علی خامنه‌ای درست زمانی به رهبری جمهوری اسلامی انتخاب شد که جریان موسوم به چپ در انتظار پایان ریاست جمهوری او بود. در تمام این مدت که ریاست جمهوری آقای خامنه‌ای چالش‌برانگیر بود، اکبر هاشمی رفسنجانی در برهه‌های مختلف مقام دوم کشور محسوب می‌شد.
با این حال نام آقای هاشمی رفسنجانی در جلسه مجلس خبرگان رهبری جزو گزینه‌های رهبری مطرح نشد و دو نامزد مطرح آیت‌الله محمدرضا گلپایگانی و علی خامنه‌ای بودند.
اما چرا با وجود اینکه به گفته زهرا مصطفوی و عبدالکریم موسوی اردبیلی، سخنان نقل شده از آیت‌الله خمینی درباره داشتن شرایط تنها مربوط به آقای خامنه‌ای نبوده و او این جمله را درباره هر سه عضو روحانی نشست سران قوا، یعنی اکبر هاشمی رفسنجانی، عبدالکریم موسوی اردبیلی و علی خامنه‌ای بیان کرده بود، هاشمی رفسنجانی جزو گزینه‌های رهبری نبود؟
در عین حال آقای هاشمی رفسنجانی بود که به دلیل جایگاهش می‌توانست رهبری آیت‌الله خامنه‌ای را کارگردانی و جلسه خبرگان رهبری را هدایت کند.
روایت شده آیت‌الله خمینی این سه چهره را برای رهبری آینده مناسب می‌دانسته: موسوی اردبیلی، هاشمی رفسنجانی، و علی خامنه‌ای
محسن کدیور، پژوهشگر دینی، که چندین تحقیق درباره نشست انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری منتشر کرده نیز می‌گوید که اگر بنا بود موضوع رهبر شدن رفسنجانی مطرح باشد، او دیگر «نمی‌توانست اینقدر ماهرانه این اقدام را برای خودش انجام دهد» و به این دلیل آقای خامنه‌ای را «جلو انداخت».
او همچنین بارزتر بودن وجوه کاریزماتیک علی خامنه‌ای نسبت به اکبر هاشمی رفسنجانی را دلیل دیگری برای این موضوع می‌داند و در این باره به سه مزیت آقای خامنه‌ای اشاره می‌کند؛ اینکه خامنه‌ای سید بود، تجویدش (قواعد قرائت قرآن) خوب بود و نسبت به هاشمی ظاهر علمایی بیشتری داشت، هرچند سابقه حوزوی هاشمی بیش از خامنه‌ای بود.
چهره اکبر هاشمی رفسنجانی و ریش نداشتنش نیز عامل دیگری بود که باعث شده بود کاریزمای هاشمی کمتر باشد.
برخی تحلیل‌ها به این اشاره می‌کند که آقای هاشمی رفسنجانی تصور می‌کرده می‌تواند مانند دوره رهبری آیت‌الله خمینی کشور را مدیریت کند. به عبارتی او تصور می‌کرده وقتی آیت‌الله خمینی را مدیریت می‌کرده، مدیریت علی خامنه‌ای بسیار ساده‌تر است.
محسن کدیور نیز می‌گوید که آقای هاشمی رفسنجانی تصور می‌کرد علی خامنه‌ای رهبر تشریفاتی خواهد بود و خودش کشور را اداره خواهد کرد.
برخی از قرائن نیز این تحلیل را تأیید می‌کند. یحیی رحیم صفوی درباره دلایل تلاش آقای هاشمی برای پایان جنگ گفته است: «آقای هاشمی به فکر قدرت بعد از امام بود و می‌خواست بعد از امام کشور را اداره کند. لذا می‌خواست قدرت را در دست داشته باشد و شاید پیش خود فکر می‌کرد در این جنگ نباید همه چیز از بین برود. این برای حفظ قدرت خود و ادامه حکومت خودش بود که نمی‌خواست همه منابع کشور از بین برود».
در آن شرایط نیز تصور برخی از اعضای خبرگان از رهبری دخالت او در امور اجرایی نبود، شاید از همین رو چهره‌هایی چون علی مشکینی نیز جزو گزینه‌های مطرح بودند. بر اساس برخی روایت‌ها آقای مشکینی اما راضی به حضور در شورای رهبری بوده است نه رهبری فردی.
