مجلس خبرگان رهبری گزارش‌های منتشر شده در مورد «جانشینی موروثی» مجتبی خامنه‌ای به عنوان رهبر آینده جمهوری اسلامی را «شبهه‌پراکنی» خواند و مدعی شد این نهاد به «شایسته‌گزینی و انتخاب اصلح» توجه دارد.
در بیانیه پایانی دهمین نشست دوره پنجم مجلس خبرگان که روز چهارشنبه ۱۶ شهریور منتشر شد، از این نهاد به عنوان «معتمدان ملت» نام برده شده است که «برحسب وظیفه ذاتی، قانونی و شرعی خود شبهه‌پراکنی‌ها را بی‌معنا» می‌داند.
به نظر می‌رسد این بخش از بیانیه مجلس خبرگان واکنشی باشد به یک نوشته میرحسین موسوی، از رهبران اعتراضات ۸۸، که اواسط مردادماه از سوی وب‌سایت «کلمه» منتشر شد و در آن پیرامون «جانشینی موروثی رهبری» در ایران هشدار داده بود.
آقای موسوی که از سال ۸۹ در حصر خانگی به سر می‌برد، با اشاره به احتمال جانشینی مجتبی، فرزند علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی، پس از مرگ او نوشته بود: «۱۳ سال است که اخبار این توطئه شنیده می‌شود. اگر به راستی در پی آن نیستند، چرا یک بار چنین نیتی را تکذیب نمی‌کنند؟»
مجلس خبرگان که بر اساس قانون اساسی جمهوری اسلامی وظیفه نصب و عزل رهبر جمهوری اسلامی را برعهده دارد، در بیانیه روز چهارشنبه خود تلاش برای جانشینی مجتبی خامنه‌ای را رد نکرد و فقط مدعی شد که «سابقه این مجلس وزین حاکی از توجه به شایسته‌گزینی و انتخاب اصلح بوده است».
احمد خاتمی، سخنگوی این مجلس، نیز در گفت‌وگو با خبرنگاران در پاسخ به پرسشی درباره شاخص‌های مدنظر مجلس خبرگان برای انتخاب رهبری گفت: «ما درباره شاخص‌ها کار کردیم».
او اظهار داشت: «شخص رهبری فرمودند بیایید شاخص‌هایی که برای رهبری در قانون اساسی نوشته شده، مثلاً تدبیر، فقاهت و امثال این شاخص‌ها را بنویسید و ما هم این شاخص‌ها را در کمیسیون تحقیقات نوشته‌ایم».
نوشته میرحسین موسوی با واکنش تند اصولگرایان روبرو شد، اما هیچ یک از منتقدان او نه به مسئله «جانشینی موروثی» اشاره کردند و نه آن را تکذیب.
با این حال، کمتر از یک ماه پس از انتشار این نوشته، خبرگزاری حوزه علمیه قم از مجتبی خامنه‌ای با عنوان «آیت‌الله» نام برد و نوشت که او قرار است در این حوزه درس «خارج فقه و اصول» را تدریس کند.
در خبر «رسا» همچنین ادعا شده بود که مجتبی خامنه‌ای ۱۳ سال سابقه تدریس در این درس را دارد.
مجتبی خامنه‌ای ۵۳ ساله پسر دوم علی خامنه‌ای رهبر ۸۲ ساله جمهوری اسلامی است که سال‌هاست در برخی از محافل سیاسی از او به عنوان جانشین احتمالی پدرش نام برده می‌شود.
وزارت خزانه‌داری آمریکا پیشتر در گزارشی اعلام کرده بود که با این‌که مجتبی خامنه‌ای رسماً مقام سیاسی ندارد اما با «نیروی قدس سپاه پاسداران و بسیج همکاری تنگاتنگی دارد» و رهبر جمهوری اسلامی بخشی از مسئولیت‌های خود را به او سپرده است.
بر اساس برخی گزارش‌ها، مجتبی خامنه‌ای نقش مهمی در به قدرت رسیدن محمود احمدی‌نژاد در دو دوره ریاست‌جمهوری او و سرکوب اعتراض‌های مردمی به‌ویژه در سال ۱۳۸۸ داشته است.
نخستین بار، مهدی کروبی در جریان انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۱۳۸۴، نسبت به مداخلات مجتبی خامنه‌ای در امور کشور هشدار داده بود.
آقای کروبی پس از آن انتخابات که منجر به پیروزی محمود احمدی‌نژاد شد، به دخالت‌های دفتر رهبر جمهوری اسلامی و سپاه پاسداران در روند انتخابات اعتراض کرد و در نامه‌ای به علی خامنه‌ای نوشت: «شنیدم که یکی از بزرگان به جنابعالی گفته‌اند که 'آقازاده حضرتعالی از فلان شخص حمایت می‌کند' و شما فرموده‌اید 'ایشان آقا است نه آقازاده' و به هر حال مشخص شد که آن حمایت‌ها نظر شخصی آقا مجتبی بوده است».
