درحالی که رسانه‌های وابسته به سپاه پاسداران انفجار راه آهن و جاده در آق قلا را عامل جلوگیری از پیشرفت سیل خوانده بودند، رئیس جمهور ایران می‌گوید این اقدامات «هیچ تاثیری» نداشته است.
این انفجارها توسط سپاه پاسداران و با هدف خارج شدن آب از محدوده این شهر انجام شده بود.
با این حال حسن روحانی گفت که شکافتن جاده و راه آهن «هیچ تاثیری» نداشته و آب «از یک طرف به طرف دیگر منتقل شده است».
به گفته آقای روحانی، ارتفاع این منطقه فاصله زیادی با ارتفاع دریای خزر ندارد و به همین دلیل آب در این مناطق تخلیه نمی‌شد.
وی گفت: «آب باید از طریق رودخانه خارج شود اما رودخانه رسوب گرفته است».
نیروی زمینی سپاه پاسداران، شامگاه چهارم فروردین بخشی از مسیر خط آهن گرگان-اینچه‌برون در شمال شهر آق‌قلا را در سه نقطه منفجر کرد.
علت انفجار، «رهاسازی آب انباشت‌شده در منطقه» اعلام شد و محسن رضایی، فرمانده اسبق سپاه پاسداران، از این انفجارها به عنوان «انفجار امید» یاد کرد.
روز هفتم فروردین، گردان مهندسی و تخریب سپاه با دستور مستقیم محمدعلی جعفری، فرمانده سپاه، بخشی از جاده «چارقلی-گمیشان» را منفجر کرد.
این دو انفجار به عنوان راه‌حل کاهش حجم آب در شهر آق‌قلا و جلوگیری از وقوع بحران در گمیشان از سوی رسانه‌های وابسته به سپاه، برجسته شدند و اسناد افتخار «مدیریت جهادی» سپاه نام گرفتند.
قرارگاه خاتم الانبیای سپاه پاسداران پیمانکار پروژه خط آهن گرگان-اینچه برون، بوده است.
پیش از این نورمحمد تربتی‌نژاد، نماینده گرگان در مجلس، روز هفتم فروردین در جلسه ستاد مدیریت بحران استان گلستان گفته بود که این راه‌آهن در مسیر سیل قرار دارد زیرا در زمان ساخت «گذرگاه‌های آب» برای آن طراحی نشده است.
سخنان آقای روحانی واکنش خبرگزاری تسنیم، وابسته به سپاه پاسداران را به دنبال داشته است. این خبرگزاری ضمن انتشار تصویر نامه استانداری نوشت که انفجار ریل قطار با درخواست استانداری گلستان انجام شده است.