محمدعلی موحدی کرمانی، عضو مجلس خبرگان رهبری، اما گفته که وقتی نام اعضای مطرح برای شورای رهبری مطرح شده، علی مشکینی گفته است: «اسم مرا نبريد، من نيستم و آمادگی اين كار را ندارم».
در این میان ترکیب‌های مختلفی برای شورای رهبری مطرح می‌شد. ترکیب علی خامنه‌ای، عبدالکریم موسوی اردبیلی و علی مشکینی، یا ترکیب‌های دیگری که اکبر هاشمی رفسنجانی و احمد خمینی هم عضو آن بودند.
علی خامنه‌ای نیز در آن جلسه طرفدار رهبری شورایی بود، اما این ایده در جلسه مجلس خبرگان رهبری رأی نیاورد.
بر اساس نوشته محسن کدیور، «در حد اطلاعات اندکی که از این اجلاسیه منتشر شده هاشمی و خامنه‌ای پیش‌بینی نمی‌کردند که رهبری شورایی رأی نیاورد، و در مقابل رأی رهبری فردی غافلگیر شدند البته با زمینه‌چینی‌هایی که هاشمی کرد و نقل‌قول‌های سه‌گانه از آقای خمینی و ترسیم شرایط اضطراری کشور و بی اطلاعی مفرط روحانیون سال‌خورده خبرگان از واقعیات سیاسی چنین رأیی دور از انتظار نبود».
پنج چهره اصلی سیاست ایران در زمان درگذشت آیت‌الله خمینی؛ اکبر هاشمی رفسنجانی، احمد خمینی، علی خامنه‌ای، عبدالکریم موسوی اردبیلی و میرحسین موسوی
اگر اکبر هاشمی رفسنجانی به فکر رهبری بود، باید زمینه‌های آن را از قبل آماده می‌کرد. در آن زمان اما وجود آیت‌الله منتظری باعث می‌شد که او به این گزینه فکر نکند.
او و علی خامنه‌ای همچنین پیگیر معرفی رسمی آیت‌الله منتظری به عنوان قائم مقام رهبری بودند. محسن کدیور نوشته که «طراح و کارگردان اصلی ماده واحده معرفی آقای منتظری به عنوان رهبر آینده کسی نیست جز آقای سیدعلی خامنه‌ای رئیس‌جمهور وقت و امام جمعه تهران. دستیار اول کارگردان هم در تمامی مراحل اکبر هاشمی رفسنجانی نایب رئیس مجلس خبرگان و رئیس وقت مجلس شورای اسلامی بوده است.»
او نوشته که «بسیار مستبعد است (دور از احتمال است) که سیدعلی خامنه‌ای و اکبر هاشمی رفسنجانی کارگردانان ماده واحده با علم یا حتی احتمال مخالفت آقای خمینی اقدام به تصویب آن کرده باشند».
اکبر هاشمی رفسنجانی حتی اگر می‌خواست هم، شاید سخت بود که برای رهبری زمینه‌چینی کند. چرا که باید در این میان با احمد خمینی درگیر می‌شد، چون به گفته نزدیکان آیت‌الله منتظری او از سال ۵۹ به این سمت فکر می‌کرده است.
به گفته احمد منتظری، فوت آیت‌الله خمینی زودتر از تصور احمد و نزدیکانش روی داد و آنان نتوانستند زمینه را برای رهبری او مهیا کنند.
محسن کدیور نیز می‌گوید که اکبر هاشمی رفسنجانی و علی خامنه‌ای در آن زمان متحد بودند تا احمد خمینی که «نقشه رهبری داشت» رهبر نشود.
تصور آقای هاشمی رفسنجانی و احمد خمینی از آیت‌الله خامنه‌ای اما چندان طول نکشید و او پس از مدت کوتاهی تصمیم به عملی کردن رهبری خود گرفت. آنان فکر نمی‌کردند که او به این سرعت بخواهد اعمال رهبری مطلقه کند. این موضوع درباره احمد خمینی اما خیلی سریع رخ داد و خامنه‌ای دیگر خواسته‌های معمولی او را نیز اجابت نمی‌کرد.
علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، در مراسم سالگرد درگذشت احمد خمینی در سال ۸۵
هاشمی رفسنجانی در خاطرات خود نوشته که احمد خمینی خواستار اطلاع بیشتر از موضوعات و اخبار کشور بوده است.
