انتشار نامه محرمانه آیت الله خمینی خطاب به سران نظام مبنی بر علل پذیرش آتش بس و خصوصأ اشاره به نیاز ایران به سلاح اتمی در سالهای واپسین جنگ کماکان تحلیل های متفاوتی را در محافل مختلف به دنبال دارد. انتشار این نامه که توسط دفتر اکبر هاشمی رفسنجانی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام صورت گرفت، به اعتقاد بسیاری از ناظران ِ سیاسی قدرتنمایی ِ آقای رفسنجانی در برابر دولت فعلی بوده است. برخی دیگر اما بر این عقیده اند که انتشار این نامه مرتبط با انتخابات ِ آتی ِ مجلس خبرگان و کاندیداتوری ِ آقای رفسنجانی در آن است. نیوشا بقراطی (رادیو فردا): به اعتقاد برخی تحلیلگران انتشار نامه محرمانه آیت الله خمینی طی هفته گذشته اقدامی بود که از سوی دفتر اکبر هاشمی رفسنجانی با دو هدف جداگانه صورت پذیرفت: توجیه نقش آقای رفسنجانی در جنگ هشت ساله ایران و عراق با توجه به نزدیک شدن به موعد برگزاری انتخابات مجلس خبرگان؛ و از سوی دیگر ضربه ای به محمود احمدی نژاد و دیگر محافظه کاران افراطی که می توانند با سیاستهای خود، ایران را وارد بحران دیگری کنند.
ناصر هادیان جزی استاد علوم سیاسی، در گفتگو با خبرگزاری رویترز می گوید که مهمترین انگیزه آقای رفسنجانی از انتشار نامه توجیه نقشش در اِتمام جنگ هشت ساله بوده است. رفسنجانی که انتظار می رود دو ماه دیگر در انتخابات خبرگان رهبری شرکت داشته باشد، همواره آماج انتقاد شدید محافظه کاران ِ افراطی برای به گفته آنها "تشویق آیت الله خمینی به پایان جنگ"قرار داشته. موضوعی که می تواند بر نتیجه انتخابات خبرگان تاثیرگذار باشد.
آیت الله خمینی در نامه ای که توسط اکبر هاشمی رفسنجانی منتشر شد به نقل از فرمانده وقت سپاه پاسداران به احتیاجات نظامی ایران برای پیروزی در جنگ اشاره می کند؛ فهرستی که سلاح اتمی نیز در آن جای دارد. این نامه با اشاره صریحش به لزوم دستیابی ایران به سلاح هسته ای که همزمان با بحران پرونده اتمی جمهوری اسلامی منتشر شد، ظن غرب را نسبت به انگیزه های تهران دوچندان کرده است.
اما در همین حال برخی تحلیلگران بر این عقیده اند که نامه مذکور، همچنین حاوی این نکته است که جمهوری اسلامی حتی در طول جنگ با عراق نیز به اسلحه اتمی متوسل نشد. ناصر هادیان جزی در گفتگو با رویترز اقدام اخیر آقای رفسنجانی را که سال گذشته در انتخابات ریاست جمهوری مغلوب محمود احمدی نژاد شد، "حمله ای کلی به افراط گری" می نامد.
دیگر تحلیلگر سیاسی، محمود علی نژاد به رویترز می گوید رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام می خواسته به مردم یادآور شود «گروه های تندرویی هستند که دیگرباره برای منفعت سیاسی خود می خواهند ایران را به تقابل با دنیای خارج سوق دهند.»
و مفهوم نهایی انتشار نامه اینکه همانطور که آیت الله خمینی در هنگامه مواجهه کشورش با ویرانی، تصمیمی دشوار مبنی بر گردن نهادن به قطعنامه 598 و پایان جنگ گرفت، هم اکنون نیز حکومت فعلی ِ تهران باید با پذیرش معامله پیشنهادی در خصوص برنامه اتمیش، ایران را از بحران ِ قریب الوقوع برهاند.
غرب تلاش دارد جمهوری اسلامی را وادار به توقف غنی سازی اورانیوم کند؛ فرایندی که می توان از آن در ساخت بمب اتم بهره جست. تهران با رد این سوظن، بر صلح آمیز بودن مقاصد اتمیش پای می فشارد. در صورت عدم تعلیق چرخه فرآوری اورانیوم در حال حاضر ایران با خطر اِعمال تحریم های اقتصادی و سیاسی مواجه است.
