چند هفته پس از انتشار گزارش‌هایی به نقل از یک فرمانده ارشد سپاه قدس مبنی بر رد نقش «نفوذ» در ترور اسماعیل هنیه، رئیس دفتر سیاسی گروه افراطی حماس در تهران، وزیر اطلاعات نیز این موضوع را تأیید کرد.
حماس از سوی آمریکا، اسرائیل و اتحادیه اروپا گروه تروریستی شناخته می‌شود.
اسماعیل خطیب روز شنبه، سوم شهریور، در یک گفتگوی اختصاصی با وب‌سایت جماران، گفت: «بر اساس گزارشات و اطلاعیه‌ای که سپاه پاسداران داده، برای عوامل نفوذی در ترور شهید هنیه نقشی دیده نشده است.»
او با این حال به گزارشات و بررسی‌های وزارت اطلاعات ایران در این زمینه هیچ اشاره‌ای نکرد و تنها گزارش منتسب به سپاه را تأیید کرد.
۱۴ مردادماه، ابراهیم رضایی، سخنگوی کمیسیون امنیت ملی مجلس ایران به نقل از معاون اطلاعات نیروی قدس سپاه پاسداران گفته بود در ترور اسماعیل هنیه در تهران، «نفوذ مطرح نیست.»
اسماعیل هنیه به گفته سپاه پاسداران در بامداد روز ۱۰ مرداد در اقامتگاهی در شمال تهران بر اثر «شلیک پرتابهٔ کوتاه‌برد» کشته شد.
او برای شرکت در مراسم تحلیف مسعود پرشکیان به تهران سفر کرده بود و ساعاتی بعد ترور شد.
سخنگوی کمیسیون امنیت ملی مجلس همچنین بدون اشاره به جزئیات گفته بود معاون وزارت اطلاعات در این جلسه اعلام کرده که «اقدامات میدانی وسیع» در پی ترور هنیه صورت گرفته است.
در حالی که جمهوری اسلامی در این زمینه اطلاعاتی منتشر نمی‌کند، روزنامه نیویورک‌تایمز در گزارشی به نقل از دو منبع ایرانی خبر داد که در مهمانخانه نظامی در تهران که اسماعیل هنیه در آن کشته شد بیش از ۲۰ نفر که برخی از آنها افراد سطح بالا هستند بازداشت شده‌اند.
به نوشته این روزنامه، بیش از ۲۰ فرد بازداشت‌شده از جمله شامل افسران ارشد اطلاعاتی، مقام‌های نظامی، و کارکنان شاغل در این مهمانخانه بوده‌اند.
مقام‌های سپاه و وزیر اطلاعات در شرایطی نقش «نفوذ» و «نفوذی‌ها» در ترور هنیه در تهران را رد می‌کنند، که پس از این اتفاق، بار دیگر ضرورت «پاکسازی ریشه‌ای» در نهادهای امنیتی و اطلاعاتی ایران از سوی برخی چهره‌های سیاسی مطرح شد.
از جمله روزنامه جمهوری اسلامی روز ۱۱ مرداد از وجود «عوامل نفوذی» در داخل ایران نوشت و افزود این که اسرائیل می‌تواند «موشک خود را از پنجره اتاق خواب اسماعیل هنیه و در نقطه کاملاً حفاظت شده‌ای در تهران عبور دهد» معنایش جز این نیست که اسرائیل در داخل ایران «عوامل نفوذی» دارد.
