پس از انتشار خبری مبنی بر قطع همکاری دانشگاه فرایبورگ با دانشگاه اصفهان به دلیل انتشار «مطالب یهودستیزانه» در وب‌سایت دانشگاه اصفهان، یک مقام این دانشگاه گفت مطالب منتشره «ضد و نقیض» هستند و در این زمینه «ایمیل و یا نامه رسمی از دانشگاه فرایبورگ» دریافت نشده است.
کمیل طیبی، مدیر دفتر همکاری‌های علمی بین‌المللی دانشگاه اصفهان، در عین حال اتهام یهودستیزی علیه دانشگاه اصفهان را که در گزارش‌ها بر آن تاکید شده بود رد یا تکذیب نکرده است.
روز چهارشنبه، اول دی‌ماه، روزنامه اسرائيلی جروزالم پست در گزارشی نوشت پس از برگزاری مراسم روز قدس در دانشگاه اصفهان که شعارهایی درباره نابودی اسرائيل در آن سر داده شده است، دانشگاه فرایبورگ همکاری خود با این دانشگاه را معلق کرده است.
بر اساس این گزارش، دانشگاه اصفهان در وب‌سایت خود گزارش‌هایی درباره تظاهرات «روز قدس» منتشر کرده بود. جمهوری اسلامی ایران هر سال در آخرین جمعه ماه رمضان، تظاهراتی با عنوان حمایت از فلسطینیان به اسم «روز قدس» همراه با شعارهای «نابودی» و «مرگ بر اسرائیل» ترتیب می‌دهد.
بیشتر در این باره: قطع همکاری دانشگاه آلمانی با دانشگاه اصفهان به دلیل «تبلیغات یهودستیزانه»سخنگوی دانشگاه فرایبورگ با محکومیت «یهودستیزی» گفته است این دانشگاه چهار سال پیش، پس از برگزاری یک نمایشگاه کاریکاتور درباره هولوکاست به دانشگاه اصفهان درباره چنین رویکردهایی هشدار داده بود ولی دانشگاه اصفهان دوباره اقدام‌هایی در این زمینه انجام داد.
این دو دانشگاه که از سال ۱۳۸۸ همکاری‌ها خود را توسعه داده بودند، برنامه‌هایی برای تبادل دانشجو داشته‌اند و در حال حاضر سه دانشجوی دانشگاه اصفهان در دانشگاه فرایبورگ تحصیل می‌کنند، ولی سخنگوی دانشگاه فرایبورگ می‌گوید این برنامه از دو سال پیش تعلیق شده و دانشجویان فعلی قبل از این تاریخ آمده‌اند.
کمیل طیبی، مدیر دفتر همکاری‌های علمی بین‌المللی دانشگاه اصفهان، در واکنش به این گزارش به خبرگزاری ایسنا گفت که در حال فکر هستیم و «ممکن است با دانشگاه فرایبورگ مکاتبه‌ای انجام دهیم».
فرایبورگ در ایالت بادن-وورتمبرگ در جنوب غرب آلمان و نزدیک به فرانسه، تنها شهر این کشور است که با شهری در ایران پیمان خواهرخواندگی دارد. این پیمان ۲۱ سال پیش در زمان ریاست جمهوری محمد خاتمی امضا شد.