علی مطهری می‌گوید در دیداری که با آیت‌الله خامنهای داشته، رهبر جمهوری اسلامی «جرم مهدی کروبی و میرحسین موسوی، را بزرگ » توصیف کرده و گفته که در صورت محاکمه این دو حکم سنگینی در انتظارشان خواهد بود.
علی مطهری، یکشنبه ۸ تیر ۱۳۹۳ به سایت خبرآنلاین گفته است که سه‌هفته پیش «فراکسیون شاهد مجلس» با آیت‌الله خامنهای دیدار داشته و او در این دیدار خواستار رفع حصر از میرحسین موسوی و مهدی کروبی شده است.
به گفته علی مطهری آیت‌الله خامنهای در پاسخ به او گفته است:«من قبلا درباره بصیرت صحبت کرده‌ام و این که نباید راه شهدا و راه انقلاب را گم کنیم.»
آقای خامنهای اضافه کرده است: «جرم اینها بزرگ است و اگر امام بودند شدیدتر برخورد می‌کردند اگر اینها محاکمه شوند حکمشان خیلی سنگین خواهد بود و قطعا شما راضی نخواهید بود. ما اکنون به اینها ملاطفت کرده‌ایم.»
شماری از مقام‌های سیاسی و قضایی جمهوری اسلامی پیش از این گفته بودند که حکومت با حصر میرحسین موسوی و مهدی کروبی به آنها لطف کرده است.
احمد جنتی، امام جمعه تهران، ۱ آذر ۱۳۹۲ با اشاره به این که میرحسین موسوی و مهدی کروبی هم‌چنان بر مواضع خود پافشاری می‌کنند گفته بود که «اگر رأفت اسلامی نبود، آنان باید اعدام می‌شدند.»
علی مطهری، نماینده تهران در مجلس، به اشاره سخنان خود در جلسه با رهبر جمهوری اسلامی، گفت: «گفتم از نظر من و بسیاری از افراد، ادامه حصر خانگی آقایان موسوی و کروبی به نفع کشور و انقلاب نیست و ضرورتی ندارد. اگر یکی از این دو در این حال از دنیا برود، مسئله به صورت یک غده چرکین برای جمهوری اسلامی باقی می‌ماند.»
آقای مطهری می‌گوید که از آیت‌الله خامنهای خواسته که با دستور به قوه قضاییه به این موضوع پایان دهد تا«اگر لازم است ... همراه سایر اطراف ماجرا محاکمه شوند و به قضیه خاتمه داده شود.»
علی مطهری، نماینده مردم تهران، پیش از این بارها تقاضای رفع حصر مهدی کروبی و ميرحسين موسوی، دو نامزد معترض به نتيجه انتخابات رياست جمهوری ايران و زهرا رهنورد، همسر ميرحسين موسوی، را مطرح کرده بود.
او پنجشنبه پنجم تیرماه، در نجف آباد اصفهان گفته بود: «رویه حذف مخالفین چه در زمان حضرت امام و چه پس از آن اشتباه بوده و کار غلطی است.»
آقای مطهری اضافه کرده بود: «اين غلط است که ما بدون حکم قضايی و تشکيل دادگاه عده‌ای را در حصر بگذاريم و بعد بگوييد به شما لطف کرديم.»
