سخنگوی وزارت خارجه ایران گزارش وزارت خارجه آمریکا دربارهٔ نقض آزادی‌های مذهبی در جمهوری اسلامی را «مغرضانه»، «سیاسی» و «مردود» خواند.
به گزارش خبرگزاری ایرنا، بهرام قاسمی روز چهارشنبه، ۲۵ مرداد، گفت که در این گزارش، «بار دیگر تصویری تحریف شده و سیاسی» از وضعیت آزادی‌های مذهبی در جمهوری اسلامی ارائه شده‌است.
آقای قاسمی با تأکید بر اینکه برای حل و فصل اختلافات مذهبی باید «از سیاسی کردن این موضوع اجتناب شود»، افزود که آمریکا «ارزیابی واقع‌بینانه‌ای از اوضاع داخلی کشورها به خصوص از شرایط جمعیتی و مذهبی آنها ندارد».
سخنگوی وزارت خارجه ایران در سخنان خود در عین حال پاسخی به مصداق‌های مطرح شده در گزارش وزارت خارجه آمریکا دربارهٔ نقض آزادی‌های مذهبی در ایران نداده است.
وی در مقابل این‌گونه اظهارنظر کرده که مسلمانان آمریکا «هدف اقدامات خشن و تبعیض‌آمیز از سوی نهادهای دولتی همچون پلیس و نیروهای امنیتی و همچنین تبلیغات و اقدامات اسلام‌هراسانه از سوی رسانه‌ها و نهادهای مذهبی خاص قرار می‌گیرند».
وزارت خارجه آمریکا روز سه‌شنبه، ۲۴ مرداد، گزارش سالانه خود را دربارهٔ وضعیت آزادی‌های دینی در جهان در سال ۲۰۱۶ منتشر کرد که در آن همچون سالهای پیش از تداوم نقض حقوق اقلیت‌های مذهبی در کشورهای مختلف و از جمله ایران انتقاد شده‌است.
در این گزارش از آزار، بازجویی و بازداشت بهائیان، نوکیشان مسیحی، مسلمانان سنی، دراویش و پیروان یارسان و سایر اقلیت‌های مذهبی در ایران انتقاد شده‌است.
وزارت خارجه آمریکا همچنین اعلام کرده که حکومت ایران به کاربرد مضامین ضد یهودی و ضد بهایی در بیانیه‌های رسمی خود ادامه می‌دهد و انکار هولوکاست را ترویج می‌کند.
جلوگیری از فعالیت‌های اقتصادی بهائیان و قتل فرهنگ امیری از بهاییان یزد در مهرماه ۹۵ از جمله دیگر بخش‌های این گزارش دربارهٔ ایران است.
در این گزارش با استناد به آمار مرکز اسناد حقوق بشر ایران اعلام شده‌است که در پایان سال ۲۰۱۶ حداقل ۱۱۵ سنی، ۸۰ بهایی، ۲۶ نوکیش مسیحی، ۱۸ درویش و ۱۰ یارسانی، به دلیل اعتقادات مذهبی خود زندانی هستند.
پیش از این نیز گزارش‌های متعددی دربارهٔ نقض حقوق و آزار اقلیت‌های مذهبی در ایران منتشر شده‌است.
در همین حال بنیاد دفاع از دموکراسی‌ها در گزارشی اعلام کرده است که بدرفتاری با اقلیت‌های مذهبی در ایران بهبود نیافته است.
بهائیان در ایران از حقوقی مانند تحصیل در دانشگاه و داشتن شغل‌های دولتی محروم هستند و تعدادی از پیروان این آئین به زندان‌های طولانی مدت محکوم شده‌اند.
زرتشتیان، یهودیان و مسیحیان ایران نیز از داشتن سمت‌های بالای دولتی محروم هستند. به این فهرست می‌توان مسلمان اهل سنت در ایران را نیز اضافه کرد به طوری که پس از انقلاب ۵۷ تاکنون هیچ یک از وزرا و اعضای دولت از میان مسلمانان اهل سنت انتخاب نشده‌اند.
در قوانین ایران همچنین تغییر مذهب به رسمیت شناخته نمی‌شود و بر اساس گزارش‌ها صدها نفر از نوکیشان مسیحی در ایران بازداشت شده‌اند.
