مدیر حوزه‌های علمیه کشور گفت: «امروز بسیاری از سنگرها را از دست دادیم و در بسیاری از مسایل دچار تفرق شده‌ایم.»
علیرضا اعرافی که روز چهارشنبه ۳۱ خرداد در جمع عده‌ای از طلبه‌های حوزه در قم گفت: «بسیاری از ما نمی‌دانیم که نیازهای امروز و معادلات این دنیا چیست.»
این اظهارات مدیر حوزه‌های علمیه کشور در حالی است که در سال‌های اخیر بودجه‌های هنگفت دولتی و حکومتی به حوزه‌های علمیه اختصاص یافته و حتی رسانه‌های داخل کشور از آن انتقاد کرده‌اند.
چند ماه پیش، مسیح مهاجری، مدیرمسئول روزنامه جمهوری اسلامی که خود از روحانیون است، خواستار حذف بودجه دولتی حوزه‌های علمیه شد.
بیشتر در این باره: درخواست مدیرمسئول روزنامه جمهوری اسلامی برای حذف بودجه حوزه‌های علمیههمچنین در هفته‌های اخیر، مولوی عبدالحمید، رهبر پرنفوذ سنی‌های ایران، از روحانیون در ایران خواست که به حکومت وابسته نباشند و خطاب به حکومت نیز گفت: «علما را وابسته نکنید، به علما حقوق ندهید.»
او افزود که وقتی حکومت به روحانیون حقوق بدهد، آنان را به خود وابسته می‌کند و «دهان [روحانیون] بسته می‌شود».
در لایحه بودجه سال ۱۴۰۲ چیزی حدود ۱۰ هزار میلیارد تومان برای مرکز خدمات حوزه‌های علمیه و شورای عالی حوزه‌های علمیه اعتبار در نظر گرفته شده است.
این بودجه، جدای از بودجه دیگر نهادهای مذهبی در کشور از جمله جامعه المصطفی العالمیه است که برای ترویج اسلام شیعه در کشورهای خارجی تاسیس شده و برای سال آینده ۸۹۵ میلیارد تومان پول دریافت می‌کند.
جمهوری اسلامی در بیش از چهل سال گذشته، بسیاری از طلاب حوزه‌های علمیه را در ارگان‌های مختلف از جمله وزارت آموزش و پرورش، نیروهای مسلح کشور، وزارت ارشاد، وزارت اطلاعات و نهادهای مختلف، برای اهداف مختلف به ویژه اهداف تبلیغی و ایدئولوژیک به کار گرفته است.
اما این تبلیغات گسترده مذهبی در حالی است که بر اساس نظرسنجی‌های مختلف، جامعه ایران در این مدت در روندی تدریجی به سمت فاصله گرفتن از مذهب سوق پیدا کرده است.
بیشتر در این باره: خیز بلند طلاب حوزه برای تسخیر مدارس آموزش و پرورشسه سال پیش، گروه مطالعات افکارسنجی ایرانیان (گمان) مستقر در خارج از ایران، پس از یک نظرسنجی درباره «نگرش ایرانیان به دین»، اعلام کرد که فقط ۳۲ درصد جامعه ایران خود را «مسلمان شیعه» می‌دانند.
آمارهای اخیر موسسه تونی بلر نیز حاکی است حدود سه چهارم زنان و مردان ایرانی با حجاب اجباری مخالفند و همچنین نزدیک به ۸۵ درصد از معترضان خواستار استقرار یک دولت غیردینی در ایران هستند.
آقای اعرافی همچنین در سخنان خود به فاصله گرفتن روحانیون از قرائت سیاسی ازدین نیز اشاره و اذعان کرد اکنون روحانیونی که به «دین اقلی» و «عدم ضرورت ورود دین در قلمروهای اجتماعی و سیاسی» معتقد هستند، «یک طیف گسترده» را در حوزه‌های علمیه تشکیل می‌دهند.