در حالی که اعتصاب‌ها، اعتراض‌ها و تجمع‌ها در تعداد زیادی از دانشگاه‌های سراسر کشور ادامه دارد، علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، «لَنگ و تعطیل» شدن دانشگاه‌ها را به «دشمنان» نسبت داد.
آقای خامنه‌ای روز چهارشنبه، ۲۷ مهر، در سخنانی در جمع کسانی که «نخبگان و استعدادهای برتر علمی» کشور خوانده شدند، بدون آن که از فرد، گروه یا کشور خاصی نام ببرد، گفت: «هر چه دانشگاه را بتوانند لنگ و تعطیل و خراب و ناقص کنند برای دشمنان کشور و برای دشمنان پیشرفت کشور مغتنم است.»
خامنه‌ای پیشتر نیز اعتراضات سراسری در ایران را که پس از جان باختن مهسا امینی به راه افتاده، به آمریکا و اسرائیل منتسب کرده بود.
در جریان اعتراضات جاری در ایران، موجی از اعتصاب دانشجویان در ده‌ها دانشگاه کشور نیز به راه افتاد و تعدادی از استادان نیز از مقام خود کناره‌گیری کردند یا اعلام کردند که تا پایان یافتن فضای امنیتی در دانشگاه‌ها از شرکت در کلاس درس خودداری می‌کنند.
رهبر جمهوری اسلامی در این باره مدعی شد که اعتصاب‌ها و اعتراض‌ها در دانشگاه‌ها با «تهدید» عواملی خارج از دانشگاه صورت می‌گیرد.
بیشتر در این باره: خامنه‌ای: غلط بکند کسی حتی به کَندن درخت جمهوری اسلامی فکر کنداو گفت: «آن کسی که استاد را تلفنی تهدید می‌کند که اگر بروید چنین و چنان، حالا خودش معلوم نیست عامل اصلی باشد. عامل پشت صحنه مهم است.»
در جریان اعتصاب‌های دانشجویی، نصرالله حکمت، استاد مطرح فلسفه در دانشگاه بهشتی تهران، اعلام کرد تا وقتی دانشجویان در کلاس درس حاضر نشوند، «در هیچ کلاسی حاضر نخواهم شد».
انسيه عرفانی، استاد فيزيک دانشگاه زنجان نیز از مقام خود کناره‌گیری کرد و گفت وقتی خیابان‌های ایران «غرق خون» معترضان است، دیگر نمی‌تواند به عنوان بخشی از این «سیستم» ادامه بدهد.
صادق زیباکلام استاد علوم سیاسی دانشگاه تهران نیز گفت از میزان «نقش‌آفرینی» دانشگاه‌ها در اعتراضات جاری غافلگیر شده است.
علی خامنه‌ای روز چهارشنبه همچنین مدعی شد که پیش از انقلابِ سال ۵۷ زمینه برای فعالیت نخبگان در کشور وجود نداشت و «با انقلاب اسلامی زمینه برای نخبه‌پروری فراهم شد».
او بار دیگر با «طاغوت» توصیف کردن دوران پهلوی گفت: «این زمینه در دوران طاغوت وجود نداشت... خیلی‌ها بودند دارای استعدادهای خوب، آماده‌ی تلاش هم بودند، اما توی سرشان می‌زدند.»
این در حالی است که جمهوری اسلامی همواره اعتراضات دانشجویی را، از جمله در جریان اعتراضات کوی دانشگاه در سال ۱۳۷۸، شدیدا سرکوب کرده و دانشجویان بسیاری را زندانی یا از تحصیل محروم کرده است.
بیشتر در این باره: حمله به دانشگاه شریف؛ «دو مقام ارشد امنیتی قبول کوتاهی و عذرخواهی کردند»در خردادماه سال جاری، دادگاه تجدیدنظر استان تهران، حکم ۱۶ سال زندان برای علی یونسی و امیرحسین مرادی، دو دانشجوی نخبه دانشگاه شریف، را تایید کرد.
کسری نوری یک دانشجوی دانشگاه تهران که از دراویش گنابادی است نیز صرفا به دلیل اعتقادات مذهبی‌اش زندانی شده است.
همچنین حمله گسترده و خشونت‌بار اخیر نیروهای امنیتی به دانشگاه صنعتی شریف در جریان اعتراضات جاری در ایران، موجی از محکومیت‌های بین‌المللی را به دنبال داشت.
علی خامنه‌ای در سخنرانی روز چهارشنبه خود همچنین اعتراف کرد که بعضی از نخبه‌های ایرانی که خارج از کشور درس خواندند «آمدند اینجا به امیدی که بتوانند کار کنند»، اما «برگشتند رفتند. دیدند اینجا نمی‌شود زندگی کرد».
کاوه مدنی، از فعالان و پژوهشگران برجسته محیط زیست در دوران ریاست جمهوری حسن روحانی به ایران بازگشت و مدتی معاون سازمان حفاظت محیط زیست بود، اما فشارها، بازداشت و بازجویی‌های نهادهای امنیتی او را وادار به استعفا و در نهایت خروج از ایران کرد.