رئیس‌جمهوری آذربایجان، ایران را متهم به ترانزیت تسلیحات نظامی روسیه به ارمنستان در جریان جنگ ۴۴ روزه قره‌باغ در سپتامبر ۲۰۲۰ کرد.
الهام علی‌یف روز شنبه، ۱۰ اردیبهشت طی یک سخنرانی در دانشگاه «آدا» گفت آذربایجان پس از آگاهی از این موضوع از ایران خواست اجازه این کار را ندهد ولی ایران قبول نکرد و ترانزیت تسلیحات روسیه متوقف نشد. او گفت علاوه بر ایران، قزاقستان، ترکمنستان و گرجستان نیز مسیر ترانزیت سلاح بوده‌اند که فقط گرجستان قبول کرد ترانزیت را متوقف کند.
مقامات ایران در جنگ قره‌باغ، ابتدا ترانزیت تسلیحات روسی به ارمنستان را تکذیب کردند، اما بعد از انتشار تصاویر تسلیحات نظامی روسیه در مرز نوردوز با ارمنستان، مدعی شدند تحویل تسلیحات به ارمنستان را متوقف می‌کنند.
ارسال تجهیزات روسی به ارمنستان از طریق خاک ایران در حالی صورت گرفته که در جریان جنگ قره‌باغ، علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، مدعی حمایت ایران از «تمامیت ارضی» جمهوری آذربایجان شده بود.
در جریان جنگ ۴۴ روزه، آذربایجان توانست اراضی اشغال شده خود را بعد از سه دهه از ارمنستان بازپس گیرد. جنگ ۴۴ روزه، دسامبر ۲۰۲۰ با میانجی‌گری روسیه و امضای توافق آتش‌بس پایان یافت. مقامات آذربایجان و ارمنستان طی ماه‌های گذشته مذاکرات صلح را آغاز کرده‌اند.