او همچنین در خاطرات ۱۹ خرداد ۶۹ نوشته است: «شب با احمدآقا مهمان رهبری بوديم، تصميمات شورای امنيت مطرح شد و به تصويب رهبری رسيد، احمدآقا تقاضای گرفتن بخشی از پادگان نيروی دريايی برای مقبره امام را داشت که رهبری به آينده موکول کردند، همچنين احمدآقا پيشنهاد کرد نماز جمعه تهران در مرقد امام اقامه شود که جز در مناسبت‌های خاص، پذيرفته نشد.»
تغییر روابط خامنه‌ای و هاشمی نیز چندان طول نکشید. در ابتدا نوع روابط این دو به گونه‌ای بود که رهبر جدید برای جلسات مشترک به نهاد ریاست جمهوری می‌رفت. با این حال مدتی بعد دیگر او تنها در دفتر خود ساکن شد و باید هاشمی به دیدارش می‌رفت.
نکته دیگری که هاشمی رفسنجانی تصور نمی‌کرد تضعیف سریع جایگاه مرجعیت و خیز خامنه‌ای برای این جایگاه بود. او که از جایگاه حوزوی خود و خامنه‌ای آگاه بود همان قدر برایش متصور بود خامنه‌ای مرجع شود که خودش مرجع شود.
هاشمی در این برهه به تفکیک مرجعیت و رهبری می‌اندیشید و در خطبه‌های نماز جمعه گفته بود: «مسئله مرجعیت و رهبری که اینجا دو عنوان جدا می‌تواند بشود پیداست که در نظام ما به رهبری باید اصالت بدهیم یعنی رهبری ولی فقیه…. اصل مسئله این است که ما توجه جدی را سراغ رهبری ببریم، مرجعیت باید خودش را با رهبری تابع بکند و حکم رهبری باید اعتبار داشته باشد در مسائلی که در کشور وجود دارد.»
آیت‌الله منتظری قائم مقام وقت رهبری در گفت‌وگو با علی خامنه‌ای رئیس‌جمهور وقت
در این میان هاشمی رفسنجانی تلاش کرد که آیت‌الله منتظری نیز پیامی برای خامنه‌ای بفرستد و رهبر جدید نیز پاسخ دهد.
او در خاطرات خود نوشته است: «آقای ابراهیم امینی آمد. گفت آقای منتظری با رهبری آقای خامنه‌ای مخالف است و تأیید نمی‌کنند. گفتم تلاش کنند که تأیید کنند و متقابلاً ما روی مرجعیت ایشان کار کنیم. آقای [محمد] عبایی [خراسانی] و آقای [مرتضی] بنی‌فضل آمدند. همین را گفتند، علاوه بر اینکه اگر نشد می توانیم آقای [محمدعلی] اراکی را مرجع معرفی کنیم که بقای بر تقلید میت را حتی در مسائل عمل نشده جایز می‌دانند.»
آیت‌الله منتظری نیز از واسطه شدن محمود هاشمی شاهرودی برای صدور پیام تبریک سخن گفته است. در نهایت او پیام تبریکی فرستاد و خامنه‌ای نیز به این پیام پاسخ داد.
نامه آیت‌الله منتظری از صدا و سیمای جمهوری اسلامی پخش شد، پاسخ خامنه‌ای نیز در اخبار ساعت دو پخش شد اما شب پخش نشد.
اکبر هاشمی رفسنجانی در این باره نوشته است: «شب تلویزیون نامه و جواب مربوط به آقای منتظری را نخواند. از آقای خامنه‌ای علت را پرسیدم. گفت که تلفن‌های زیادی مبنی بر گله و شکایت به دفتر شده، استخاره کرده و تصمیم به عدم نشر در تلویزیون گرفته‌اند.»
محسن کدیور همچنین می‌گوید که آقای هاشمی رفسنجانی علیرغم اعتقاد به آقای خمینی، «شخصاً به بی‌پایگی عملی نظریه ولایت فقیه رسیده بود و قرائن متعددی بر این امر در دست است».
کدیور همچنین می‌گوید که آقای هاشمی چند بار کوشش کرد دوره رهبری را «موقت به دو دوره ۱۰ سال» تبدیل کند؛ موضوعی که البته در فضای عمومی کمتر مطرح شده است.
به نظر می‌رسد اکبر هاشمی رفسنجانی به‌رغم شهرتش به زیرکی و سیّاسی، درباره آیت‌الله خامنه‌ای اشتباهات بزرگی کرد و تن ندادن آقای خامنه‌ای به رهبری تشریفاتی همه معادلاتش را به هم زد و، به گفته محسن کدیور، عاقبت «جانش را هم بر سر این امر گذاشت.»