شورای نگهبان بعد از انتشار گزارش ۹ صفحه‌ای و مخالفت با ۱۹ مورد از مفاد بودجه سال ۹۹ کشور، روز چهارشنبه ۲۸ اسفند آن را تایید کرد.
عباسعلی کدخدایی سخنگوی شورای نگهبان با انتشار توئیتی اعلام کرد: «با توجه به انجام اصلاحات مورد نظر شورای نگهبان در لایحه بودجه ۱۳۹۹ امروز عصر نظر این شورا مبنی بر عدم مغایرت لایحه با شرع مقدس و قانون اساسی به مجلس اعلام شد».
یکی از اصلاحات عمده شورای نگهبان شامل عدم اخذ مالیات از منازل خالی است.
طبق اصلاحیه کمیسیون تلفیق مجلس بر لایحه بودجه دولت، قرار شده بود ۴۶۰۰ میلیارد تومان از محل اخذ مالیات بر منازل خالی به درآمدهای بودجه اضافه شود.
شورای نگهبان این پیشنهاد را خلاف شرع عنوان کرده است.
شورای نگهبان همچنین خواهان حذف واردات خودروهای هیبریدی درج شده در لایحه بودجه بود. مورد مهم دیگر نیز افزایش «ناعادلانه» حقوق کارمندان با فرمول ۱۵ درصد بود.
در حالی که نرخ تورم در کشور ۳۷ درصد است، دولت در بودجه سال آینده افزایش ۱۵ درصدی حقوق کارمندان را در نظر گرفته بود ولی شورای نگهبان رای به حذف آن داد.