روز یکشنبه بیست و چهارم اسفند نامه حسن روحانی، رئيس جمهوری ايران، به وزرای اطلاعات و کشور را منتشر کرد که در آن رئیس‌جمهوری ایران دستور داده موضوع حمله به علی مطهری نماینده مجلس در سفر به شيراز پيگيری و عاملان و آمران شناسایی شوند.
آقای روحانی همچنین دستور داده است که مسئولان امنيتی استان که در اين ماجرا قصور يا تقصير داشته‌اند، تحت تعقيب قانون قرار گيرند.
ساعاتی پس از انتشار این نامه استاندار فارس اعلام کرد که عامل اصلی این حادثه شناسایی شده است.
در نامه‌ای که محمد نهاوندیان رئیس دفتر رئیس جمهوری ایران خطاب به وزرای کشور و اطلاعات نوشته و علی مطهری نماینده مجلس نسخه‌ای از آن را در اختیار خبرگزاری ایسنا قرار داده است، پی‌نوشت حسن روحانی بر نامه علی مطهری هم ارائه شده است.
رئیس جمهوری ایران در این پی‌نوشت با ذکر اینکه گزارش آقای مطهری نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی را خوانده، از او به عنوان نماینده‌ای یاد کرده که به گفته آقای روحانی در دلسوزی، آزادی بیان و دفاع از منافع و مصالح کشور از نمایندگان نمونه و مورد علاقه شدید مردم است.
حسن روحانی در ادامه نوشته است که این ماجرا نشان از برنامه‌ریزی جدید به نوشته او «افراطیون منحرف و منفور علیه امنیت و آزادی» است که به گفته رئیس جمهوری ایران برای مردم و دولت قابل تحمل نیست.
علی مطهری نماینده مجلس شورای اسلامی که روز هجدهم اسفند برای سخنرانی در دانشگاه شیراز به این شهر سفر کرده بود پس از خروج از هواپیما در فرودگاه نیروهای شخصی به او حمله کردند و او را مورد ضرب و شتم قرار دادند. رضا علیجانی، تحلیلگر مسائل سیاسی ایران در پاریس به رادیو فردا می‌گوید:
«هرچند لحن گزارش آقای مطهری و همچنین ادبیات روحانی که می‌شود گفت حتی تند و عصبانی است، باید امیدوارکننده باشد برای پیگیری این ماجرا، ولی من تردیدهای جدی دارم در اینکه این ماجرا بتواند به سرانجام برسد. به خاطر اینکه این نوع رفتارها رفتارهای جیدی نیست و این سیاست و این برخورد چیزی نیست که در یک شهری و در یک گوشه‌ای اتفاق بیافتد. در ماه‌های اخیر شاهد بودیم که چندین جا حمله کردند به افراد و سخنران‌‌هایی را از همان فرودگاه برگرداندند. حتی از طرف دادستانی به صورت رسمی مجوز کنسرت‌هایی را که وزارت ارشاد دولت داده، لغو کردند. به هر حال این نوع حملات متکی به نیروهای سپاه و بسیج هست و ناشی از یک سیاستی است که در سطوح بالا رهبری و حمایت می‌شود و آن این است که جلوی باز شدن فضای داخلی گرفته شود. آقای روحانی هم چون از ابتدای دولتشان یک مقدار روی این موضوع کوتاه آمدند و آقای مطهری هم در رابطه با وزیر کشور این را اشاره کردند و اولویت را صرفا‌ً در رابطه با مسایل اقتصادی و بین‌المللی گذاشتند حالا با دیر شدن یک مقدار باید هزینه بیشتر و انرژی بیشتر صرف این مسئله کنند.»
روز یکشنبه محمد احمدی استاندار فارس اعلام کرد که در لحظات پایانی روز شنبه بیست و سوم اسفندماه عوامل اصلی حمله به علی مطهری شناسایی و به مقامات قضایی این استان معرفی شده‌اند. رئیس جمهوری ایران در نامه‌ای که به وزارتخانه‌های کشور و اطلاعات نوشته دستور داده که علاوه بر عوامل این واقعه نیروهای حامی و عامل پشت پرده نیز شناسایی و به قوه قضائیه سپرده شوند.
رضا علیجانی می‌گوید:
«آرزو می‌کنم که آقای روحانی بتوانند این موضوع را پیگیری کنند. وزارت اطلاعات ایشان متاسفانه همسو است با این جریانات و تحت نظر و اشراف دولت نیست. اما اگر آقای روحانی بخواهند در امتداد و موازات و حداقل حالا که مسایل و مشکلات مذاکرات هسته‌ای رو به اتمام هست بخواهند در رابطه با وعده‌های سیاسی داخلی هم فعال شوند و عقبه اجتماعی را در برابر این اقلیت پر سروصدا و پرقدرت قرار دهند تا در دو انتخابات پیش رو که یکی مجلس است و تغییر ترکیب مجلس به نفع دولت است ... اگر بخواهند موثر باشند در این رابطه بایستی بتوانند جلوی گروه‌های فشار را بگیرند تا فضا برای تحرک نیروهای اعتدال‌گرا، اصلاح‌طلب و تحول‌خواه که از دولت حمایت می‌‌کنند باز شود. وگرنه، آقای روحانی برای تحقق وعده‌هایشان حتی برای ادامه حیات دولتشان با مشکلات جدی مواجه خواهند بود.»
حمله به علی مطهری نماینده تهران در مجلس در شهر شیراز تاکنون با واکنش‌های متعددی روبه‌رو شده است. روز یکشنبه علی لاریجانی رئیس مجلس شورای اسلامی این حمله را اقدام ناپسند و زشتی نامید که به گفته او با توجه به دستور رئیس جمهوری ایران و رییس قوه قضاییه باید پیگیری جدی شود.
