله امضای اعتبارنامه تمام منتخبان اصفهان است و وزیر کشور باید اعتبارنامه خانم خالقی را نیز امضا و به مجلس ارسال کند.
شورای نگهبان به نوشته آقای مطهری تنها در جایی که انتخابات یک حوزه انتخاباتی ابطال شده باشد، می‌تواند اعتبارنامه یک منتخب را امضا نکند.
آقای مطهری با استناد به ماده ٣٠ قانون آیین‌نامه داخلی مجلس می‌نویسد اسنادی که توسط شورای نگهبان بررسی نشده یا بعد از رأی مردم ارائه شده است، باید به مجلس ارائه شود تا در بررسی اعتبارنامه منتخب لحاظ شود. بنابراین شورای نگهبان حق دخالت در این موضوع را ندا رد.
عبدالواحد موسوی لاری وزیر کشور دولت محمد خاتمی هم به خبرگزاری ایلنا می‌گوید طبق قانون پس از پایان انتخابات، هیئت اجرایی و فرماندار باید اعتبارنامه را صادر کنند و به وزارت کشور بفرستند واگر هیئت نظارت و اجرایی و فرماندار استنکاف کردند، وزیر کشور اعتبارنامه را امضا می‌کند.
مهدی مهدوی آزاد روزنامه نگار و تحلیلگر مقیم آلمان پیرامون اختلاف نظر بر سر اعتبارنامه خانم خالقی به رادیو فردا می‌گوید: «این اختلاف‌ها تنها بر سر اعتبارنامه مینو خالقی نیست بلکه به تفسیرهای دلبخواه شورای نگهبان از رویدادهای انتخاباتی برمی گردد».
اگرچه رسانه‌های طرفدار اصولگرایان از تأیید نظر شورای نگهبان توسط هیئت عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه گانه خبر داده‌اند، نظر این هیئت هنوز رسماً اعلام نشده است گذشته از آن که معلوم نیست چرا این موضوع اصولاً به این هیئت ارجاع داده شده است. چون این هیئت در سال ۹۰ پس از بالا گرفتن اختلاف‌ها میان دولت احمدی نژاد با مجلس و قوه قضاییه به دستور آقای خامنه‌ای شکل گرفت.
به باور مهدی مهدوی آزاد ارجاع این پرونده به هیئت عالی حل اختلاف نوعی ظاهر سازی و دادن جنبه قانونی به رفتار شورای نگهبان است.
حسن روحانی روز چهارشنبه هنگام سفر در کرمان در یک نشست خبری در پاسخ به پرسشی درباره سرنوشت یکی از منتخبین مردم اصفهان گفت دولت نظر خود را صریحاً اعلام کرده و گفته است که روند قانونی باید رعایت شود و هنوز هم ما ناامید نیستیم.
