روابط عمومی ریاست‌جمهوری ایران می‌گوید با اینکه «ایرادهای فراوانی» به طرح «دادگاه‌های جدید علیه اخلال اقتصادی» وارد بود، اما این طرح از سوی رئیس قبلی قوه قضائیه برای رهبر جمهوری اسلامی فرستاده شد و مورد تایید او قرار گرفت.
ریاست‌جمهوری ایران در اطلاعیه‌ای که روز شنبه ۲۳ شهریور در اعتراض به برنامه تلویزیونی «بدون توقف» منتشر کرد، برخی مطالب مطرح شده در این برنامه را «اتهام و دروغ علیه دولت» خواند و مشخصا به سه مورد «کذب» اشاره کرد.
به نوشته این اطلاعیه، در برنامه «بدون توقف» که شامگاه پنج‌شنبه از شبکه سوم تلویزیون حکومتی ایران پخش شد، گفته شده که «شورای عالی هماهنگی اقتصادی» با پیشنهاد رئیسجمهوری به رهبری تشکیل شد.
روابط عمومی ریاست‌جمهوری ایران می‌گوید پیشنهاد تشکیل این شورا را حسن روحانی مطرح نکرد بلکه رهبر جمهوری اسلامی «شخصاً در مورد ایجاد چنین تشکیلات جدیدی تصمیم‌گیری نمودند».
در این اطلاعیه این موضوع نیز تکذیب شده که «در "شورای عالی هماهنگی اقتصادی" دو قوه مقننه و قضائیه به دولت کمک می‌کنند و هر چه نظر رئیس‌جمهور باشد، آن دو قوه هم حمایت می‌کنند».
بیشتر در این باره: حسن روحانی: از کسی که اختیارات ندارد، چه مسئولیتی می‌خواهید
مورد دیگر که در برنامه تلویزیون حکومتی جمهوری اسلامی ایران مطرح و اعتراض نهاد ریاست‌جمهوری ایران را برانگیخته، ادعای مربوط به نحوه تشکیل «دادگاه‌های جدید علیه اخلال اقتصادی» است.
در برنامه «بدون توقف» اعلام شده که طرح «دادگاه‌های جدید علیه اخلال اقتصادی» از سوی این شورا و «بدون در نظر گرفتن قوانین مربوط به آیین دادرسی به رهبری پیشنهاد شد» و علی خامنه‌ای نیز با آن موافقت کرد.
ریاست‌جمهوری ایران این مورد را نیز تکذیب کرده و می‌گوید صادق آملی لاریجانی «رئیس قوه قضائیه وقت، طرحی را در جلسه مطرح کردند که ایرادهای فراوانی به آن در همان جلسه مطرح شد».
این اطلاعیه می‌افزاید: «پس از آن جلسه، رئیس قوه قضائیه وقت، طرح‌شان را مستقیم برای رهبری فرستادند» و علی خامنه‌ای نیز آن را «تأیید کردند».
«شورای عالی هماهنگی اقتصادی» خرداد سال ۱۳۹۷ برای مقابله با بحران‌های اقتصادی پس از بازگشت تحریم‌های آمریکا تشکیل شد. این شورا متشکل از سران سه قوه، ۱۰ نفر از اعضای هیات دولت، سه نفر از قوه قضائیه و چهار نفر از مجلس است.
جلسات این شورا و تصمیم‌‌گیری‌های آن در ماه‌های گذشته با انتقاد برخی از نمایندگان مجلس روبرو شده است. نمایندگان مجلس می‌گویند که در جریان تصمیمات این شورا نیستند و این شورا نباید در کار قانون‌گذاری دخالت کند.
تشکیل «دادگاه‌های جدید علیه اخلال اقتصادی» نیز مرداد پارسال و پس از پیشنهاد صادق لاریجانی، رئیس وقت قوه قضائیه، به تایید رهبر جمهوری اسلامی رسید.
بر اساس دستور آیت‌الله خامنه‌ای، آرای صادره این دادگاه‌ها به‌جز اعدام، «قطعی و لازم‌الاجرا» است.
صدور این دستور هم از همان زمان با انتقادهای زیادی بویزه از سوی حقوقدانان روبرو شده است، چرا که برخلاف قوانین قضایی جمهوری اسلامی درباره تجدیدنظرخواهی احکام در دادگاه‌ها است. طبق قوانین معمول، محکومان دادگاه‌ها حق درخواست تجدیدنظر در حکم را دارند، اما در دستور رهبر ایران چنین حقی برای محکومان در نظر گرفته نشده است.
این دستور آیت‌الله خامنه‌ای تا دو سال قابل اجرا خواهد بود.