«جامعه باستان‌شناسی ایران» در بیانیه‌ای با طرح ساخت شعبه دوم موزه ملی در آرامگاه خمینی مخالفت کرده و آن را «کارشناسی‌نشده» و نامتناسب با فضای این محل دانست.
جامعه باستان‌شناسی در این بیانیه که خبرگزاری ایلنا روز چهارشنبه منتشر کرد خواستار روشن شدن جزئیات توافق سازمان میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع دستی با تولیت مقبره روح‌الله خمینی، رهبر سابق جمهوری اسلامی ایران، در خصوص راه‌اندازی «شعبه دوم موزه ملی» و ایجاد «مخزن امن» از سوی مسئولان مرتبط شد.
در این بیانیه ضمن اشاره به اجرایی نشدن مصوبه هیئت وزیران در سال ۱۳۸۲ مبنی بر گسترش فضای موزه ملی بر اساس واگذاری ساختمان‌های میدان مشق آمده است: «در این شرایط پرسش و ابهام نخست این است که چرا آن طرح بسان چندین طرح دیگر به کنار رفتند و به‌یک‌باره طرحی کارشناسی‌نشده به میان آمد؟!»
در ادامه این بیانیه با انتقاد به پایه‌های کارشناسی طرح جدید گفته شده است: «اجزا و عناصر مکان‌های فرهنگی در نسبت با همدیگر هستند. روح مبارزاتی بنیان‌گذار انقلاب اسلامی ما را بدین درجه از فهم و آگاهی تاریخی رهنمون می‌کند که فضای حرم آن حضرت متناسب با موزه انقلاب و نه در پیوند و نسبت با نام و موضوع و شعبه موزه ملی و مواد فرهنگی آن است.»
در روز ۱۳ مرداد سال جاری خبر انتقال دو تا سه هزار اثر باستانی به زیرزمین مقبره روح‌الله خمینی و تبدیل آن به موزه ملی شماره دو ایران با واکنش بسیاری از سوی کارشناسان مواجه شد.
به گزارش وب‌سایت صدای میراث، راه‌اندازی این موزه در گام اول ۲۵۰ میلیارد تومان هزینه دارد و قرار است بودجه آن را دولت تامین کند.