آیت‌الله یوسف صانعی، اسلام راستین را اسلامی دانست که موجب فرار مغزها ازکشور نشود و دانشجویان زندانی نشوند. وی در مصاحبه با تلویزیون مکزیک افزود اسلام دین قید و بند نیست بلکه دین آزادی و نشاط است. صانعی که جزو مراجع تقلید اصلاح‌طلب به شمار می‌رود، در باره بحث مهدویت که از اصول محوری دولت جدید جمهوری اسلامی است گفت هر کس که جلوی آزادی اندیشه را می‌گیرد و ظلم می‌کند، با ظهور مهدی موعود مخالف است. وی در باره برخورد حکومت با زنانی که بی حجاب یا بدحجاب تلقی می شوند، گفت: برای مبارزه با بی‌حجابی نباید جامعه را پلیسی کنیم، بلکه باید فرهنگ‌سازی شود. بهروز کارونی (رادیو فردا): آیت‌الله یوسف صانعی تصریح کرد که کسی حق ندارد از موضوع مهدویت سوءاستفاده کند. وی با رد هرگونه خرافه‌پرستی در این باره گفت مهدویت نه فالگیری و رمالی است و نه خواب و خرافه. وی گفت مهدویت آزادی فکر و اندیشه و خدمت به بشریت و علم و دانش است و زمانی که مهدی موعود ظهور می‌کند، دمکراسی و صلح بر سراسر جهان حاکم می‌شود، و از همین رو هرکس که در سطح جهان ظلم می‌کند و جلوی آزادی اندیشه و آزادی بیان را می‌گیرد، مخالف ظهور مهدی موعود است.
آیت‌الله یوسف صانعی، در دیدار با انجمن زنان مدیرکارآفرین نیز بر آگاهی زنان از حقوق مادی و معنوی آنها تاکید کرد و با اشاره به بحث مبارزه با بی‌حجابی در سطح جامعه گفت برای مبارزه با بی‌حجابی نباید جامعه را پلیسی کنیم، بلکه باید فرهنگ‌سازی شود. آیت الله صانعی گفت آزادی مطلق گرچه غلط است اما حرکات تند در این زمینه جواب نمی‌دهد.
