نامه محمد یزدی، دبیر جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، به آیت‌الله شبیری زنجانی، مرجع تقلید شیعه، در روزهای شنبه و یک‌شنبه، پنجم و ششم آبان‌ماه، واکنش‌های بسیاری را برانگیخت، از جمله آیت‌الله محمد عندلیب همدانی در اعتراض به این نامه از عضویت در جامعه مدرسین استعفا کرد.
پس از انتشار تصاویری از دیدار محمد خاتمی و شماری از چهره‌های اصلاح‌طلب با آیت‌الله موسی شبیری زنجانی در تهران، محمد یزدی در نامه‌ای سرگشاده به این مرجع تقلید، از وی خواست که «شان مرجعیت را رعایت» کند.
یزدی افرادی چون محمد خاتمی، محمد موسوی خوئینی، عبدالله نوری، غلامحسین کرباسچی و عبدالمجید معادیخواه را که در این دیدار حضور داشتند، «افراد مسئله‌دار» نامیده و با لحنی بی‌سابقه به شبیری زنجانی تذکر داده که نباید این «گونه مسائل دیگر تکرار» شود.
دبیر جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در عین حال به این مرجع تقلید تذکر داد که به گونه‌ای رفتار کند که «احترام و شئون مرجعیت» رعایت شود.
این نامه انتقادهای بسیاری را برانگیخته و از این که یک آیت‌الله در اقدامی کم‌سابقه با لحنی «آمرانه و سخیف» به یک مرجع تقلید تذکر داده، انتقاد شده است.
پایگاه خبری جماران روز یک‌شنبه، ششم آبان، خبر داد که آیت‌الله محمد عندلیب همدانی در اعتراض به نامه محمد یزدی به شبیری زنجانی از عضویت در جامعه مدرسین استعفا کرده است.
وی در متن استعفای خود خطاب به یزدی نوشت که نامه وی به شبیری زنجانی، «هرگونه تردید» وی برای ادامه عضویت در این جامعه را رفع کرده و نشان داد که تقسیر وی با یزدی و همفکرانش درباره «استقلال حوزه و جایگاه مرجعیت» فاقد «هماهنگی» است.
محمود صادقی، نماینده اصلاح‌طلب تهران در مجلس شورای اسلامی، نیز در واکنش به این نامه توییت کرد که «احترام مراجع تقلید هم گزینشی است؛ نویسنده نامه (یزدی) در این زمینه ید طولایی دارد.»
مصطفی تاج‌زاده، فعال سیاسی اصلاح‌طلب نیز در این زمینه توییت کرد که «انتقاد از مراجع حق هر شهروند است، اما آقای محمد یزدی نه به لحاظ سابقه و عملکرد و نه از نظر پایگاه مردمی در جایگاهی نیست که برای عالمی وارسته و معتبر تعیین تکلیف کند. او باید بداند گذشت دوره‌ای که با تهدید و ارعاب استقلال عمل مرجعیت شیعه را نقض می‌کردند.»
عماد بهاور، فعال سیاسی ملی مذهبی، نیز در این باره نوشت: «آیت‌الله یزدی به آیت‌الله العظمی شبیری زنجانی گفته دیگر تکرار نشود؛ این چهره واقعی دگردیسی در ساختار نهاد شیعه پس از استقرار اسلام سیاسی است.»
آذر منصوری، دیگر فعال سیاسی اصلاح‌طلب نیز توییت کرد که «وقتی کار به جایی می‌رسد که به آیت‌الله شبیری زنجانی برای یک دیدار نامه تهدید‌آمیز نوشته می‌شود، نشان می‌دهد، مدافعین گفت‌وگو و آشتی ملی با چه حجمی از مقاومت مخالفین مواجهند و چه راه دشواری پیش رو دارند.»
سراج میردامادی نیز نوشت: «فقط در نظام روحانیت شیعه ایرانی چنین پدیده خارق‌العاده‌ای یافت می‌شود: آیت‌الله محمد یزدی به آیت‌الله شبیری زنجانی که از مراجع تقلید است نامه نوشته که چرا با حجت‌الاسلام سید محمد خاتمی که خودش روحانی و آیت‌الله‌زاده است ملاقات کرده، چون مشی سیاسی او را مسئله‌دار می‌داند.»
شمار دیگری از فعالان اطلاح‌طلب در فضای مجازی نیز از این نامه با عنوان «تهدید عریان»، «نامه توهین‌آمیز»، «تجمیع عقده‌گشایی‌های سابق» و «نشانه استیصال و حقارت» نام برده‌اند.
مهدی مهدوی آزاد، روزنامه‌نگار نوشته که «هشدار» محمد یزدی به شبیری زنجانی به این معنی است که «یادت هست با امثال منتظری، کاظم شریعتمداری یا حتی جوادی آملی چه کردیم؟ پایت را از گلیمت درازتر و آقا را عصبانی نکن. از مکارم شیرازی و نوری همدانی یاد بگیر.»
اشاره وی به حمله گروه فشار که در ادبیات سیاسی جمهوری اسلامی از آنها به عنوان «نیروهای خودسر» نام برده می‌شود به دفتر آیت‌الله حسینعلی منتظری ب است، به دنبال اظهارات انتقادی وی درباره عملکرد علی خامنه‌ای و در پی آن حصر او.
اقدامات شمار دیگری از روحانیون و مراجع اصلاح‌طلب ساکن قم از جمله آیت‌الله اسدالله بیات زنجانی و آیت‌الله یوسف صانعی نیز در سال‌های اخیر به دلیل مواضع نزدیک به اصلاح‌طلبان از سوی این گروه‌ها با واکنش‌های تند لفظی و فیزیکی مواجه شده است.
