غلامرضا جلالی، رئیس سازمان پدافند غیرعامل، گفته است که پس از وقوع حادثه انفجار در تاسیسات هسته‌ای نطنز، شورای عالی امنیت ملی ایران مصوب کرده است که « فرماندهی واحد دفاعی- امنیتی هسته‌ای» تشکیل شود.
او در گفت‌وگویی که روز شنبه، اول خرداد در خبرگزاری مهر منتشر شده، تاکید کرده است که در حوادث نطنز «ناهماهنگی بین لایه‌های تولیدکننده امنیت» وجود داشته است و بر همین اساس قرار است این فرماندهی جدید فعال شود.
مسئولیت حفاظت اطلاعات تاسیسات هسته‌ای ایران بر عهده وزارت اطلاعات است ولی پس از انفجار اخیر در تاسیسات هسته‌ای نطنز، انتقادهایی درباره نحوه حفاظت از این تاسیسات مطرح شد و برخی از رسانه‌های نزدیک به سپاه پاسداران خواستار واگذاری این مسئولیت به سپاه پاسداران شدند.
بیشتر در این باره: دعوای سپاه و وزارت اطلاعات درباره نطنز به کجا می‌رسد؟انفجاری که بامداد روز ۲۲ فروردین امسال در تاسیسات نطنز رخ داد، بر اساس گزارش روزنامه نیویورک تایمز، این انفجار که نتیجه «خرابکاری اسرائیل» بود و برنامه غنی‌سازی اورانیوم ایران را «دست‌کم تا ۹ ماه به تعویق انداخته است».
مسئولان امنیتی ایران تاکنون گزارش دقیقی درباره جزییات این حادثه اعلام نکرده‌اند و می‌گویند عامل این حادثه از کشور فرار کرده است.
پس از این وقوع انتقادهای گسترده‌ای درباره نحوه حفاظت از تاسیسات و برنامه هسته‌ای ایران مطرح شد. از جمله این انتقادات که بازتاب گسترده‌ای داشت، سخنان محسن رضایی، دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام، بود که گفت کشور دچار «آلودگی امنیتی» شده است.
او با اشاره به به دو انفجار در تاسیسات هسته‌ای نطنز در ۱۲ تیر ۱۳۹۹ و ۲۱ فروردین ۱۴۰۰ و نیز کشته‌شدن محسن فخری‌زاده، از چهره‌های ارشد برنامه هسته‌ای و موشکی جمهوری اسلامی در هفتم آذر سال ۹۹ گفت «آلودگی امنیتی» از ۱۰ سال پیش تاکنون «تشدید» شده و دولت آینده باید به فکر «سالم‌سازی امنیتی» و «پاک‌سازی منابع نفوذی احتمالی» باشد.
آقای رضایی همچنین بدون اشاره به جزییات از دو مورد دیگر «آلودگی امنیتی» نام برد و گفت: «از اسناد به کلی سری هسته‌ای ما سرقت شده است و قبل از آن چند ریز پرنده مشکوک آمدند و کارهایی انجام دادند».
این برای نخستین‌بار بود که یک مقام ارشد جمهوری اسلامی سرقت اسناد هسته‌ای جمهوری اسلامی را که پیش‌تر اسرائیل مطرح کرده بود، تایید می‌کند. مقام‌های ایران همواره ادعای اسرائیل را «جعلی و ساختگی» عنوان می‌کردند.
بنیامین نتانیاهو، نخست‌وزیر اسرائیل، سال ۹۷ خورشیدی اعلام کرد اسرائیل انبوهی از اسناد هسته‌ای ایران را از کشور خارج کرده است.
علاوه بر سخنان محسن رضایی، فریدون عباسی، رئيس کمیسیون انرژی مجلس ایران، نیز روز ۱۱ اردیبهشت در گفت‌وگویی فاش کرد که در طول ۱۵ سال گذشته، پنج انفجار «بزرگ» در تاسیسات هسته‌ای نطنز رخ داده و علاوه بر آن حوادث کوچک متعددی هم در این تاسیسات به وقوع پیوسته است.