در حالی که مدارس ایران به‌ویژه دبیرستان‌های دخترانه به یکی از کانون‌های اصلی اعتراضات ضدحکومتی تبدیل شده، شورای هماهنگی تشکل‌های صنفی فرهنگیان ایران به مدیران مدارس هشدار داد که با نیروهای امنیتی همکاری نکنند.
این شورا روز چهارشنبه، ۲۰ مهر، در بیانیه‌ای خطاب به «مدیرانی که این روزها بازوی اجرایی نیروهای امنیتی شده‌اند» نوشت: «در دنیای امروز این مسئله نه تنها مکتوم نمی‌ماند، بلکه بسیار سریع‌تر از آن که فکرش را بکنید اسم و تصویر شما در سطح کشور و در انظار جهانی برملا می‌شود.»
شورای هماهنگی تشکل‌های صنفی فرهنگیان ایران تاکید کرد: «دانش‌آموزان امانت ما و فرزندان معنوی ما هستند، هرگونه خیانت در نگهداری از این امانت مسلما، در وهله نخست خیانت به مقام بلند معلمی است.»
بر اساس اعلام این شورا، مدیر هنرستان دخترانه خامنه‌ای در شهر کرج به نام خانم عقاب‌نشین، بعد از اعتراض دانش‌آموزان این هنرستان، به دلیل امتناع از تحویل فیلم دوربین‌های مداربسته به ماموران امنیتی و پاک کردن آن، روز سه‌شنبه ۱۹ مهرماه، جلوی چشم دانش‌آموزان بازداشت شده است.
شورای هماهنگی تشکل‌های صنفی فرهنگیان اضافه کرد که در حال حاضر از سرنوشت این مدیر هنرستان اطلاعی در دست نیست.
همچنین این شورای در بیانیه دیگری درباره «وضعیت پرابهام دانش‌آموزان دستگیرشده» نوشت: «متاسفانه دانش‌آموزان زیادی تاکنون در شهرهای مختلف ایران دستگیر شدە‌اند که اطلاعی از وضعیت و محل نگهداری آنها در دست نیست.»
در این بیانیه با اشاره به کشته شدن تاکنون «دست‌کم ۲۸ دانش‌آموز در این اعتراضات» آمده است: «سال تحصیلی جدید با سرکوب و گلوله مستقیم به بسیاری از نوجوانان و جوانان دانش‌آموز آغاز شد. اما این سیاست رعب و وحشت‌افکنی و رفتارهای ظالمانه، دانش‌آموزان را نسبت به سرنوشت خود و دیگر هم نوعانشان حساس‌تر و آگاه‌تر کرده است و امروز شاهد صحنه‌های باشکوه اعتراضات دانش‌آموزان، بویژه دانش‌آموزان دختر، چه در مدرسه و چه در خیابان و در جای جای کشور هستیم.»
بیشتر در این باره: بازداشت دانش‌آموزان در ایران تایید شد؛ وزیر آموزش‌وپرورش آمار ندادشورای هماهنگی تشکل‌های صنفی فرهنگیان وزیر آموزش و پرورش جمهوری اسلامی را «بی‌کفایت و بی‌مسئولیت» توصیف کرد و ادعای اخیر او مبنی بر این که «دانش‌آموزی در زندان نداریم» را رد کرد.
در بیانیه شورا تاکید شده: «چنین وزیری با چنان میزان از بی‌مسئولیتی نسبت به جوانان حق‌خواه وطن نشان از عمق فاجعه مدیریتی در سرزمینی است که ناشایسته‌ترین و نالایق‌ترین افراد بر مناصب امور تکیه زده‌اند.»
وزیر آموزش و پرورش درباره دانش‌آموزان بازداشتی گفته بود: «مواردی هم اگر بازداشت باشند برای بحث اصلاح و تربیت است که در مرکز روانشناسی هستند و دوستان کارشنان کارشان را انجام می‌دهند تا بعد از اصلاح به محیط مدرسه برگردند.»
در روزهای اخیر گزارش‌ها در شبکه‌های اجتماعی حاکی است که در جریان یورش نیروهای پلیس و لباس‌شخصی به برخی مدارس، شماری از دانش‌آموزان بازداشت شدند.
دست‌کم در یک مورد نیروهای امنیتی با خودرو ون سفید بدون پلاک و شماره وارد یک مدرسه شدند، اما دانش‌آموزان و والدین آنها مانع از دستگیری دانش‌آموزان شدند.
ویدئوهایی نیز از ضرب و جرح برخی معترضان نوجوان از سوی نیروهای امنیتی در شبکه‌های مجازی منتشر شده است.
وزیر آموزش و پرورش جمهوری اسلامی ایران بازداشت شماری از دانش‌آموزان معترض را تایید کرده، اما گفت که نمی‌تواند «آمار دقیقی» از تعداد آنها ارائه کند.