چندین تشکل و کنشگر حقوق اقلیت‌های جنسی و جنسیتی می‌گویند پیام تسلیت سیاستمداران خارجی برای مرگ ابراهیم رئیسی «دهن‌کجی آشکار به همه زنان، رنگین‌کمانی‌ها و مردمی است که برای سرنگون کردن جمهوری اسلامی با پرچم زن، زندگی، آزادی به پا خاستند».
۲۳ نهاد و کنشگر فعال در زمینهٔ حقوق جامعه ال‌جی‌بی‌تی‌کیو پلاس روز جمعه، چهارم خردادماه، با انتشار بیانیه‌ای خطاب به این سیاستمداران و نمایندگان دولت‌‌ها نوشتند: «این اقدام شما ننگی است بر پیکره جامعه جهانی و حقوق بشر.»
امضاکنندگان این بیانیه با اشاره به نقش رئیس جمهور پیشین ایران در «اعدام و کشتار همجنسگرایان و کوییرها» اعلام کردند بسیاری از مردم ایران «امثال ابراهیم رئیسی را جزو قاتلین، شکنجه‌گران و متجاوزین به عزیزان خود می‌دانند».
در این بیانیه از سیاستمداران جهان خواسته شده، به جای ارسال پیام تسلیت برای مقامات جمهوری اسلامی به «مماشات با جمهوری اسلامی» پایان داده و «سپاه پاسداران را در فهرست سازمان‌های تروریستی» قرار دهند.
این نهادها و کنشگران مدنی همچنین خواستار تعطیلی سفارتخانه‌ها و مراکز وابسته به جمهوری اسلامی و بایکوت «حکومت آپارتاید جنسیتی» در ایران شدند.
با وجود انتقادها از ارسال پیام تسلیت کشورها، سازمان‌ها و نهادهای بین‌المللی به درگذشت ابراهیم رئیسی، رئیس جمهوری پیشین ایران، و هئیت همراهش در سانحه سقوط، مجمع عمومی سازمان ملل متحد اعلام کرد که در روز ۱۰ خرداد مجلس یادبودی به همین مناسبت برگزار خواهد کرد.
شیرین عبادی، وکیل دادگستری و نخستین برنده ایرانی جایزه نوبل صلح، روز جمعه چهارم خرداد در پستی در حساب کاربری خود در اینستاگرام این «ادعای احتمالی سازمان ملل متحد» را که برگزاری مراسم یادبود مختص عالی‌ترین مقام هر کشور است، برخلاف پروتکل‌های این سازمان دانست.
او در این زمینه توضیح داده است: «اقدام این نهاد سازمان ملل در حالی است که کمیته حقیقت‌یاب این سازمان به تازگی خشونت‌های اعمال شده توسط جمهوری اسلامی را در سطح «جنایت علیه بشریت» برشمرده و گزارشگر ویژه حقوق بشر سازمان ملل متحد نیز سال‌هاست در مورد نقض گسترده حقوق بشر در ایران اطلاع‌رسانی می‌کند.»
