دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران در تماس تلفنی با مشاور امنیت ملی رئیس‌جمهوری افغانستان، گزارش مقامات این کشور درباره «غرق کردن» مهاجران افغان را رد کرد و گفت که جمهوری اسلامی در این زمینه «مستندات غیر قابل تردید» دارد.
علی شمخانی در تماس تلفنی با حمدالله محب گفته که «فضای خبری سنگین و غیر مستند ایجاد شده از سوی برخی مسئولان و رسانه‌های افغانستان مایه تعجب و تاسف است».
او مدعی شده که «مستندات غیر قابل تردیدی در رد ادعاهای مطرح شده علیه ایران درباره جان‌باختگان افغان وجود دارد که در صورت اراده طرف افغان می‌تواند در کمیته مشترک حقیقت‌یاب بررسی شود».
آقای شمخانی به این مستندات اشاره نکرده و سایر مقامات یا رسانه‌های ایران نیز پیشتر مستندی ارائه نکرده بودند.
هیات تعیین شده از سوی دولت افغانستان روز ۲۷ اردیبهشت اعلام کرد که همه اسناد، مدارک، فیلم‌ها و عکس‌های مربوط به این موضوع را که از نظر فنی، حرفه‌ای و قانونی ارزیابی شده‌اند، در اختیار مقامات ایرانی قرار داده است.
رسانه‌های افغانستان ۱۳ اردیبهشت گزارش دادند حدود ۵۰ نفر از شهروندان افغان که به‌طور غیرقانونی وارد ایران شده بودند، از سوی مرزبانان دستگیر «و پس از ضرب و جرح، به رودخانه هریرود انداخته شدند».
بر اساس گزارش اولیه هیات حقیقت‌یاب افغانستان، از میان این افراد ۱۷ تن جان سالم به در برده، ۱۲ تن کشته شدند و ۱۷ تن نیز مفقود هستند.