بنیاد مستضعفان برای نخستین بار از زمان تأسیس، صورت مالی سالانه خود را منتشر ساخت.
بنا بر صورت مالی سال ۱۳۹۵، درآمد بنیاد بیش از ۲۸ هزار میلیارد تومان و سود خالص آن ۲ هزار و ۶۹۲ میلیارد تومان بوده است. بیشترین سود بنیاد از طریق ارائه خدمات تأمین می‌شود که بخش های بانکداری، ارتباطات، روان‌کارهای خودرو، املاک و مستغلات، برق و انرژی، و حفاری و نفت است.
بنا بر صورت مالی سال ۹۵ ایرانسل در میان شرکت های متعلق به بنیاد بیشترین سوددهی را دارد و پس از آن شرکت نفتی بهران قرار می‌گیرد.
بنیاد در سال ۹۵، مبلغ ۵۳۴ میلیارد تومان کمک بلاعوض کرده که ۳۲۶ میلیارد تومان آن به معاونت نظارت و حسابرسی دفتر آیت الله خامنه ای پرداخت شده است. صورت مالی سال ۹۵ بنیاد بر روی سایت اخبار بنیاد مستضعفان قابل مشاهده است.
بنیاد مستضعفان به لحاظ حقوقی مؤسسه ای عمومی است که دولت مجوز دخالت در آن را نداشته و عملکرد آن تنها به رهبر جمهوری اسلامی ارائه شده و او رئیس بنیاد را منصوب می‌کند.