سخنگوی وزارت امور خارجه سوئیس تایید کرد که برای علی فلاحیان وزیر پیشین اطلاعات جمهوری اسلامی در سوئیس حکم جلب بین المللی صادر شده است و سفارت جمهوری اسلامی در سوئیس این اتهامات را رد کرد. به گفته سخنگوی سفارت، صدور حکم بازداشت بین المللی وزیر پیشین اطلاعات شانزده سال پس از وقوع ماجرا، نشان دهنده بی اساس بودن اتهامات است. اما به نوشته روزنامه لومتن چاپ سوئیس قاضی پرونده که از سال 1997 مسئولیت پرونده قتل دکتر کاظم رجوی را برعهده گرفت، پس از تحقیقات گسترده سرانجام حکم بازداشت بین المللی شش صفحه ای علی فلاحیان را صادر کرد. قاضی پیش از صدور حکم به آلمان و آرژانتین رفت. در سال 1996 دادگستری آلمان حکم جلب بین المللی وزیر پیشین اطلاعات جمهوری اسلامی را در رابطه با ترور دکتر صادق شرفکندی و سه تن از همراهان او در رستوران میکونوس صادر کرده بود و در سال 2003 دادگستری آرژانتین نیز حکم بازداشت بین المللی علی فلاحیان را به اتهام دست داشتن در انفجار مرکز یهودیان بوئنوس آیرس صادر کرد.
