آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، شامگاه شنبه، سیزدهم تیر، در دیدار با جمعی از اساتید و هیئت‌های علمی دانشگاه‌های ایران هدف از تحریم‌های غرب علیه این کشور را جلوگیری از رسیدن به آنچه که جایگاه شایسته تمدن ایران معرفی کرد، خواند:
«هدف تحریم‌ها مسئله هسته‌ای فقط نیست. مسئله حقوق بشر هم نیست. مسئله تروریسم هم نیست. اینها خودشان تروریست پروراند. اینها خودشان ضد حقوق بشرند. مسئله یک محاسبه بسیار بالاتر و فراتر از این حرف‌ها است.»
آیت‌الله خامنه‌ای در بخش دیگری از سخنان خود به موضوع فضای دانشگاه‌های ایران پرداخت و از آنچه که حاشیه‌سازی و سیاست‌بازی در محیط دانشگاه‌ها خواند به شدت انتقاد کرد:
«محیط دانشگاه محیط فهم سیاسی، آگاهی سیاسی است. این را من مانع نیستم. نه. سیاست‌بازی نشود. سیاسی‌کاری نشود. حاشیه‌سازی نشود.»
بازشدن فضای دانشگاه‌ها و برگزاری کرسی‌های آزاداندیشی از جمله وعده‌های حسن روحانی، رئیس جمهور ایران، در انتخابات ریاست جمهوری یازدهم بوده است.
اجرای این وعده تاکنون باعث چالش‌های فراوان میان دولت و جریان‌های اصولگرای تندرو در ایران شده است.
علی افشاری عضو پیشین شورای مرکزی دفتر تحکیم وحدت و تحلیگر مسایل سیاسی در آمریکا در توضیح انتقادهای رهبر جمهوری اسلامی به آنچه که سیاست‌بازی در دانشگاه‌ها خوانده به رادیو فردا می‌گوید:
«این بار ایشان در صریح‌ترین موضع‌گیری بعد از شروع به کار دولت یازدهم، مخالفتش را با سیاست‌های متفاوتی که وزرای علوم در این دوران طی کردند اعلام کرد. به نظر رهبری هر نوع فعالیتی که منجر شود به گسترش فعالیت‌های نقادانه در داخل دانشگاه‌ها خوشایند نیست. ولی طبیعتا‌ً نمی‌تواند این را به صراحت اعلام کند و آن را در پوشش حاشیه‌سازی یا سیاسی‌کاری مطرح کرده. در صورتی که در آن چیزی که از دید رهبری نقطه مطلوب است دوران احمدی‌نژاد است که در آن دوران اساسا‌ً فعالیت سیاسی در دانشگاه‌ها نبود. به‌خصوص در دوره دوم و فضای سیاسی کاملا‌ً سیطره ایجاد کرده بود. بنابراین خامنه‌ای به لحاظ نگرانی از اینکه کم‌کم فعالیت‌های فضای دانشگاه‌ها و فعالیت‌های جنبش دانشجویی برگردد به دوران ماقبل ریاست جمهوری احمدی‌نژاد، این بحث‌ها را مطرح کرده.»
اما بخش دیگری از سخنان رهبر جمهوری اسلامی به موضوع پرونده بورسیه‌های غیرقانونی اختصاص داشت و او اتفاقات و رسانه‌ای شدن این موضوع را حاشیه‌سازی و یکی از به گفته او غلط ترین کارهای چند سال اخیر معرفی کرد:
«یکی از غلط‌ترین کارهایی که در این یکی دو سال اخیر اتفاق افتاد این مسئله بورسیه‌ها بود. آنطور که روزنامه‌ها با آن بازی کردند. نخیر این جور هم نبود.»
در حالی رهبر جمهوری اسلامی شامگاه شنبه سیزدهم تیر به پرونده بورسیه‌های غیرقانونی اشاره می‌کند که حدود یک سال است از افشای تخلفات این پرونده می‌گذرد.
علی افشاری معتقد است که قابل پیش‌بینی بود که آیت‌الله خامنه‌ای سرانجام به آنچه که در این پرونده گذشته ورود پیدا کند:
«صحبت‌هایش در مورد بورسیه‌ها هم قابل پیش‌بینی بود. ولی درست گذاشت در موقعی اظهار نظر کرد که به نظر می‌رسد این پرونده ماه‌ها است که پس از شروع به کار فرهادی در وزارت علوم از مسیر طبیعی و منطقی خودش خارج شده و بخشی از کسانی که متهم بودند که سوءاستفاده کرده بودند و به ناحق از بورس برخوردار شده بودند دوباره برگشتند. بنابراین عملا‌ً این پرونده به جایی نرسید و صحبت‌های اخیر رهبری هم نقطه پایانی بود بر نافرجامی پرونده دیگر که نشان می‌دهد مشکلات از این دست در داخل حکومت ریشه‌دارتر از آن است که با رفتن یک رئیس جمهور یا یک وزیر علوم تغییر پیدا کند.»
افشای بورسیه‌های غیرقانونی از سوی وزارت علوم در دولت حسن روحانی از موضوعات جنجالی یک سال گذشته در عرصه سیاست داخلی ایران بوده است. آنطور که مسئولان فعلی وزارت علوم اعلام کرده‌اند این وزارتخانه در دوره ریاست جمهوری محمود احمدی‌نژاد به صدها نفر بدون احراز صلاحیت علمی بورسیه‌های دوره دکترا اعطا کرده است.
